Отряды кулябских под руководством Сафарова развивают наступление на столицу. У кулябцев есть набор требований, среди них — восстановление Набиева в должности, устранение из правительства людей от оппозиции, прекращение трансляции по радио азана — призыва на молитву.
Результаты первых месяцев войны — 15—20 тысяч погибших, сотни тысяч беженцев внутри страны и за ее пределы, кровная месть, бандитизм, наемники. Из тюрем Кулябской и Курган-Тюбинской областей выпущены на свободу заключенные.
Кулябские и ленинабадские договариваются между собой, итог — укрепление Народного фронта, его дальнейшее формирование и вооружение. Оружие поступает из Узбекистана и России.
10 декабря Народный фронт захватывает Душанбе. В городе происходят чистки, арестовывают и убивают не только приверженцев оппозиции — убивают просто за принадлежность к памирцам или каратегинцам.
Столицу каратегинцев — город Гарм — пытаются захватить с помощью десанта после двух месяцев активных боевых действий в Каратегине в Ромитском ущелье. Гарм — оплот оппозиции. Десант в количестве 119 человек погибает полностью. Взять Гарм под контроль удается через неделю.
29 марта 1993 года убивают Сафарова. Это происходит во время его встречи с Файзали Саидовым — также очень известным полевым командиром. Первоначальные слухи говорят, что стычку охраны спровоцировал Файзали, в дальнейшем — что от обоих решило избавиться руководство республики. Причина — одиозность фигур и слишком большая власть, которую они сосредоточили в своих руках.
Из Каратегина люди бегут в Афганистан — там их, по разным источникам, от ста до двухсот тысяч. В лагерях формируются отряды боевиков, которые переходят с боями на таджикскую сторону. К апрелю 1993 года Таджикистан покидает около трехсот тысяч русских. Бои продолжаются в разных частях страны. Под Рогуном в бое принимает участие бронетехника 201-й дивизии. 13 июля — бой на 12-й пограничной заставе. Прорыв совершают около двухсот боевиков — афганцы и таджики.
К концу июля правительственные войска разворачивают наступление на Хорог — столицу Горного Бадахшана. Им противостоит отряд обороны Горного Бадахшана. Основные события развертываются вблизи перевала Хабурабод. В операции активно задействуется авиация и бронетехника. Бомбардировки приводят к большому числу жертв среди мирных людей.
7 августа в Москве происходит встреча Эмомали Рахмонова — на тот момент председателя Верховного Совета — с другими лидерами Средней Азии и России. Рахмонова активно подталкивают к тому, что необходимо договориться с оппозицией.
В Хороге ждут результатов этой встречи, надеясь на прекращение наступления. Однако бомбардировки продолжаются, и 9 августа на перевале Хабурабод размещаются правительственные войска.
Представители миссии Всемирной Организации Здравоохранения обнаруживают очаги распространения тифа, гепатита и холеры. В какой-то момент страна остается практически без внешней транспортной связи — полеты отменены, а единственная железнодорожная ветка взорвана. Цены на продукты возрастают стремительно.
Рахмонов делает заявление, что гражданская война закончена. С этим, естественно, не согласна оппозиция, которая, выступая за переговоры, продолжает воевать.
Север республики — Ленинабад — предпринимает попытку отъединиться от остальной страны на фоне разногласий между кулябскими, которые начинают воевать друг против друга. Дело в Ленинабаде заканчивается высадкой вертолетного десанта — попытка отделения не удается.
Начало 1994 года — много стреляют в Душанбе, стреляют на границе. В Таджикистан приезжает министр иностранных дел России Козырев. Россия берет на себя основную часть расходов на содержание афгано-таджикской границы, невдалеке от которой проводятся совместные военные учения — угроза вторжения со стороны Афганистана видится совершенно реальной.
В Москве наконец-то проходят переговоры с оппозицией. Несмотря на это, война продолжается повсеместно. Страна поделена на области, каждую из которых контролирует какой-нибудь полевой командир.
Общие потери населения убитыми и пропавшими без вести — 300 тысяч человек. Приблизительно.
В Тегеране проходит вторая сессия переговоров — договор не согласован и не подписывается. Оппозиция в ответ развивает активные военные действия, правительственные войска терпят одну неудачу за другой — в Тегеран отправляется очередная делегация, которое подписывает соглашение о временном прекращении огня.