Японцы 26 февраля также осуществили бомбардировку Порт-Артура перекидным огнем, выпустив около 150 крупных снарядов. Три русских корабля, включая "Славу", получили небольшие повреждения. В качестве ответной меры командующий флотом распорядился установить на господствующих высотах несколько орудий, организовал стрельбу своих броненосцев из гавани по району маневрирования японских кораблей и приучил эскадру выходить на внешний рейд за 2-3 часа, а не за 10-12, как это делалось до того.
Вскоре Макарову пришлось принимать меры и по обучению эскадры вопросам борьбы с подводными лодками, так как практически каждая ночная тревога сопровождалась заявлениями наблюдателей о якобы увиденных ими вражеских субмаринах. Для правильного опознания подводной угрозы 1 марта командующим было приказано на каждом корабле нарисовать силуэты подлодок в надводном, позиционном положении и под перископом, а также выделить специальных сигнальщиков для наблюдения за морем и опознавания лодок. Кораблям вменялось в обязанность стрелять по обнаруженной лодке, а катерам и миноносцам - идти на таран.
9 марта японский флот под командованием вице-адмирала Х.Того в полном составе (6 броненосцев, 6 броненосных и 6 бронепалубных крейсеров) снова вел артиллерийский обстрел внутреннего рейда русской крепости. Ему в течение двух часов отвечали 8 русских броненосцев и 4 крейсера. Стрельба велась с большой дистанции (около 80 кабельтовых), но русские комендоры с "Громобоя" сумели добиться попадания 10-дюймовым снарядом в броненосец "Фудзи", на котором, по японским данным, было 7 убитых и раненых. После этого противник отошел.
Спустя пять дней состоялась очередная попытка японцев заблокировать вход в гавань Порт-Артура четырьмя брандерами, которая вновь была сорвана огнем русской эскадры. У русских в бою с сопровождавшими брандеры миноносцами довольно ощутимо пострадал только миноносец "Сильный" (8 погибших, 14 раненых). Макаров при этом, дабы быть поближе к происходящему, руководил отражением атаки не с флагманского "Ретвизана", а с борта канонерской лодки "Кореец", что еще более подняло авторитет лихого командующего в глазах его подчиненных.
После этого нападения в крепости была вновь усовершенствована система обороны рейда - теперь она состояла из подчиненных общему плану прикрытия порт-артурской гавани и применяемых совместно береговых батарей, бонов, затопленных пароходов, управляемых крепостных минных заграждений, канонерских лодок, дежурных миноносцев и катеров, а также по-прежнему пребывающего на внешнем рейде поврежденного, но отнюдь не утратившего своей боевой мощи "Георгия Победоносца". Для выхода кораблей в море оставили небольшой, но достаточный проход, перекрываемый боном с сетями.
За предпринятые меры по инженерному оборудованию рейда во многом стоило благодарить произведенного 28 марта в контр-адмиралы И.К.Григоровича, который ранее командовал погибшим "Пантелеймоном" и чудом уцелел при гибели броненосца. На должности начальника порта, которую доверили Ивану Константиновичу, его организаторские таланты нашли себе наилучшее применение. Более того, именно благодаря административным способностям Григоровича и заведенному им образцовому порядку во всех областях портового хозяйства флот до конца осады не знал недостатка в угле, материалах снабжения и боевых запасах.
Тем временем японцы не оставляли надежд окончательно вывести из строя русскую эскадру, даже после всех понесенных потерь представлявшую серьезную угрозу планам высадки их армии на Ляодунский полуостров. Однако же активные действия адмирала Макарова срывали все их попытки закупорить вход в гавань Порт-Артура с помощью брандеров и обстреливать внутренний рейд перекидным огнем с броненосцев. Так, не стала удачной и очередная бомбардировка крепости, произведенная 22 марта японскими броненосцами "Фудзи" и "Ясима" из Голубиной бухты. Оба корабля выпустили вместе две сотни 12-дюймовых снарядов, но добились лишь минимального эффекта.
Поэтому в следующей свой попытке нейтрализовать корабли противника в Порт-Артуре адмирал Того действовал куда более тонко, решив скрытно поставить напротив выхода из гавани минное заграждение, а затем, показавшись у стен крепости лишь малой частью своих сил, выманить русскую эскадру в море. Зная горячий характер своего оппонента, Того был уверен, что Макаров обязательно пустится в погоню за "приманкой" и в результате либо попадет на минное поле, либо будет наведен на главные силы японцев вдали от базы.
