Как и при отступлении из Греции, эвакуацию войск с Крита пришлось проводить только в ночное время.
28 мая в ответ на приказ адмирала Каннингхэма: "...надо сделать все, чтобы не оставить наших солдат в беде" - из Александрии, несмотря на крайнюю усталость экипажей, к Криту вышли три крейсера и шесть эсминцев. Им предстояло эвакуировать войска из района Гераклиона. Один крейсер получил попадание бомбы еще на переходе и вынужден был возвратиться, но остальные корабли приняли в эту ночь 4000 человек. На обратном пути один из поврежденных эсминцев потерял управление, и его пришлось оставить. Самолеты противника нанесли также повреждения остальным крейсерам и потопили еще один эсминец. В результате попадания бомбы в переполненное помещение на крейсере "Орион" было убито и ранено 540 человек. Общие потери на всех кораблях этой группы составили 800 человек убитыми и ранеными.
Эвакуация из района Сфакиона на южном берегу Крита прошла с меньшими потерями. В течение ночи
29 мая четыре крейсера, быстроходный транспорт и три эсминца приняли 7000 человек и вышли в море. Из этих кораблей повреждение получил только один крейсер. Тем временем английские войска в районе Ретимнона капитулировали. В ночь на 30 мая из района Сфакиона было эвакуировано еще 4000 человек, при этом англичане потеряли еще один крейсер.
Всего английские корабли эвакуировали с Крита 17000 человек, потеряв при этом три крейсера и шесть эсминцев; один авианосец, три линейных корабля, шесть крейсеров и семь эсминцев были повреждены; людские потери составили более 2000 убитыми и ранеными. Несмотря на то что общие потери англичан составили около 13000 убитыми и ранеными, их упорное и длительное сопротивление стоило немцам 400 самолетов и 15000-20000 солдат и офицеров, включая 5000 из дивизии воздушно-десантных войск. Оборона англичанами Крита фактически спасла Мальту, ибо после упорных боев на Крите у немцев уже не оставалось воздушно-десантных войск, которые они могли бы использовать для вторжения на Мальту.
Однако после действий в районе Крита состояние Средиземноморского флота было далеко не блестящим. Несмотря на прибытие в начале мая пополнения в составе линейного корабля, двух крейсеров и шести новых эсминцев, к началу июня в строю были лишь два линейных корабля, три крейсера и 17 эсминцев. Английской линии снабжения Александрия - Мальта угрожали теперь с северного фланга немецкие силы, базирующиеся на Крит. Недостаточное обеспечение Мальты постепенно ослабляло оборону этого острова и базы, в то время как немецко-итальянские коммуникации в Северную Африку становились все более безопасными.
В это же время на Среднем Востоке возникла новая угроза восточному флангу английской армии в Египте и линии снабжения флота топливом. В начале апреля профашистски настроенный Рашид Али установил свой контроль над правительством Ирака. 18 апреля английские военно-морские силы под руководством командующего ВМС в Индии поддержали высадку войск в Басре, в результате чего Рашид Али бежал в Иран. В августе по взаимной договоренности английские и русские войска вошли на территорию Ирана с целью предупредить захват этой страны немцами.
В Сирии активность проявляли немецкие агенты, поддерживаемые настроенным против англичан провишистским французским колониальным правительством. В распоряжении французов здесь имелись небольшие силы флота, состоявшие из двух лидеров эсминцев, вооруженных 140-мм орудиями и способных развивать скорость хода до 40 узлов; трех подводных лодок, шлюпа и сторожевого корабля. Для противодействия этим силам из состава Средиземноморского флота выделили и послали в Хайфу (Палестина) два крейсера и четыре эсминца. В начале июня с быстроходного десантного транспорта при поддержке крейсера и двух эсминцев в Сирии высадились английские войска, в то время как другие английские войска и войска "Свободной Франции" начали наступление из Палестины. Через три дня было подписано соглашение о перемирии. Однако, прежде чем окончить боевые действия на море, один из французских лидеров эсминцев нанес тяжелое повреждение английскому эсминцу, а французский самолет серьезно повредил два других миноносца. Усиленные двумя крейсерами, английские корабли и морская авиация потопили лидер эсминцев, доставлявший оружие французским силам в Сирии, и нанесли повреждение уже находившимся там двум другим. Кроме того, они потопили подводную лодку и два транспорта противника.
