В 1651 году польский король Ян II Казимир начинает новый поход против Украины. Богдан с войском отправляется ему навстречу, а Гелена и дети Богдана остаются в Чигирине. И дальше случается страшное: старший сын Богдана от первой жены Анны, 19-летний Тымиш, хватает свою мачеху, а еще недавно няню, — и убивает ее: вешает голой на воротах отцовского дома.
Источники не дают точного ответа на вопрос, что между ними произошло. Тымиш обвинил Гелену в каком-то страшном преступлении: краже денег из казны, супружеской измене, шпионаже в пользу поляков, возможно, тайной переписке с бывшим мужем Чаплинским — все эти версии существуют. Возможно, он по почте сообщил о своих подозрениях отцу. Но вот только неясно, до убийства или уже после.
В это время у Богдана есть и другие проблемы: он на войне с поляками. Войска его союзников, крымских татар под командованием хана Ислам-Гирея, вдруг начинают отступать. Богдан пытается их удержать, и тогда крымские татары берут его в плен. В отсутствие гетмана казаки продолжают сражаться — но в итоге терпят поражение. Крымские татары отпускают Богдана только через 11 дней, когда битва уже проиграна. За это время войска Великого княжества Литовского наступают с севера, через сегодняшнюю Чернобыльскую зону, захватывают Киев.
Богдану, освободившемуся из плена, все же удается сохранить власть — но подконтрольная ему территория сокращается до Киевского региона. Он начинает все активнее искать альянса сначала с Турцией, а потом с Москвой — раз союзники из Крыма оказались такими ненадежными. Богдан считает, что Украине будет намного лучше, если она отделится от католической Польши и примет покровительство православного Московского царства.
После 1652 года постепенно меняется и отношение Москвы к Украине. После смерти очередного патриарха Русскую православную церковь возглавляет Никон, человек с огромными амбициями. Он, конечно, видит себя этаким русским кардиналом Ришелье. Именно с Никона начинается новый этап превращения Московского царства в империю.
Патриарх Никон последовательно убеждает царя Алексея не отказываться от переговоров с послами из Украины. Уже через год, 11 октября 1653-го, Земский собор в Москве голосует за решение принять украинские земли под власть московского царя — чтобы защитить их от Польши. Никон объясняет царю, что при помощи казаков можно вернуть те территории, которые были утрачены после смерти Ивана Грозного за время многочисленных войн с Польшей.
Нет точных свидетельств того, как Богдан реагирует на убийство Гелены. Но, вернувшись домой, он женится в третий раз, а Тымиша отсылает воевать в Молдавию — и там его сын погибает.
После этого Богдан делает новый шаг навстречу Москве. 18 января 1654 года в город Переяслав — это между старой великокняжеской столицей, Киевом, и новой столицей Богдана, Чигирином, — приезжают русские послы. Богдан и казаки вместе с ними направляются в собор, чтобы там присягнуть на верность царю Алексею. Однако в решающий момент происходит конфликт. Богдан требует, чтобы представитель русского царя боярин Василий Бутурлин от имени государя поклялся сохранять все украинские вольности. Бутурлин отказывается: он говорит, что так не бывает, подданные не имеют права на такие клятвы, «это непристойно». Богдан в замешательстве. Он выходит из церкви посовещаться с полковниками. Через некоторое время офицеры возвращаются и рассказывают Бутурлину, что с поляками у них было именно так: в Польше король всегда приносит присягу своим подданным. Бутурлин спорит: это все потому, что польские короли выборные, а русский царь — самодержец. Полковники уходят думать.
Бутурлин предлагает Богдану письменно изложить все свои пожелания и отправить в Москву — но уже после присяги. (За твердость при переговорах Бутурлин позже получит премию от царя: шубу, золотой кубок и 150 рублей.) Гетман соглашается, казаки дают присягу быть «вечными подданными его царскому величеству всероссийскому и наследникам его». (Это обычный для московской политики в Средние века текст — тогда все клянутся в «вечной любви», «вечной верности» и «вечной дружбе», что никогда не мешает вскоре начать убивать друг друга, ведь всегда всем кажется, что партнер сам виноват и нарушил клятву первым.)