Преисполненный имперских амбиций, новый шведский король Карл Х Густав тоже нападает на Польшу и Литву. Объединенное государство Речь Посполитая, еще недавно бывшее очень стабильным, оказывается на грани выживания. (В польскую историю это шведское нашествие вошло под названием «потоп».) Москва тут же меняет свою позицию — царь Алексей склоняется к перемирию с поляками: лучше иметь под боком слабую Польшу, чем сильную Швецию. Богдан Хмельницкий против — он не хочет больше никакого мира с Польшей. Самостоятельно, в обход Москвы, он вступает в союз против Польши со шведским королем. Так что, хотя после заключения Переяславского договора между Богданом и московским царем прошел всего год, о нем уже никто не вспоминает.
В октябре 1656 года в нынешнем Вильнюсе (тогда — Вильна) стартуют переговоры между Россией и Польшей. Это настоящая драма для украинцев: по настоянию польской стороны украинцев к переговорам не допускают. А польские дипломаты решают зло подшутить над посланцами Богдана — говорят им, будто московский царь согласился вернуть украинские земли полякам. Это дезинформация, но украинские дипломаты верят.
Богдан, очевидно, больше не считает себя подданным московского царя, связанным Переяславским договором. В альянсе со Швецией и Трансильванией казаки продолжают войну против Польши и даже захватывают Краков. «Потоп» почти уничтожил Речь Посполитую, король Швеции Карл Х Густав, Богдан и другие союзники уже обсуждают, как поделят Польшу.
В июне 1657 года в Чигирин к Богдану приезжает посол из Москвы Федор Бутурлин. Богдан в это время серьезно болен и уже подобрал себе преемника — 16-летнего сына Юрия. Переговоры очень тяжелые: каждый обвиняет другого в нарушении Переяславского договора. Вскоре после встречи с Бутурлиным гетман умирает от инсульта.
Смерть Богдана прерывает бесперспективный диалог — никакой возможности договориться у сторон не было. Но и дальнейшие переговоры приходится отменить: юный Юрий не в состоянии принимать какие-то серьезные решения.
Шестнадцатилетний Юрий Хмельницкий оказывается куда менее удачливым правителем, чем его ровесник Людовик XIV. Генеральный писарь (по сути, глава правительства) Иван Выговский уговаривает подростка отказаться от должности и пойти поучиться в Киево-Могилянскую коллегию, которую возглавляет Иннокентий Гизель. А сам становится гетманом. Правда, Выговский — хоть и опытный политик, но совсем лишен харизмы Богдана и его популярности.
Недовольные им казаки поднимают восстание. Выговский просит помощи у Москвы, но и посланники восставших приезжают в Москву. Царь Алексей принимает и тех и других, обещает помощь Выговскому, но, воспользовавшись кризисом, отправляет во все основные украинские города своих воевод, которые и устанавливают там военную администрацию. Восстание перерастает в настоящую гражданскую войну, с которой Выговскому удается справиться только при помощи крымских татар.
В сентябре 1658 года, спустя год после смерти Богдана, гетман Выговский заключает соглашение с Польшей, которая все же уцелела после войны со Швецией и ее союзниками. Украина войдет в Речь Посполитую на правах третьего равноправного партнера — наряду с Королевством Польским и Великим княжеством Литовским — и отныне будет называться Великим княжеством Руським. Православная вера уравнивается в правах с католической, украинцы получают места в парламенте наравне с поляками и литовцами. Гетман будет избираться без какого-либо вмешательства Польши и чеканить в Украине собственные деньги. В войне короля Речи Посполитой с Москвой казаки могут соблюдать нейтралитет, но в случае нападения московских войск на Украину король обязан защищать ее. Наконец, самый символичный пункт договора: «Случившееся при Хмельницком предастся вечному забвению», то есть про клятву верности украинцев московскому царю официально решено больше не вспоминать. Таким образом, юридически объединение Украины с Россией продлилось всего четыре с половиной года, а фактически и того меньше. (Это не помешает советским руководителям спустя триста лет проводить по этому поводу народные гулянья.)
Этот так называемый Гадячский договор, куда более детальный, чем Переяславский, дипломаты подписывают 16 сентября 1658 года. Только в мае следующего года договор обсуждается в польском сейме — и происходит страшное. Сейм выкидывает все пункты, гарантирующие Украине государственность: и про Великое княжество Руськое, и про чеканку денег. Договор ратифицирован в кастрированном виде — а значит, никаким амбициям гетмана Выговского не суждено реализоваться и не быть ему «великим князем Руським». Это крах его карьеры — последователи Богдана и противники Польши смещают его и выбирают новым гетманом Юрия Хмельницкого — ему уже 18.