На посты троих из четырех советников калькуттского генерал-губернатора были назначены государственные чиновники. Причем ставленники правительства попытались забрать себе большую часть полномочий. Во всяком случае, именно из-за этого возник конфликт в Бенгалии между генерал-губернатором Хейстингсом и его советником Фрэнсисом, который был ставленником правительства. Последний считал, что у Компании нужно отобрать политическую власть и провозгласить суверенитет над английскими владениями в Индии. С другой стороны, этот конфликт показал, насколько представители Компании лучше понимали местные реалии, нежели присланные из Лондона чиновники. Генерал-губернатор предлагал использовать систему, заложенную еще Великими Моголами, когда крестьяне владели небольшими участками земли. Но в итоге решили согласиться на предложение лондонских советников, у крестьян отобрали все старые права, сведя их к положению арендаторов, а собственниками земли остались только заминдары — крупные частные собственники, нередко связанные с самой Компанией. Кстати, именно такая несправедливая система землевладения в итоге стала одной из причин восстания сипаев в середине 19 века.
И государство постепенно, год за годом, все сильнее подбиралось к богатеющей Ост-Индской компании. В 1784 году был принят акт Питта, согласно которому учредили правительственный контрольный совет по делам Индии и генерал-губернатор стал наконец представлять именно государство. Владения компании в Индии и она сама передавались британскому Контрольному совету. Но Компания сохранила полную независимость в сфере торговли, и даже ее формальное подчинение Лондону мало на что повлияло. Это по-прежнему была частная корпорация, только теперь она оказалась чуть больше «под крышей» государства, а все принятые акты лишь усилили слияние чиновников и бизнеса.
Тем более что сам факт присутствия в качестве генерал-губернатора официального чиновника на ход захвата Индии не влиял. Разве что только ускорил его, потому что Компания фактически олицетворяла всю Империю. С конца 18 века, начав с Бенгалии, к середине века 19-го англичане подчинили себе последовательно Кочин, Джайпур, Траванкур, Хайдарабад, Майсур, княжества на северо-западе Индии, центральноиндийские княжества Гуджарат и Синд. К середине 19 века англичане полностью подчинили Панджаб и Северо-Западную границу, это нынешняя граница Пакистана и Афганистана.
Важную роль в захвате Индии играли войска Ост-Индской компании. Сначала англичане воевали традиционно — экспедиционным колониальным корпусом. Но вскоре они стали нанимать на службу и обучать местных жителей, так, уже в 1757 году, когда англичане громили Сираджа-уд-Даула, в английском отряде было 2000 местных наемников. Но по-настоящему формирование войска Компании началось в 1772 году генерал-губернатором Уорреном Хейстингсом. Он как раз сделал основой армии индийских наемников, сипаев. Слово «сипай» происходит от персидского «сипахи» — солдат. Структура войск Компании была такова: старшие офицерские должности обычно занимали англичане, младший состав и рядовой — туземцы. При этом в Индии под контролем Компании оставались и собственно британские подразделения. Так, на 1796 год войска Компании насчитывали 70 тысяч, из них как таковых британцев 13 тысяч, а еще 57 тысяч сипаев. Для туземных подразделений была сформирована отдельная иерархия унтер-офицерских чинов. Сипай соответствовал рядовому британской армии, выше шли ланс-наик, наик и хавильдар в пехоте или ланс-дафадар-стажер, ланс-дафадар и дафадар в кавалерии — то же самое, что сержант, капрал и ефрейтор. Кстати, эти же названия до сих пор используются в индийских и пакистанских наземных войсках.
Пик численности войск Компании был достигнут в 1806 году — ее частная армия состояла из 158 500 человек. Из них сипаев было 134 тысячи. На тот момент вооруженные силы Британской Ост-Индской компании превосходили по численности собственно королевские войска и любую европейскую армию, кроме русской. Офицеры обучались в военной академии Компании в Аддискомбе в графстве Суррей, где изучали не только военное дело, но и язык хиндустани, механику и математику. И было чего ради содержать такую армию и вкладывать миллионы в ее боеготовность.