Эти причины также стали и источниками неготовности к войне с Японией, выразившись, в том числе и в невозможность создать достаточное количество речных и морских судов. Рассмотрение этого вопроса, касающегося постройки судов для войны на Дальнем Востоке, прошедшее позже в Морском министерстве, привело лишь к принятию решения о строительстве в Нижнем Новгороде, на Сормовском заводе, десяти канонерских лодок и заказу Балтийскому судостроительному заводу на постройку восьми канонерок[426]. Часть из них не построили даже к концу войны, то есть к лету 1905 года. Построенные канонерки «Орочанин», «Монгол», «Бурят», «Вогул», «Сибиряк», «Киргиз», «Зырянин», «Вотяк», «Карел», «Калмык» приказом по Морскому ведомству от 2 апреля 1905 года по прибытии на Дальний Восток были прикреплены к Сибирской морской военной флотилии, базировавшейся во Владивостоке, ставшей через двадцать лет Тихоокеанским флотом[427].
Возглавил отряд канонерских лодок Сибирской флотилии капитан 1 ранга А.А. Кононов. В отношении создании судов Амурской военной флотилии вопрос был отложен на год, несмотря на то, что война была в самом разгаре. Также надо отметить, что к началу войны, для недопущения прорыва японских речных сил в устье Амура под плавучие батареи были переоборудованы шесть барж. На них были установлены по два 150-миллиметровых орудия и по два пулемета. Вскоре к ним присоединились три миноноски, присланные с Балтики. Образовавшийся отряд возглавил ставший к тому времени капитаном 1 ранга В.Н. Родионов[428]. Для руководства строительством, вооружением и комплектованием судов Амурской флотилии в Петербурге был создан «Особый комитет по организации Амурской флотилии»[429].
В 1902 году Англия, также имевшая виды на Китай, заключила договор с Японией, согласно которому они могли бы вмешиваться в дела Китая и Кореи и о соблюдении нейтралитета, если кто-нибудь из них будет воевать за эти земли. Япония, в свою очередь, заручившись поддержкой США и Англии, потребовала от России вывести свои войска из Маньчжурии, вернуть эти территории обратно Китаю (включая Порт-Артур) и признать Корею сферой японских интересов[430]. В ответ на эти требования Россия ответила категорическим отказом. В итоге у России на 1904 год появилось два основных потенциальных противника также стремившиеся к контролю над китайскими территориями — Германия и Япония. Сочтя Германию наиболее опасным конкурентом в вопросе восточных территорий, Россия стала интенсивно готовиться к войне с ней. Однако Япония опередила готовившуюся русско-германскую войну.
В ночь на 9 февраля 1904 года японский флот атаковал своими миноносцами русскую эскадру, находившуюся на внешнем рейде Порт-Артура. Из выпущенных более полутора десятка самоходных мин Уайтхеда (аналог современных торпед) три попали в цель. В итоге два новейших эскадренных броненосца «Ретвизан» и «Цесаревич» и бронепалубный крейсер 1 ранга «Паллада», получив серьезные повреждения, надолго вышли из строя. Уцелевшие корабли вернулись на внутренний рейд крепости. После этого началась знаменитая оборона Порт-Артура, вызванная стремлением японцев овладеть крепостью и уничтожить оставшиеся корабли эскадры.
Утром 9 февраля 1904 года японская эскадра атаковала отряд русских кораблей во главе с крейсером «Варяг» в корейском порту Чемульпо (Инчхон). Командиром отряда кораблей и командиром «Варяга» был капитан 1 ранга В.Ф. Руднев. Умело руководя боем, он не дал противнику потопить ни одного своего корабля. Но силы были не равны, так как японская группировка кораблей состояла из шести крейсеров и восьми миноносцев.
Итогом Чемульпинского боя вследствие невозможности противостояния вражеской эскадре и прорыва русского отряда в Порт-Артур стало возвращение кораблей в порт Чемульпо. Из-за полученных повреждений крейсер «Варяг», канонерская лодка «Кореец» и пароход «Сунгари» не могли дальше вести боевые действия. «Варяг» и «Сунгари» были затоплены, а канонерская лодка «Кореец» взорвана. Их экипажи вернулись в Россию через нейтральные порты. За сохранение отряда кораблей в неравном бою капитан 1 ранга Руднев был произведен в контр-адмиралы. Однако, уже через год за поддержку матросов в ходе революции 1905 года Руднев был уволен со службы. В 1906 году за неактивное подавление революционного движения был уволен со службы другой участник русско-японской войны — генерал от инфантерии Н.П. Линевич.