В 2004 г., после того как новый президент Грузии Михаил Саакашвили объявил курс на восстановление ее территориальной целостности, в зоне конфликта снова обострилась ситуация и усилилась напряженность.
В августе 2004 г. дело дошло до кровопролитных столкновений. Грузинские войска безуспешно пытались установить контроль над стратегическими высотами вокруг Цхинвали, но, потеряв несколько десятков человек, были отведены.
12 ноября 2006 г. в Южной Осетии были одновременно проведены парламентские выборы и референдум о независимости на территории, контролируемой властями Южной Осетии (здесь победил Э. Кокойты и большинство участников референдума высказалось за независимость) и выборы на территории, контролируемой грузинскими властями, в том числе среди беженцев из Осетии, находящихся на территории собственно Грузии (здесь победил Д. Санакоев). Каждая из сторон признала свои выборы демократичными и отражающими волю народа, а выборы противоположной стороны — сфальсифицированными. Оба победителя принесли присягу народу Южной Осетии, претендовали на власть на всей территории Южной Осетии и обвиняли друг друга в коллаборационизме — с Россией и Грузией соответственно.
По сообщению некоторых российских источников, ещё в 2006 г. в Грузии существовал план под кодовым названием «Бросок тигра», который предполагал до 1 мая 2006 г. принудить Россию, при поддержке США и ОБСЕ, вывести своих миротворцев из Южной Осетии. Под предлогом локализации района конфликта и обеспечения безопасности грузинского населения предполагалось создать группировку грузинских войск на границе с Южной Осетией.
В 2007 г. Саакашвили потребовал вывести российские войска из Грузии. Самой крупной базой была Ахалкалаки. Войска были выведены досрочно — 15 ноября 2007 г., хотя планировался их вывод в течение 2008 г. Российские миротворцы, действующие по мандату СНГ, остались в Абхазии и по Дагомысским соглашениям — в Южной Осетии.
Грузия стала резко наращивать вооружения, стремясь вступить в НАТО. В бюджете Грузии на 2008 г. были запланированы расходы Министерства обороны, составляющие четвертую часть всех годовых доходов. Одним из последних документов ООН перед грузино-осетинской войной был доклад Генерального секретаря о положении в Абхазии и Грузии. Но по-разному оценили его в Москве и Тбилиси.
Напряжённость между грузинами и абхазами появилась в конце 1980-х гг. Она была вызвана призывами грузинских националистических группировок к независимости от СССР. Руководство Абхазии, напротив, хотело бы остаться в составе СССР, особенно после того, как в 1989 г. в Тбилиси прошли массовые демонстрации с требованием отменить абхазскую автономию. В августе 1992 г. в Абхазию под предлогом освобождения захваченного звиадистами вице-премьера правительства Грузии А. Кавсадзе, а также для охраны железной дороги и других важных объектов были введены грузинские войска, что послужило началом вооруженного грузино-абхазского конфликта. Его военная фаза закончилась в сентябре 1993 г., когда грузинские войска были вынуждены полностью покинуть Абхазию.
Война сделала абхазский вопрос главным в политической повестке дня Грузии и стала важнейшим препятствием для развития российско-грузинских отношений. Российская Федерация с самого начала прилагала активные усилия к мирному политическому урегулированию конфликта. В Москве, спустя две недели с момента начала конфликта — 3 сентября 1992 г., было достигнуто первое Соглашение о прекращении огня и невозобновлении боевых действий. Сторонами Соглашения были Россия и Грузия, при участии представителей Абхазии.
14 марта 1993 г. при посредничестве России между Грузией и Абхазией было подписано Соглашение о невозобновлении боевых действий и неприменении силы друг против друга. Однако через два дня, 16 марта, на Сухуми со стороны Грузии была осуществлена крупномасштабная атака с участием авиации.
В период боевых действий было принято несколько так называемых джентльменских, а также официальных соглашений. С рядом заявлений и резолюций выступил Совет Безопасности ООН. Но они систематически нарушались. 23 июля 1993 г. между противоборствующими сторонами было заключено перемирие. Россия выступила гарантом выполнения абхазской и грузинской сторонами соглашения по разоружению и мирному выходу из кризисной ситуации. 14 мая 1994 г. в Москве между грузинской и абхазской сторонами при посредничестве России было подписано Соглашение о прекращении огня и разъединении сил. На основе этого документа и последующего решения Совета глав государств СНГ в зоне конфликта с 23 июня 1994 г. размещены Коллективные силы СНГ по поддержанию мира, представленные российскими военнослужащими, в задачу которых входило поддержание режима невозобновления огня. Россия обеспечивала их финансирование и материально-техническую поддержку. Одновременно Совет Безопасности ООН учредил Миссию ООН по наблюдению в Грузии (МООННГ). Также была образована Группа друзей Генерального секретаря ООН по Грузии (ГДГ), куда Россия вошла вместе с Великобританией, Германией, Францией и США.