Так, попытка создать аналог ЦРУ не удалась, КИ не стал подлинным центром координации разведывательной деятельности, обработки и анализа всей поступавшей в СССР разведывательной информации и не оправдал возлагавшихся на него надежд. Распыление сил и средств, разделение одних и тех же функций и задач между несколькими параллельно действующими ведомствами и учреждениями, раздел агентурного аппарата не могли не оказать негативного влияния на деятельность советских разведок в самых различных регионах мира. Поэтому неудивительно, что примерно через десять месяцев после создания Комитета информации Генеральному штабу удалось убедить Сталина в необходимости вернуть военную разведку вооруженным силам. После ухода военных разведчиков Комитет информации был «понижен в ранге» и стал, по сути дела, придатком Министерства иностранных дел. В конце 1951 г. Сталин принял решение о том, чтобы вся оперативная разведка была вновь сосредоточена в руках ГРУ и нового Первого Главного управления МГБ. Еще через два года были упразднены Бюро № 1 и 2.
Советские разведывательные службы сумели не только выжить, но и достаточно продуктивно работать. Одной из самых ярких страниц в послевоенный период стала серия операций по получению информации, необходимой для разработки и производства нового типа оружия — атомной бомбы. Первые сведения о начале работ по практическому созданию атомной бомбы были получены 10 августа 1941 г. в Лондоне резидентом ГРУ С. Д. Кремером (псевдоним «Барч») от Клауса Фукса. Фукс сообщил о проводимых под руководством Отто Фриша и Рудольфа Пайерлса в Бирмингеме исследований по получению изатопов урана. В декабре 1942 г. резидентура Первого управления НКВД получила детальный доклад об исследованиях, проводимых в Англии и США в рамках атомного проекта «Тьюб Эллойз». 10 марта 1942 г. Берией был сделан подробный доклад Сталину о состоянии работ по созданию ядерного оружия. К июлю следующего года в Москву было доставлено более 300 секретных отчетов по проблемам исследований в области атомной энергии. 11 февраля 1943 г. Сталин подписал Постановление об организации исследований и опытно-конструкторских работ по использованию ядерной энергии в военных целях. Одновременно было решено сделать получение информации по атомной проблематике приоритетной задачей Первого управления Наркомата государственной безопасности. Еще через год, в феврале 1944 г., функции координации работы всех отечественных спецслужб по атомной проблематике были возложены на группу «С» во главе с генерал-майором Судоплатовым, специально созданную в рамках НКГБ. Кроме координации усилий по сбору и обработке информации на это подразделение, преобразованное в отдел, были возложены функции реализации полученных данных внутри страны, т. е. незамедлительная передача их советским ученым-атомщикам.