Всего согласно Циркуляру морского походного штаба наместника Его Императорского Величества, на Дальнем Востоке в состав подвижной обороны устьев реки Амур и крепости Николаевск был зачислен следующий отряд миноносок:
— 1-е отделение под начальством лейтенанта Ивана Денисова — миноноски № 91, 92, 93 и 95;
— 2-е отделение лейтенанта Нежмакова — миноноски № 6, 7, 9, 48 и 61;
— 3-е отделение лейтенанта барона Остен-Сакена — миноноски № 3, 18, 47, 64 и 70[437]. Причем до назначения начальника этого минного отряда командование им возлагалось на старшего начальника одного из отделений.
21 мая 1904 года генерал-адъютант адмирал Е.И. Алексеев написал инструкцию заведующему миноносками и их командами капитану 2 ранга Русину, чье соединение входило в состав морской обороны крепости Николаевск. Инструкция заключалась в том, что морская оборона устья реки Амур и Николаевска возлагается на заведующего миноносками и их командами, в распоряжении которого было четырнадцать миноносок, а теперь заступают все суда, плавучие средства и морские команды, зачисленные в состав обороны[438]. Для полного объединения и согласования всех средств обороны заведующий миноносками и их командами является помощником коменданта крепости Николаевск, ведает провизионным, вещевым и другими видами довольствия в отношении своих судов, а для оборудования и приспособления, необходимых отряду миноносок зданий, мастерских и плавсредств должен обращаться к командиру Владивостокского порта и начальнику водных сообщений реки Амур[439].
В отношении участия соединений Амурской флотилии непосредственно в боевых действиях говорит телеграмма от 7 июня 1904 года, направленная во Владивосток командующему флотом, в которой говорится, что есть возможность передать четыре катера, вооруженных минами типа «Уайтхед» в распоряжение командующего Маньчжурской армией и ставится вопрос, с каких судов такие мины могут быть взяты[440]. Тем не менее, суда Амурской флотилии вплоть до конца русско-японской войны так и не были задействованы в боевых действиях в качестве именно военных судов, а не средств доставки личного состава и перевозки грузов. Большинство из них также будет построено уже после войны для защиты государственной границы по реке Амур. При этом грузоперевозки на дальневосточном театре проводились в довольно большом масштабе. Так в 1904 году по реке Шилка через Сретенский пролив прошло 442 парохода и буксира, по Амуру через Покровку прошло 537 судов, через Благовещенск — 607, через Хабаровск — 726, в Николаевск прибыло 392 судна, по Сунгари до Харбина прошло — 335, через Харбин вниз по течению 367 пароходов и буксиров[441].
В октябре 1904 года на место Главнокомандующего вооруженными силами на Дальнем Востоке, которое до этого занимал адмирал Алексеев, был назначен генерал от инфантерии Куропаткин, а на базе его Маньчжурской армии были сформированы 1-я, 2-я и 3-я Маньчжурские армии. Во главе 1-й Маньчжурской армии, представлявшей главную силу, был поставлен генерал от инфантерии Линевич. Вместе с тем после крайне неудачных для русской армии сражений под Ляояном и на реке Шахэ, на сухопутном театре боевых действий наступило относительное затишье. Противник все свое внимание переключил на овладение Порт-Артуром. Следует отметить, что его оборона особенно с суши не была правильно организована, не был возведен ряд укреплений и, потому эта крепость быстро стала хорошей мишенью для японской артиллерии.
Вследствие неудач русской армии на сухопутном театре, противник не понес больших потерь и имел возможность использовать все свои силы для овладения крепостью, что и было им сделано. Итогом непрерывных боевых действий, направленных против стойко оборонявшихся защитников Порт-Артура и невозможности трех маньчжурских армий оказать им хотя бы какую-нибудь поддержку, стало овладение японскими войсками стратегических высот вокруг крепости. На этих высотах японцы разместили свою осадную артиллерию, с помощью которой они стали уничтожать крепостные укрепления и наносить защитникам крепости серьезный ущерб среди личного состава, уничтожении запасов оружия и провианта. Также с высот у Порт-Артура велся огонь по кораблям порт-артурской эскадры, нанося им значительный урон. В итоге к концу декабря 1904 года гарнизон крепости уже не мог продолжать оборону, и был вынужден сдать этот важный приморский форпост.