Начиная с 1915 года, Россия стала испытывать еще более остро, чем ранее недостаток в боеприпасах и вооружении. Возникли проблемы со снабжением войск продовольствием и другими необходимыми материальными средствами. Это привело к весьма неудовлетворительным результатам на фронтах. В частности, с указанного периода российской армией не было проведено ни одной успешной наступательной операции, российские войска были сначала потеснены в Польше немецкими войсками в ходе Праснышской операции, а затем и вовсе вытеснены с польской территории, которую оккупировали немцы. Также из-за отмеченных проблем со снабжением войск, недостатка боеприпасов и больших потерь среди личного состава Российская империя не смогла организовать необходимую поддержку Сербии, вследствие чего главное государство Балканского полуострова было вынуждено в 1915 году капитулировать перед Австро-Венгрией. Тем не менее, до осени 1915 года ЭОН продолжала снабжать Сербию всем необходимым. Только до 30 апреля того года суда ЭОН перевезли в Сербию 319 вагонов муки, ячменя, овса, отрубей и сена[489]. Со столь большими объемами перевозок ЭОН уже не могла справляться вследствие нехватки судов и других плавсредств для чего были привлечены все таковые средства с Дуная и Прута, в Рени строились дополнительные пристани и пути к ним. ЭОН перевозила не только российские грузы, но и военные грузы Англии и Франции, только за весну 1915 года таких грузов было перевезено 10339 пудов, из которых было восемь самолетов[490]. Инженерный отряд продолжал сооружать в Сербии мосты и переправы. Продолжались минные постановки на Дунае, на которых подорвался и затем был уничтожен огнем береговых батарей австрийский бронированный пароход «Белград».
Однако, вследствие концентрического наступления на Сербию немецких, австрийских и болгарских войск были перерезаны все коммуникации, связывающие это Балканское государство с Россией. Из-за этого только треть каравана российских судов направленного в Сербию в количестве двух пароходов и шести барж дошла до пункта назначения. Три парохода и восемь барж были интернированы в Румынии, один пароход успел вернуться в порт Рени, находившейся в Одесской области, еще один пароход, и пять барж задержали болгары[491]. По этой причине части ЭОН, разделившись надвое, отошли в Грецию и Румынию, временно перестав функционировать[492].
Наступление Юго-Западного фронта, которым командовал генерал от кавалерии А.А. Брусилов, летом 1916 года известное как «брусиловский прорыв» дало противоречивые результаты. Решив в целом задачу по разгрому австро-венгерских войск и прекращению боевых действий на Восточном фронте со стороны Австро-Венгрии, «брусиловский прорыв» так и не достиг своих конечных целей в отношении разгрома немецких войск. Операция Брусилова захлебнулась и не смогла нанести сокрушительного поражения немецким войскам и развить наступления вглубь территорий противника. В свою очередь немецкие войска затем потеснили и разгромили войска Брусилова на реке Стоход и под Ковелем. Причиной этого была невозможность поддержки наступательных действий Юго-Западного фронта генерала Брусилова со стороны соединений соседнего Западного фронта потерпевшего поражение у пункта Барановичи в самом начале операции. Все это стало следствием отсутствия у обоих фронтов необходимого количества личного состава, численность которого постоянно уменьшалась из-за потерь, общего экономического кризиса в стране и как следствие плохого снабжения армии боеприпасами и другим военным имуществом.
После относительного успеха наступления Юго-Западного фронта в войну на стороне Антанты и против союзников Германии — Австро-Венгрии, Турции и Болгарии вступила Румыния. В целях поддержки своего нового союзника оперативное соединение Черноморского флота на Дунае Экспедиция особого назначения была вновь воссоздана. Ее основной задачей было продолжение активных боевых действий с австро-венгерской флотилией, действовавшей в акватории Дуная и поддержка левого фланга румынского фронта в Добрудже в операциях против болгарской армии[493]. Местом базирования экспедиции стал порт в румынском городе Констанца. В состав ЭОН вошли линейный корабль «Ростислав», десять эсминцев, четрые посыльных судна, десять быстроходных катеров, восемь тральщиков, два транспорта и отряд морской авиации[494]. Другая часть ЭОН была подчинена командующему Дунайской армией и должна была оборонять ее приречный фланг и акваторию Дуная от Галаца до Гирсова силами четырех тральщиков типа «Эльпидидфор»[495]. На одном из отрядов судов Дунайской флотилии были переделаны все 47-мм и 75-мм орудия в зенитные, которые предполагалось свести в батареи и расположить на специальных баржах. При этом также баржи, катера и буксиры были выделены для обеспечения переправ. Оборона устьев Дуная и поддержка приморского фланга армии возлагалась на отряд кораблей в Сулине в составе четырех тральщиков, аналогичного количества посыльных судов и сторожевых катеров, границей зоны отряда была Исакча[496]. Все это были необходимые меры для защиты Дунайского региона от действий противника, который применял к этому времени уже не только сухопутные части и австрийскую военную речную флотилию, но и авиацию, от которой и должна была защищать зенитная артиллерия, расположенная на баржах. После этого начальнику ЭОН был подчинен начальник обороны устья Дуная, на которого в свою очередь было возложено командование всеми силами флота на Дунае. В таком виде встретила Дунайская флотилия декабрь 1916 года, когда в очередной раз не удалось организовать наступление — теперь уже Дунайской армии, которая была потеснена очередным наступлением противника. Тем не менее, флотилия выполнила свою главную функцию — силами своих кораблей не позволила противнику взять инициативу в свои руки на Дунайском театре. В частности, силами флотилии было оказано серьезное сопротивление батальону болгарской армии, пытавшемуся овладеть левым берегом Дуная. Болгария вступила в войну в 1916 году и, став союзницей своих главных в прошлом противников — Германии, Австро-Венгрии и Турции, выступила против России. В это время, в декабре 1916 года, захлебнулось наступление российской армии в Прибалтике — в ходе Митавской операции, что позволило немцам оккупировать прибалтийские земли. Все больше сказывались кризисные явления, поразившие все государственные сферы, включая и военную. Сильно проявлялись «снарядный голод» и невозможность снабжения армии всем необходимым.