К решению этой задачи привлекли наскоро приспособленный для постановки мин небольшой транспорт "Корю-Мару", прикрываемый тремя отрядами истребителей и одним отрядом миноносцев, а также крейсерским отрядом-"приманкой" в составе броненосных крейсеров "Асама" и "Токива" и бронепалубных "Читозе", "Касаги" и "Такасаго". При этом для большего эффекта устанавливаемые мины были непростыми - они не имели якорей и обладали отрицательной плавучестью, удерживаясь на заданной глубине с помощью поплавков, а также соединялись 100-метровыми отрезками троса в связки по четыре мины в каждой. Такая их конструкция предполагала, что при захвате троса носом корабля мины на ходу притянет к его бортам, где и произойдет взрыв.
Охранявшие транспорт миноносцы отвлекли на себя внимание русских сторожевых постов, и минная постановка прошла успешно. О неизвестных миноносцах, ходящих по внешнему рейду, доложили адмиралу Макарову, но тот, приняв их за свои легкие силы, посланные в ночной поиск, никаких мер по обследованию подозрительного района не предпринял. Расплатой за такую беспечность стали события 31 марта 1904 года.
Днем ранее Макаров, получив сведения о том, что японцы готовятся сосредоточить у острова Эллиот транспорты для высадки войск на берег, послал к острову 8 миноносцев с задачей уничтожить суда противника. При подходе к острову миноносцы выключили кильватерные огни, но если корабли 1-го отряда хорошо держали строй даже в таких условиях, то во 2-м, где экипажи были менее опытными, из-за опасений протаранить впереди идущие мателоты начали постепенно увеличивать расстояния между ними. В конце концов миноносцы этого отряда потеряли друг друга и вынуждены были действовать поодиночке.
Для недавно завершенного постройкой миноносца "Страшный" это имело, увы, и самые страшные последствия. Командующий им капитан 2 ранга К.К.Юрасовский только недавно прибыл в Порт-Артур и еще плохо знал театр военных действий. Поэтому, обнаружив в темноте идущие впереди 4 миноносца, он принял их за свои и пристроился к ним в кильватер. Тот факт, что его позывные остались без ответа, командира не насторожил. 31 марта на рассвете "Страшный" повторно дал опознавательный сигнал, но ответом ему стал артиллерийский огонь - шедшие впереди корабли оказались охранявшим "Корю-Мару" 2-м отрядом истребителей капитана И.Исиды, державшего брейд-вымпел на "Икадзучи".
Юрасовский был убит уже вторым залпом и командование принял лейтенант Е.А.Малеев. Комендоры миноносца энергично отвечали неприятелю, удалось выпустить мину из носового аппарата, в цель, к сожалению, не попавшую. Однако вскоре на миноносце был поврежден паропровод, скорость корабля начала падать - и с ней шансы на спасение "Страшного". А на восьмой минуте боя от вражеского снаряда сдетонировала подготовленная к стрельбе торпеда во втором аппарате. Сильнейший взрыв убил всех находившихся вокруг моряков, проломил палубу и вывел из строя обе машины корабля.
"Страшный" остановился, продолжая отвечать из всех исправных орудий, каковых в условиях огневого превосходства японцев становилось все меньше. Но до самого момента гибели избиваемого в упор миноносца раненый лейтенант Малеев продолжал отстреливаться из единственной сохранившейся картечницы Норденфельда, снятой с японского брандера. Увы, храбрость русских моряков уже не могла спасти корабль - примерно в 6.20 искалеченный "Страшный" пошел ко дну.
Получив сведения о перестрелке от пришедшего в Порт-Артур "Смелого", к месту гибели миноносца вскоре подошел крейсер "Варяг". Ему удалось отогнать миноносцы Исиды и поднять из воды пятерых моряков со "Страшного", остальные 63 члена экипажа погибли. Вести спасательные работы "Варягу" пришлось под огнем 2 броненосных и 3 бронепалубных крейсеров японцев из отряда-"приманки", но кроме осколочных пробоин от близких взрывов повреждений он не получил.