Амурская речная военная флотилия практически сразу после войны была расформирована, а ее суда — пароходы и баржи были разоружены и переданы речным товариществам. Через год — летом 1906 года Амурская военная речная флотилия была воссоздана для защиты пограничных территорий от возможных нападений и провокаций со стороны Японии. Это было следствием того, что японцы не остановились на захвате южной части Сахалина и Курил и пытались далее, как и в 1905 году продолжить попытки захвата амурских земель. Япония, как и Россия, будучи на тот момент империей со средневековым укладом пыталась решить свои экономические проблемы путем приращения территорий.
Попытки овладения сибирскими землями Япония предпримет в период Гражданской войны в России, пользуясь ее слабостью, а затем в годы Второй мировой войны, чем заставит держать на Востоке большой контингент советских войск, столь необходимый для борьбы с гитлеровской Германией. Следует отметить, что последняя попытка японцев вторгнуться на территорию России, была предпринята силами ее Квантунской армии в августе 1945 года и стала одной из главных причин Советско-японской войны и проведения Маньчжурской стратегической наступательной операции.
На момент окончания русско-японской войны стремления японского правительства были очевидны, и уже через год после этого 12 июня 1906 года Морской министр написал на имя Великого князя Николая Николаевича письмо, в котором указывал, что необходимо на случай военных действий создать речную военную флотилию на реке Амур[453]. При этом подчиняться флотилия должна военному ведомству, которое будет ее содержать и обучать личный состав, а морское ведомство должно укомплектовать флотилию судами, техническими силами и средствами и личным составом.
Задачами создающейся Амурской флотилии были несение службы связи и разведки на участке от пункта Покровка до Хабаровска, возможность противодействовать небольшим вражеским отрядам, закрытие для противника доступа в Амур со стороны Сунгари и Уссури и обеспечение движения по этим рекам в целях содействия сухопутным войскам, прикрытия флангов и тыла Николаевска-на-Амуре. Особый интерес в вопросах защиты представляют населенные пункты от Покровки до Хабаровска, а именно: Мохо, Кольцово, Благовещенск, Никольска-Раде, 4-я Падь, Екатерино-Никольск, там следует располагать соединения канонерских лодок, и еще четыре канонерки как говорилось ранее для закрытия входа в Амур со стороны Сунгари и Уссури[454]. Для указанных целей требуются десять канонерок, еще две-четыре водоизмещением 750–800 тонн, еще четыре канонерки меньшего водоизмещения и десять паровых катеров, при этом местом базирования Амурской флотилии должен стать Благовещенск или Хабаровск[455]. Уже 25 июля 1906 года Председатель Совета Государственной Обороны писал Морскому министру, что Государь Император утвердил постановление по вопросу создания военной речной Амурской флотилии в следующем составе:
— для охранения Верхнего Амура — шесть канонерских лодок с осадкою в 2,5 фута и десять лодок Сормовского завода;
— для обороны Среднего Амура — двадцать моторных быстроходных катеров;
— для решения вопроса об обороне Нижнего Амура образовать и провести особое совещание;