5. Контрол на повишенията, назначенията, задържането, обучението и професионалното развитие на целия личен състав на ССО.
6. Утвърждаване и предаване на предложения за програма и бюджет за Основна военна програма 11 (ОВП–11).
7. Разработване и снабдяване с екипировка, материали, припаси и услуги, характерни за специалните операции.
Последните две задачи — справянето с ОВП–11 и разработката и снабдяването с конкретна за специалните операции екипировка — направиха уникално СЩСОКОМ сред останалите обединени командвания. Тези отговорности — наречени „специфични войскови“ — бяха изпълнявани досега предимно от отделните родове войски. Конгресът предостави на командването изключителни правомощия за структурата, екипировката и осигуряването на ССО.
Мисията на командването се развиваше заедно с променящата се геополитическа среда. Разпадането на Съветския съюз и възникването на проблема с регионалната нестабилност поставиха още по-големи изисквания пред възможностите на ССО, като това увеличи оперативното темпо (оптемпо) и предизвика нуждата от по-голямо участие на ССО в мироопазващи и хуманитарни операции. По-късно СЩСОКОМ добави бойното командване и контрола на борбата с разпространението на оръжията за масово унищожение и разузнавателните операции към списъка си с основни задачи и разшири контратерористичната мисия с включването на отбранителни мерки (антитероризъм).
От 1987 г. се смениха шестима главнокомандващи: генерал Джеймс Дж. Линдзи служи от 16-ти април 1987 до 27-ми юни 1990 г.; Карл У. Стайнър — от 27-ми юни 1990 до 20-ти май 1993 г.; Уейн А. Даунинг — от 20-ти май 1993 до 29-ти февруари 1996 г.; Хенри X. Шелтън — от 29-ти февруари 1996 до 25-ти септември 1997 г.; Питър Дж. Шумейкър — от 5-ти ноември 1997 до 27-ми октомври 2000 г.; Чарли Р. Холанд — от октомври 2000 г. до настояще време. Всеки главнокомандващ на Командването за специални операции остави своя отпечатък в обществото на ССО, докато реагираше на значителни промени във военния пейзаж. Разпадането на Съветския съюз, съкращаването на американските въоръжени сили, появата на нови страни агресори, засилената регионална нестабилност, високоорганизираният международен тероризъм и разпространяването на оръжията за масово унищожение — всичко това доведе до увеличено използване на ССО от командирите на традиционни американски подразделения, от посланиците и от други правителствени агенции.
Най-голямото предизвикателство пред генерал Линдзи бе превръщането на командването в движеща сила зад одобреното от Конгреса съживяване на ССО, без да отблъсне конвенционалните военни командири. Това не беше лесна задача предвид съпротивата в много военни кръгове против самото съществуване на командването. Като пръв главнокомандващ на Командването за специални операции той разработи приоритетите за неговото функциониране. Те бяха: организиране, попълване с персонал, обучение и екипиране на щаба; създаване на необходимите оперативни системи, включително разузнавателна, както и информационна и логистична поддръжка; разработване на взаимоотношенията, необходими за изпълнение на неговите роли и мисии; създаване на Основна военна програма 11 (ОВП–11) за осигуряване контрола на ССО над собствените им финанси; изграждане на командно-контролни отношения със съставните подразделения, с помощник-министъра на отбраната за специални операции и конфликти с ниска интензивност и с подразделенията за специални операции, придадени към главнокомандващите различни театри на бойните действия; дефиниране на изискванията към ССО в световен мащаб и скициране бъдещето на командването. Генерал Линдзи беше изправен и пред два основни оперативни теста, за които осигури обучени и готови сили — операция РЕШИТЕЛНА ВОЛЯ/ОТЛИЧЕН ШАНС ЕДНО в Персийския залив и операция СПРАВЕДЛИВА КАУЗА/В ПОМОЩ НА СВОБОДАТА в Панама. Използването на ССО от главнокомандващите театрите на бойните действия се увеличи значително по време на мандата на генерал Линдзи.
Създаването на ОВП–11 беше специален и уникален приоритет както за генерал Линдзи, така и за Конгреса. По подобие на другите родове войски, СЩСОКОМ трябваше да има свой собствен бюджет и щеше да бъде отговорно за определянето на собствените си финансови нужди, включително за научно-развойна дейност, екипиране и обучение на всички ССО към всички родове войски.
Въпреки че поправката „Нън-Коен“ създаде ОВП–11 за реформиране финансирането на ССО, буквата на закона позволяваше различни интерпретации и някои чиновници от Министерство на отбраната твърдяха, че новото командване не трябва да предава собствен Програмен меморандум за целите (ПМЦ), който дефинира и оправдава всички необходими за бойната готовност програми и инициативи, включително разпределението на финансирането във времето (по такъв начин ПМЦ служи като основа за изграждане на бюджета). Армията искаше да запази контрола си над финансирането на ССО, за да може да използва средствата за други цели, както бе свикнала винаги да постъпва.