Роммель предпринимает наступление
Пока англичане тщетно пытались спасти Грецию и Крит, положение на египетской границе становилось все более угрожающим. Несмотря на прибытие в течение марта 1941 года африканского корпуса, Роммель был озабочен главным образом тем, чтобы приостановить продвижение войск Уэйвелла в направлении к Триполи. Прибыв в Африку в феврале, Роммель приложил все усилия к тому, чтобы укрепить оборону итальянцев. Организовав базу в Триполи, Роммель создал небольшое соединение прибрежных судов, которые осуществляли перевозки материалов из Триполи в Сирте, а позднее в Рас-эль-Али в 250 милях восточнее. Это было вызвано тем, что итальянцы так и не построили железной дороги вдоль берега. Командующий немецкими сухопутными войсками фельдмаршал Браухич сообщил Роммелю, что об общем наступлении немцев в Африке не может быть и речи и что ему не следует надеяться ни на какие подкрепления. Однако Роммель понимал, что в пустыне ставить перед собой ограниченные цели нельзя. Если он выполнит полученные указания о захвате Бенгази, то этот пункт невозможно будет удержать при открытых флангах. Следовательно, надо захватывать всю Киренаику.
Несмотря на имевшиеся указания не предпринимать до конца мая даже ограниченного по целям наступления, Роммель опасался, что оттяжка действий позволит англичанам укрепить свои позиции в районе Эль-Агейла - Бир-эс-Себа, поэтому он предпринял наступление 2 апреля. В связи с тем, что Уэйвеллу пришлось перебросить часть своих сил в Грецию и заменить опытные войска в Ливии только что прибывшими из Англии и не имеющими опыта частями, он вынужден был дать приказ отступить к Бенгази, а если необходимо, то и дальше.
В первый же день наступления немцы заняли Аджедабию и Роммель получил донесение о том, что англичане эвакуируют Бенгази. В этот момент главнокомандующий итальянскими войсками генерал Грациани попытался проявить свою власть и приостановить продвижение войск Роммеля якобы потому, что такие действия не отвечали указаниям из Рима, а также из-за трудностей в обеспечении снабжения войск. Роммель не согласился с этим, ибо считал, что, приостановив наступление, он упустит благоприятные возможности. Пока они вели переговоры по этому вопросу, Роммель получил директиву немецкого командования, которая предоставляла ему полную свободу действий. После этого африканский корпус Роммеля быстро продвинулся вперед и на следующий день занял Бенгази. Пройдя через выступающую в море часть Киренаики, войска Роммеля 8 апреля достигли Дёрне, захватили город и около 800 пленных.
Роммель сразу же начал двигаться в направлении Тобрука, который англичане в это время интенсивно укрепляли, используя суда каботажного плавания. После нескольких безуспешных атак Тобрука, встретив упорное сопротивление англичан и оказавшись перед необходимостью использовать неопытные итальянские войска, а авиацию - для стратегических бомбардировок, а не для тактической поддержки, Роммель решил обойти Тобрук и направиться на Эс-Саллум, находящийся на египетской границе. Здесь Роммель надеялся стабилизировать фронт. К концу мая африканский корпус остановился на хорошо укрепленных позициях в треугольнике Эс-Саллум - Халфия - Сиди-Омар, где Роммель намеревался сосредоточить вооружение и запасы для наступления на Египет.
Прибытие в мае специального конвоя под кодовым наименованием "Тайгер", доставившего 238 танков (первый в течение нескольких месяцев успешный переход транспортных судов из Гибралтара в Александрию), позволило генералу Уэйвеллу предпринять 15 июня контрнаступление, которое было обеспечено максимальной тактической поддержкой авиации. Но после тяжелых боев наступление захлебнулось. Это привело к замене генерала Уэйвелла на посту главнокомандующего английскими армиями на Среднем Востоке генералом Окинлеком. После этого Североафриканский фронт стабилизировался на несколько месяцев. Ни английская, ни немецкая армии не имели достаточных сил, чтобы предпринять наступление, Пока Тобрук оставался в руках англичан, Роммель не мог продвинуться к такому важному пункту, как Мерса-Матрух, и воспользоваться имевшимся там аэродромом для нанесения удара по Александрии, Каиру и Суэцкому каналу.