Для доступа к среднеазиатскому региону российским войскам в отличие от англичан не надо было пересекать афганские земли, а предстояло преодолеть только территорию современного Казахстана. При этом надо иметь ввиду, что казахские племена, проживавшие в данном регионе, были покорены и присоединены к Российской империи еще в XVIII веке. Так были созданы все предпосылки и условия для покорения Средней Азии, для чего были необходимы не только сухопутные войска, но и речное соединение в виде военной флотилии.
Сначала, еще в николаевскую эпоху в 1852 году, началось создание Аральской флотилии, когда части российских войск, заняли низовья реки Сырдарьи в районах Хивы и Коканда. Тогда было принято решение использовать Сырдарью для дальнейшего продвижения вглубь среднеазиатского региона, для чего в районе Казалинска был создан порт для постройки речных пароходов и барж[402]. Аральская флотилия создавалась как морская военная флотилия для военного обслуживания региона и действий в акваториях Сырдарьи и Аральского моря, ее личный состав набирался из сухопутных войск и вольнонаемных лиц, при этом сама флотилия находилась в подчинении военного ведомства[403].
Конкретной целью Аральской флотилии, окончательно сформированной в 1853 году, было недопущение переправ туркмен и других среднеазиатских племен с целью набегов на киргизские земли и перевозка военных грузов для снабжения военных постов провизией, боеприпасами, оружием и материалами[404]. В покорении Средней Азии Аральская флотилия не приняла большого участия ввиду того, что боевые действия велись не столько в районе Аральского моря, сколько в пустынных районах — Хивы, Бухары, Коканда, Самарканда. Ввиду того, что суда флотилии были морского класса и потому не могли свободно плавать по рекам Амударья и Сырдарья, где наличие флотилии было более важно, после смерти Александра II, его сын, унаследовавший престол, император Александр III в 1883 году принял решение о расформировании Аральской флотилии и создание речной Амударьинской флотилии, которая уже состояла не из морских, а из речных судов[405].
Согласно распоряжению Александра III, в 1887 году была создана Амударьинская флотилия, которая, как и Аральская флотилия подчинялась военному ведомству, ее личный состав состоял как из морских, так и из сухопутных офицеров, а также отставных моряков и вольнонаемных лиц[406]. Целью создания и существования Амударьинской флотилии, как и ранее созданной Аральской флотилии, было обеспечение пограничных гарнизонов в верховьях Амударьи и подвоза необходимых грузов к пунктам сосредоточения войск на период военного времени[407]. Также эта флотилия поддерживала и пассажирское сообщение, и перевозку частных грузов в мирное время. Для выяснения целесообразности деятельности Амударьинской флотилии, как военного соединения, была проведена сенаторская ревизия Туркестанского края военным министерством, после чего было решено передать флотилию в ведение Министерства путей сообщения, что произошло уже в царствование последнего российского императора Николая II в 1912 году[408]. После этого Амударьинская флотилия перестала быть военной.
Надо отметить, что предпосылки к этому начались еще в последние дни жизни и царствования Александра III. Уже 7 февраля 1894 года согласно новому положению об Амударьинской флотилии было сказано, что если ее командующим может быть и морской офицер, и находящийся в запасе или вовсе вольнонаемный, то это противоречит Морскому уставу, суда Амударьинской флотилии не могут больше носить военно-морской флаг и должны быть исключены из реестра судов военно-морского флота[409]. В частности были исключены из военно-морского реестра пароходы «Царь» и «Царица» и баржи «Петербург» и «Москва», из которых собственно и состояла Амударьинская флотилия[410].