Жестокость по отношению к тем, кто защищал свои города, и суровость, проявленная Иваном Васильевичем в «деле Магнуса», настроили местное население неблагожелательно по отношению к новым властям. В дальнейшем переход земельных владений от ливонцев к русским помещикам явно не улучшил отношений. С самого начала Ливонской войны местные жители в большинстве своем находили мало поводов радоваться русскому завоеванию и поддерживать наши армии; теперь они получили еще несколько весомых аргументов в пользу мятежа. Если наш государь хотел навеки закрепить за Россией этой край, наверное, ему стоило подумать о более мягкой и более гибкой политике на присоединенных землях. Вероятно, несколько большая мягкость была уместна и в отношении Магнуса. Да, тот повел себя как авантюрист, пытаясь спекулировать на «русской угрозе». Однако слабый и своевольный союзник все же намного лучше, нежели открытый враг.
Герцог Магнус Гольштейн, епископ Эзельский
В Московском государстве по городам и областям рассылаются царские послания с известиями о приобретении новых земель и городов в Ливонии. Но стратегически итоги масштабного вторжения в Ливонию оказались ничтожными. Пик успехов русского оружия в этой войне был пройден пятнадцатью годами ранее, после взятия Полоцка. Формально в 1577 г. под контролем у московского государя оказалось значительно бóльшая территория, нежели в 1563-м. Но вскоре после того, как русская армия покинет занятые ею земли, неприятель с легкостью отобьет несколько городов. Единственный союзник Московского государства на этом театре военных действий, Магнус, в 1578 г. перейдет на сторону поляков. Вероятно, ему трудно было простить то страшное унижение, которому подверг его Иван Васильевич, и те потери, которые он понес в связи с крахом своей авантюры.
Осенью 1577 г. царь обо всех этих печальных событиях, которые произойдут в ближайшем будущем, знать еще не мог. Он доволен. Возвращаясь из похода, Иван Васильевич устраивает пир, на котором среди прочих воевод присутствует и князь Шуйский. С тех пор царь ценит воеводу и благоволит ему. Знаком высокой милости станет приглашение Ивана Петровича на празднество в честь женитьбы государя на Марии Нагой (1581). Царские свадьбы того времени посещали только те вельможи, кем государь особенно дорожил.
По окончании большого Ливонского похода Шуйский возвращается во Псков, на воеводство, где и пробудет до начала правления Федора Ивановича.
1578 г. положил предел удачам Московского государства в Ливонии. Кесь пришлось отдать неприятелю, а при попытке вернуть город русское войско было разгромлено.
С 1579 г. над западными землями России нависает мрачная тень польского короля Стефана Батория. На протяжении нескольких лет он вторгается с огромными наемными армиями на нашу территорию и берет один за другим наши города. В руки поляков попадают Полоцк, Великие Луки, Заволочье, а также несколько других менее значительных крепостей. Кажется, никто не способен остановить грозного противника. Он дерзко вызывает на бой самого Ивана IV. Стремительные отряды поляков наносят нашим ратям поражение за поражением. Вот они уже в Тверской земле, и сам царь из своей резиденции в Старице видит полыхающие в отдалении пожары. По натуре своей Баторий — государь-кондотьер. Он знает толк в военном деле, он решителен, свиреп, энергичен, талантлив. У польской шляхты воинственный Баторий пользуется популярностью. Король располагает достаточными средствами, чтобы восполнять потери, которые несут корпуса вторжения в боях с русскими гарнизонами. А Россия уже разорена вконец долгой кровопролитной войной, эпидемиями, опричными репрессиями. Крестьяне, обнищав, разбегаются от государева тягла в места дикие и отдаленные. Помещики скрываются «в нетях» от царских приставов, набирающих новые полки.