При этом излишних иллюзий относительно удержания Цзиньчжоуской позиции штаб Кондратенко, принимая во внимание соотношение сил, не питал. И основную свою задачу командующий сухопутной обороной крепости, как и прежде, видел в том, чтобы максимально задержать противника, нанеся ему как можно больший урон, и дать возможность подготовить к обороне уже очередную позицию - Нангалинскую, которая в это время экстренно доводилась до требуемых кондиций как гарнизоном крепости, так и силами наемных китайских рабочих. Возможно, позиция у Тафашина была бы более предпочтительной, но русские опасались, что в случае их отхода противник при должной настойчивости может ворваться на нее, что называется, на плечах отступающих, так как отстояла она от Цзиньчжоу всего на 4 версты.
21 июня было ознаменовано началом второго штурма японского Цзиньчжоуской позиции. В нем приняли участие все силы 3-й армии Ноги и часть 2-й армии (26 тысяч пехоты, 128 орудий и 40 пулеметов) - прочие силы Оку были оставлены прикрывать действия японцев уже с севера.
Повторить трюк с поддержкой обороняющихся огнем из залива Хунуэза в этот раз не удалось - японцы не теряли времени и на совесть заминировали подходы к нему. Поэтому когда у миноносцев, сопровождавших выдвигавшиеся на позицию в ночь с 20 на 21 июня канлодки "Манджур" и "Хивинец", взрывами подсекаемых мин уничтожило все тралы и стало ясно, что дальнейший путь приведет лишь к бессмысленной гибели, русские корабли повернули назад.
Впрочем, японские канонерки, которые как минимум собственные заграждения в районе залива Хунуэза знали, под прикрытием миноносцев все же вышли туда на поддержку своих войск. Опрометчивость этого шага показала гибель 22 июня на мине с 22 членами экипажа винтового корвета "Каймон", используемого японцами в качестве корабля береговой обороны.
Следует отметить, что у Того на начало второго штурма Цзиньчжоу в целом был перевес по силам - в строю находились все его четыре броненосца, броненосные крейсера "Касуга" и "Якумо", семь легких крейсеров ("Чиода" 13 июня подорвался на мине в бухте Тахе, но был отбуксирован сначала к островам Эллиот для временной заделки пробоины, а затем в Сасебо) и отряд Катаоки из "Чин-Иена", "Ицукусимы", "Мацусимы" и "Хасидате". Макаров же располагал только четырьмя относительно исправными броненосцами и таким же количеством крейсеров. В случае острой нужды в море могли выйти еще и "Победа" с "Рюриком", но лучше бы было этого избегать до исправления всех их повреждений.
Тем не менее, вся эта японская армада осталась практически не у дел - Того обоснованно опасался лезть со своими крупными кораблями в том "суп с клецками", в который после всех минных постановок и японцев, и русских постепенно превращались воды, непосредственно прилегающие к Квантунскому полуострову. Да и опыт "общения" с Макаровым в боях 2 и 25 мая, где тот показал себя достаточно опасным противником, тоже заставлял японского командующего осторожничать с выходами к Порт-Артуру. А повторять рейд "летучего отряда" Дубасова в залив Сахайкоу, выделяя для этого часть своих крупных кораблей, было довольно опасно - в этом случае русские могли рискнуть и наведаться к зоне высадки у Бицзыво и базе у островов Эллиот. И кто знает, как бы там обернулось дело...
Поэтому поддержка своих войск из залива Сахайкоу свелась для японцев лишь к огневому налету на левый фланг русских, произведенному прошедшим туда отрядом японских миноносцев - канонерки, памятуя судьбу "Цукубы", решено было не посылать. Налет вышел коротким - веским аргументом в пользу его прекращения стали две морские шестидюймовки Канэ, установленные русскими в качестве импровизированной береговой батареи. Их огнем японские корабли, которыми к тому же были замечены несколько сорванных с якорей русских мин из числа ранее выставленных здесь "Амуром", удалось сравнительно легко отогнать.
