Операция СЪВМЕСТНИ УСИЛИЯ отстъпи място на по-нататъшни усилия за стабилизация (операции СЪВМЕСТНА СТРАЖА и СЪВМЕСТНА КОВАЧНИЦА — от декември 1996 до 1999 година). По-голямата част от личния състав на ССО участваше като специалисти по психологически операции и граждански въпроси.
През март 1999 г. НАТО започна операция СЪЮЗНИЧЕСКА СИЛА, за да сложи край на агресивната сръбска кампания за етническо прочистване срещу етническите албанци (предимно мюсюлмани) в Косово. Коалицията на НАТО от деветнайсет страни бомбардира тежко Сърбия в продължение на седемдесет и осем дни, в края на които сръбският президент Слободан Милошевич вдигна бялото знаме и се съгласи да спре етническото прочистване. Дотогава по-голямата част от милион бежанци бяха изгонени от Косово.
По време на операция СЪЮЗНИЧЕСКА СИЛА екипите по граждански въпроси координираха широкомащабна хуманитарна помощ с други американски агенции и международни хуманитарни организации. Самолети на ССО пренасяха храни и припаси. Командните самолети „Соло“ ЕС–130Е на екипите за психологически операции излъчваха радио– и телевизионни програми на сръбски език, за да информират хората за политиката на геноцид на тяхното правителство и да ги предупредят срещу извършването на военни престъпления в подкрепа на тази политика.
Бойните и спасителни хеликоптери на ССО МН–53 „Пейв Лоу“ и МН–60 „Пейв Хоук“ спасиха двама американски пилоти (единият на F–117, а другият на F–16), свалени над Сърбия. Тези две мисии им отнеха по-малко от минута престой на земята.
По време на последвалата операция ОБЕДИНЕНА ЗАЩИТА свързочни екипи на ССО започнаха улично патрулиране из оперативния им район в Косово. Те уредиха също така срещи между местните албанци и сърби за намаляване на етническото насилие, извършваха претърсвания за притежаване на нелегално оръжие и помагаха на разследващите военни престъпления в откриването на масови гробове. Макар екипите на ССО да не успяха да спрат насилието, те установиха добри отношение и с двете местни етнически фракции и точните им доклади от мястото на събитието даваха на ръководството ясна представа за местните условия.
Хуманитарни разминиращи операции. През 1988 г. в Афганистан оставаха милиони мини от съветската инвазия и предотвратяваха завръщането на милиони бежанци по домовете им. Войници от 5-та група на специалните сили бяха изпратени в Пакистан, за да работят с персонала на ООН и афганистанците бежанци за откриване на начин за безопасно премахване на това трагично наследство. Резултатите се превърнаха в прототип за други хуманитарни разминиращи програми на ООН и ССО.
Това не беше лесна работа. Нямаше ефективно афганистанско правителство и трябваше да се координират усилията на многобройни организации. Войниците от ССО трябваше повече или по-малко да измислят програмата на място и след това да я обясняват на всички останали участници. Враждуващите и подозрителни афгански племена и фракции също не улесняваха нещата. Специалните сили трябваше да използват своите политически умения повече от техническите.
На практика програмите за обучение на ССО обучиха милиони афганистанци как да разпознават, избягват, съобщават или унищожават мини и как да организират програми за обучение, които могат сами да осъществяват. Когато подразделенията на ССО напуснаха Афганистан през 1991 г., афганистанците бяха в състояние да се справят с разминирането без допълнителна външна помощ.
По-късно бяха осъществени и други програми на ССО за обучение по разминиране в Камбоджа, Лаос, бивша Югославия, Централна Америка и на други места, а екипите за психологически операции и граждански въпроси изиграха важна роля, за да осъзнаят местните хора опасността от пехотните мини и за обучението им по разминиране.
Инициативата за реагиране на африканската криза. След геноцида в Руанда през 1994 г. и безредиците през следващата година в съседна Бурунди, сочещи към подобен изход, Министерството на отбраната на Съединените щати изработи план за справяне със ситуацията — и други подобни на него, — основан на обучение на подразделения с размерите на батальон от свободни и демократични африкански страни за провеждане на мироопазващи операции в рамките на континента. Този план прерасна в Инициатива за реагиране на африканската криза (ИРАК), която Държавният департамент предприе през есента на 1996 година.
Въпреки че в програмата ИРАК бяха използвани различни военни активи от Съединените щати и техните съюзници, подразделенията на специалните сили скоро се озоваха в центъра на програмата.