После смерти Тороса II трон занял его брат Мелек (1169–1174). Он вел удачные войны с греками, но за жестокость был убит собственными войсками в городе Сисе. После него киликийский престол перешел к Рубену II (1174–1177), сыну младшего брата, а затем к его брату Леону II (1177–1212). Новый царь прежде всего занялся внутренними делами страны: строительством городов, дорог, развитием торговли, ремесел, наук. Одновременно он был и прекрасным воином. Силой оружия он вернул Исаврию, захваченную турками. Он принял активное участие Третьем крестовом походе (1189–1193 гг.).
Заключив договор с прибывшим в Малую Азию Фридрихом Барбароссой, он готов был присоединиться к крестоносцам, но внезапная смерть германского императора при переправе через реку Кидн изменили планы Леона. Прибывший же вскоре английский король Ричард Львиное Сердце нашел в Леоне готового союзника.
Такая близость с крестоносцами не могла ни привлечь внимание католической церкви. Папа римский, понимая трудное положение Киликии, вынужденной постоянно сражаться, стал предлагать свое покровительство в обмен на слияния армянской церкви с католической. Леон остался глух к этим предложениям. В это время пограничные споры с захваченной крестоносцами соседней Антиохией закончились миром и брачным союзом дочери Леона Алисии с Раймондом – сыном правителя Антиохии Боэмунда Тарентского. Но после смерти Раймонда, а затем Боэмунда разгорелись династические споры между Рубеном, сыном Алисии, и Рубеном Одноглазым, младшим сыном Боэмунда. В союзе с рыцарями Ордена Тамплиеров Рубен Одноглазый объявил войну Леону, поддержавшего права своего внука. Папа римский, поддержав противника Леона, отлучил киликийского царя от церкви. Но ничто не помогло. Леон быстро направился в Антиохию и отстоял права внука.
Рубен Одноглазый, заручившись новым союзом иконийского султана, двинулся вслед Леону. Леон быстро отбросил союзников от своих границ и окончательно утвердил права своего внука в Антиохии в 1211 г. После смерти Леона II в 1212 г. престол перешел к его несовершеннолетней дочери Изабелле. Муж Изабеллы Хетум I (1226 г.) стал правителем Киликии.
В это время в Малой Азии появилась новая сила. Монголы, стремительной лавиной спустившись по течению Куры, вытеснили турок из Великой Армении, заняли часть Сирии, Месопотамии, Кападокии и стали соседями Киликии. Хетум поспешил поднести хану Бату дары и заключил с ним договор о мире и дружбе.
Так, Киликия, защищенная новым союзом от турок и греков, могла спокойно заниматься своими внутренними делами. Между тем престол монгольского государства Хулагидов вступил внук Чингиз-хана Менгу-хан (Великий хан). Теперь Хетум сам отправился в Орду для поздравления и подношения даров. Менгу-хан подтвердил союз монголов с Киликией.
Как союзник монголов, Хетум участвовал в походе Менгу-хана против сарацин (египетских арабов, потомков Сарры). Вернувшись из похода, Хетум обнаружил, что иконийский султан Эддин захватил несколько киликийских городов. С помощью монголов царь Киликии не только вернул эти города, но и приобрел новые, а также, разбив алепского султана Мелек-Назара, присоединил к Киликии его столицу город Алеппо и часть его земель.
После смерти Менгу-хана в Орде начались внутренние беспорядки. Встал вопрос о выборе нового хана. Не желая пропустить такое важное для Киликии событие, Хетум отправился в Орду. В его отсутствие в Киликию вторгся египетский султан Бибарс. Мстя за участие Хетума в походе на Египет, он разорил Киликию, а старшего сына Хетума Леона взял в плен. Младший же, Торос, погиб в бою.
Предчувствуя подобный поворот событий, Хетум перед своим отъездом в Орду уступил папским легатам и подписал акт о соединении армянской и католической церквей. Этим он хотел приобрести мощного союзника в лице Рима. Но, вернувшись из Орды и выкупив сына, он прекрасно понял, что судьба Киликии мало волнует Папу. Аннулировав в одностороннем порядке акт договора, Хетум оставил трон сыну Леону III (1269–1288) и постригся в монахи. Леон направил все свои силы на восстановление страны, развитие ее культуры, учреждение школ. Тысячи переписчиков при монастырях и церквях трудились над переписыванием древних рукописей, составлением летописей.
Новое нашествие Бибарса (1275 г.), нарушившего мирный договор с Хетумом I, застало Леона врасплох. Он вынужден был бежать в Таврские горы, а мамелюки (воины-невольники, отличались прекрасной военной выучкой и особой жестокостью) разграбили город Тарс и захватили множество пленных. А после их ухода в стране началась эпидемия чумы. Вслед за этим Бибарс вновь появился в Киликии (1277 г.), но армяне на этот раз были готовы к битве. Они разгромили войска Бибарса, а он сам от полученных ран умер в Дамаске.