А единственным случаем, когда японские главные силы в этом бою хоть как-то проявили себя, стал их поход к заливу Талиенван. Русские после интенсивного траления (минные постановки японцев им также весьма досаждали) смогли вывести в этот залив почти под занавес сражения прикрываемый миноносцами и "Яхонтом" "Громобой" с его дальнобойной артиллерией. Увы, но огонь броненосца, ведущийся с изрядной дистанции, был уже не столь действенен, как при первом штурме Цзиньчжоуской позиции. К тому же обнаруженное приближение главных сил японского флота вынудило русские корабли возвращаться в Порт-Артур.
В результате 23 июня, несмотря на отчаянное сопротивление русских войск, объединенным силам армий Оку и Ноги удалось выдавить их с Цзиньчжоуской позиции. Продолжающееся наступление японцев, как и предполагалось штабом Кондратенко, не позволило занять Тафашинскую позицию. Но хотя из Талиенвана остававшемуся там отряду казаков и пришлось прорываться с боем, в целом русские войска не были обращены в бегство, а отошли, сохраняя боевые порядки, и заняли укрепления на Нангалинской позиции. Портовые сооружения в Талиенване русские при спешном отступлении почти не тронули. Это упущение в какой-то мере удалось исправить "Громобою", уже перед уходом в Порт-Артур "отгрузившему" на них определенное количество 10-дюймовых фугасов
Потери японцев в ходе второго штурма Цзиньчжоуской позиции, составили, по разным оценкам, от 10,5 до 11,5 тысяч убитыми и ранеными, а также 16 орудий и 3 пулемета. Русские потеряли около 3,9 тысяч человек, 29 орудий (часть из них просто не успевали отвести с позиций под Чзиньчжоу и Талиенваном и их пришлось бросить, предварительно разбив прицелы и вынув замки) и 6 пулеметов - это оружие, уже сполна показавшее себя, велено было спасать в первую очередь. Кроме того, в Талиенване остались ранее снятые с крейсера 2-го ранга "Разбойник" две 152-мм, четыре 107-мм и столько же 47-мм пушек, из них вывести из строя успели только первые два орудия.
Японцы считали, что после устранения главного препятствия в виде Цзиньчжоуской позиции путь к крепости по суше открыт и с оставшимися ее защитниками вполне справится одна 3-я армия Ноги. Поэтому по завершении сражения из 2-й армии в состав 3-й армии были выделены остатки 1-й пехотной дивизии (около 7 тысяч человек и 12 орудий), а оставшиеся части Оку выдвинулись обратно к Вафангоу, к северному прикрывающему отряду, для действий против основных сил Куропаткина. Соответственно, армии Ноги, к которой уже направлялись из Японии дополнительные подкрепления, предстояло двигаться к Порт-Артуру.
Русские тем временем продолжали закрепляться на Нангалинской позиции и мотали на ус уроки второго штурма Цзиньчжоу. Так, была признана вполне реальной угроза прорыва японцами и этой позиции с последующим выходом их к железнодорожной ветке, идущей из Дальнего в Порт-Артур, и ее блокированием, как это уже было при прорыве Цзиньчжоуской позиции с веткой на Талиенван. В этой связи из Дальнего активно эвакуировали разного рода имущество и материалы - особенно по части портового хозяйства, что в дальнейшем во многом обусловило успешную работу уже порт-артурских портовых служб по обеспечению базирования в крепости кораблей эскадры и исправлению их боевых повреждений. Все то, что нельзя было демонтировать и вывезти (особенно причальная, судоремонтная и транспортная инфраструктура), по возможности подготавливалось к взрыву для недопущения использования японцами в случае захвата города. Пригодились и запасенные в Дальнем строительные материалы - они были использованы для сооружения укреплений на Нангалинской позиции и иных рубежах обороны крепости.
Проверку боем все эти приготовления прошли 10 июля, когда русские части 4-й и 7-й Восточно-Сибирских дивизий (19 тысяч человек со 146 орудиями и 24 пулеметами) отразили первую атаку на Нангалинскую позицию со стороны японской 3-й армии, к тому времени с учетом подкреплений насчитывавшей 43 тысячи человек, 192 орудия и 70 пулеметов.