Този спор продължи до септември 1988 г., когато сенаторите Нън и Коен изясниха намеренията на Конгреса, заявявайки, че вносителите на закона „напълно възнамеряваха главнокомандващият Командването за специални операции да носи единствен цялата отговорност за подготовката на ПМЦ“. Същия месец Конгресът прие Обществен закон 100–456, който разпореждаше на главнокомандващия Командването за специални операции да предава ПМЦ директно на министъра на отбраната.
Четири месеца по-късно, на 24-ти януари 1989 г., помощник-министърът на отбраната Уилям X. Тафт IV подписа меморандум, с който даваше на главнокомандващия Командването за специални операции бюджетна власт над ОВП–11. Малко след това кабинетът на министъра на отбраната (КМО) предостави на СЩСОКОМ контрол върху определени ОВП–11 програми (на 1-ви октомври 1990 г.) и пълен контрол върху тях през октомври 1991 година.
По закон родовете войски са отговорни за обучението, екипирането и модернизирането на съответните си сили. Главнокомандващите не са. Те поемат определените им сили и ги разгръщат. Различните родове войски отдавна „ограбваха“ ССО, като прехвърляха за други нужди определени за тях средства. Предоставянето на финансова самостоятелност на ССО беше основната причина за поправката „Нън-Коен“.
За пръв път на главнокомандващ бе предоставена отговорността за бюджет и ПМЦ.
Сложният, политически чувствителен процес на създаване на ново обединено командване продължи и през мандата на Карл Стайнър като главнокомандващ Командването за специални операции. Той притисна командването за изпълнение на предвидените условия в поправката „Нън-Коен“; надзираваше изпълнението на разработването и снабдяването с „типични за специалните операции“ екипировка, материали, припаси и услуги и надзираваше предаването от командването на напълно защитени бюджети, основани на изискванията към мисиите на ССО.
След ПУСТИННА БУРЯ той отдели голяма част от времето си за популяризиране способностите и успехите на ССО във и извън армията. Подкрепата за главнокомандващите на различните театри на бойните действия и поддържането на бойната готовност на ССО също бяха първостепенни приоритети. И накрая, той убеди министъра на отбраната да определи екипите за психологически операции (ПСИОП) и по гражданските въпроси като части от ССО. Това позволи на СЩСОКОМ да командва и контролира тези подразделения в мирно време, както и във война, което силно подобри способността на командването да финансира, обучава, екипира и организира тези сили.
По време на неговия мандат оптемпото на ССО се увеличи с 35 на сто. СЩСОКОМ поддържаше известен брой операции по целия свят, сред които най-известните бяха ПУСТИНЕН ЩИТ/ПУСТИННА БУРЯ, ОСИГУРИ КОМФОРТ (подкрепа на кюрдските бежанци), ОСИГУРИ ХУМАНИТАРНА ПОМОЩ и ВЪЗСТАНОВЕНА НАДЕЖДА (хуманитарни операции в Сомалия).
Главните предизвикателства по време на мандата на генерал Даунинг бяха да се продължи съживяването на ССО и подготовката на общността на ССО за XXI век. За изпълнението на тези цели генерал Даунинг подобри снабдяването със специфична за ССО екипировка, съсредоточи повече усилията на командването върху новопоявяващи се заплахи и приспособи изискванията на бюджета на ССО към намаления бюджет на Министерството на отбраната. Неговите промени в разпределението на средствата доведоха до много по-ефективен процес на стратегическо планиране. По време на мандата му оптемпото на ССО отново се увеличи с участието на ССО в УНИСОМ II (Сомалия), ПОДКРЕПА И ЗАЩИТА НА ДЕМОКРАЦИЯТА (Хаити) и СЪВМЕСТНИ УСИЛИЯ (Босна и Херцеговина), както и при много други по-дребни непредвидени случаи и действия.
Генерал Хенри Шелтън ръководеше командването в период на силно ограничени ресурси и изключително голямо търсене в световен мащаб на подкрепата на ССО. Операциите на ССО се увеличиха с 51 на сто и разгръщането на личния състав нарасна със 127 на сто. Само през 1996 г. ССО бяха разгърнати в 142 страни и участваха в 120 антинаркотични мисии, 12 мисии за обучение по разминиране и 204 съвместни учения с други държави. Най-голямото оперативно участие на ССО на генерал Шелтън беше в операция СЪВМЕСТНИ УСИЛИЯ/СЪВМЕСТНА СТРАЖА, мироопазващата мисия в Босна, а специални оператори помагаха в мирни евакуации от такива кризисни райони като Либерия, Сиера Леоне и Албания.