Подпитка революционных сил оружием из-за границы позволила им организовать ряд вооруженных антиправительственных выступлений. Высшей точки эти беспорядки, проходившие в Москве, Ростове-на-Дону, Екатеринославе, Харькове и других крупных городах, достигли в декабре 1905 года. Впрочем, лишенные стараниями русских пограничников значительной части средств для вооруженной борьбы, революционеры в противостоянии с войсками и полицией, который действовали, руководствуясь еще январским приказом Трепова о нецелесообразности лишних церемоний с бунтовщиками, потерпели в итоге поражение и были вынуждены перейти к тактике индивидуального террора против отдельных представителей власти и "капиталистов-эксплуататоров".
Выстрелы и взрывы гремели в то время по всей стране. Их жертвами из числа высших чиновников империи в описываемый период стали бывший военный министр генерал-адъютант В.В.Сахаров, тамбовский вице-губернатор Н.Е.Богданович, начальник Пензенского гарнизона генерал-лейтенант В.Я.Лисовский, начальник штаба Кавказского военного округа генерал-майор Ф.Ф.Грязнов, тверской губернатор П.А.Слепцов. Более того, эсерами готовилось покушение и на самого императора. Среди тех же, кто не относился к российской знати (мелкие чиновники, офицеры, сотрудники полиции, духовенство, землевладельцы, фабриканты и банкиры), только погибших от рук террористов с декабря 1905 по май 1906 года было более 300. Счет раненых шел уже на тысячи.
Масла в огонь подливали и проживавшие в России иудеи, принявшие самое активное участие в антиправительственных выступлениях, прошедших после опубликования "Манифеста 17 октября" во многих городах черты оседлости. Ответной реакцией лояльной правительству части общества стали выступления против революционеров, которые закончились еврейскими погромами. Крупнейшие погромы имели место в Одессе (погибло свыше 400 евреев), Ростове-на-Дону (свыше 150 погибших), Орше (свыше 100), Екатеринославе (67), Минске (54) и Симферополе (свыше 40).
Не лучше, чем в городах, была в то время ситуация и в деревне. Начиная с 1900 года, с мест регулярно поступали предупреждения правительству об обострении аграрного вопроса, тяжелой ситуации в деревне, обнищании и безземелье крестьян, их нарастающем недовольстве. Но сменявшие друг друга правительственные совещания по аграрному вопросу так и не привели к определенным результатам.
За опубликованием царского указа от 15 марта 1905 года, сделавшего возможной подачу всеми подданными через Сенат предложений по усовершенствованию государственного благоустройства, последовал целый поток предложений (наказов) сельских обществ. Стали очевидными недовольство сельского населения аграрным строем, стремление крестьянства к национализации помещичьих земель, степень проникновения в село эсеровских идей, еще более кристаллизовавшихся после создания в августе 1905 года Всероссийского крестьянского союза, стоявшего на аналогичных позициях.
С весны 1905 года резко усилились аграрные волнения (ими было охвачено около 20 процентов уездов), совпавшие по времени с заметным неурожаем. Все происходящее в то время на селе наблюдатели описывали по сути как революцию. Объявленная 5 апреля существенная льгота - облегчение в уплате продовольственных долгов за помощь при неурожаях прошедших лет - не оказала никакого положительного воздействия. Правительство Витте, более всего озабоченное поиском выхода из сложившейся революционной ситуации, а не земельной реформой, было вынуждено, не дожидаясь завершения работы бесконечно тянувшихся совещаний по аграрному вопросу, немедленно, не сформулировав определенные направления аграрной политики, отменить с 5 ноября 1905 года выкупные платежи крестьян.
1906 год также оказался крайне неурожайным и аграрные волнения с весны 1906 года возобновились с еще большей силой, достигнув своего исторического максимума - к июню число охваченных ими уездов по сравнению с 1905 годом выросло вдвое.
Достигшие своего пика в 1905-1906 годах выступления крестьян, имевшие в основном вид забастовок арендаторов помещичьих земель, самовольных порубок в помещичьих лесах, столь же самовольной запашки помещичьей земли и так называемой "разборки" имений, в 1907 году пошли на спад, и далее их интенсивность уменьшалась год за годом, до полного исчезновения к 1913 году. Тому способствовали как суровые меры по наведению порядка и пресечению революционных волнений в стране с использованием военных и полиции, так и начало полномасштабной аграрной реформы с реализацией реальных мероприятий по укреплению земли в собственность и проведением соответствующих землеустроительных работ. Продолжавшие же иметь место трения перешли в основном в форму протестов против землеустроения на таких условиях, которые казались крестьянами несправедливыми.
Впрочем, возвращаясь к событиям в столице и иных городах империи, следует сказать, что развернутый большевиками и эсерами террор все же дал свои плоды, и к весне 1906 года высшее российское руководство все более склонялось к мысли о необходимости очередных уступок обществу, которые смогли бы усмирить революционные проявления. Такие уступки правительство Витте, а точнее, сам Сергей Юльевич видел в наделении создаваемой Государственной думы правом не только лишь подачи законопроектных предложений государю императору, но и самостоятельного принятия законов.
Однако Николай II, человек, как признавали многие современники, достаточно мягкий (если не сказать слабовольный) в ряде иных вопросов, все попытки посягнуть на незыблемость своей власти воспринимал крайне болезненно и неохотно шел на компромисс. Витте в конце концов удалось уговорить его на изменение статуса Думы с законосовещательного на законодательный, но в свете непременного требования Николая II предусмотреть в законодательстве норму о необходимости окончательного одобрения всех принятых законов императором и права наложить вето на любой из них реальные полномочия Думы, по сути, по-прежнему заканчивались бы там, где начиналось волеизъявление монарха.
Подобная ситуация однозначно не устраивала ни социалистические партии, ни крупную буржуазию - и тем, и другим меньше всего нужно было наличие "царского забора" на пути их нормотворческих инициатив.
Выходом, более-менее удовлетворяющим хотя бы две из трех сторон, стало все же состоявшееся по многочисленным просьбам Витте, видевшего в том "самый наш разумный шаг навстречу общественному мнению, ведущий к успокоению народных волнений", изъятие из компетенции монарха права "абсолютного вето", но - с одновременным прописыванием таких правил избрания в Государственную думу, которые позволяли бы всегда иметь в составе Думы большинство из депутатов, лояльных монархии. Соответствующий царский указ, отодвигающий к тому же сроки формирования Думы с учетом новых правил на конец мая 1906 года, был опубликован 19 апреля.
Увы, но это стало одним из заключительных достижений Сергея Юльевича на посту председателя Совета Министров - затаивший недовольство на премьера за его роль в совершении этой вынужденной уступки и пошедший на нее в основном из-за уговоров своей матери, вдовствующей императрицы Марии Федоровны, Николай II 23 апреля 1906 года отправил Витте в отставку. Эта последняя опала скандального чиновника длилась вплоть до самой его смерти в 1915 году. Возглавил правительство после ухода Витте крайне положительно себя зарекомендовавший в ходе усмирения беспорядков в Саратовской губернии тамошний губернатор Петр Аркадьевич Столыпин, который заодно закрепил за собой пост министра внутренних дел. При этом Петр Николаевич Дурново, возглавлявший МВД после ухода 26 октября 1905 года Д.Ф.Трепова по состоянию здоровья на менее хлопотную должность Дворцового коменданта, также был вынужден отправиться в отставку.