Активизация деятельности советских спецслужб и новые тенденции во внешней политике СССР на протяжение первых послевоенных лет были с тревогой отмечены в специальном докладе советника президента США Кларком М. Клиффордом, представленном президенту Гарри Трумэну в сентябре 1946 г. Масштабы деятельности советских разведок в США, Западной Германии и Австрии заставили администрацию Трумэна предпринять ряд срочных мер: главное контрразведывательное агентство США — ФБР резко усилило штаты своих подразделений в Вашингтоне и Нью-Йорке — основных центрах работы Первого управления, ГРУ и РУ ВМФ. В дополнение к существующей школе разведки и полиции в форте Райли Канзас была создана еще одна — в Баварии, в местечке Обераммергау. Была предпринята тотальная чистка армии и службы контрразведки и разведки от проникших туда членов компартии. В британской М16 создается специальный отдел IХ, задачей которого стало изучение документов, относящихся к деятельности компартии Великобритании и советских учреждений в Англии накануне и в годы войны.
Обеспокоенность правительства США, Великобритании и Канады в связи с деятельностью советских разведок усилилась в начале 1946 г. в связи с появлением первой волны перебежчиков. Так, Элизабет Бентли была связной между несколькими группами агентов, служивших в различных федеральных учреждениях, руководством компартии США и резидентурой Первого управления НКВД в Нью-Йорке, например, между шифровальщиком резидентуры ГРУ в Оттаве И. Гузенко и бывшим подпольным функционером аппарата компартии США Уиттэкера Чемберза, который был агентом ГРУ. Бентли назвала ФБР имена 48 известных ей агентов и источников информации, работавших в различных федеральных учреждениях. Сведения Гузенко позволили разоблачить 16 офицеров — оперативников резидентуры ГРУ и около 20 работавших на них граждан Канады, среди которых были члены парламента и высокопоставленные служащие различных правительственных ведомств, а также известный британской физик-ядерщик Аллан Нанн Мэй и его канадский коллега Исраэл Холперинг. В результате расследования, проведенного ФБР и Канадской королевской конной полицией, был установлен «круг интересов» советской разведки. Главными из которых являлась информация об исследованиях в сфере разработки и производства ядерного оружия, новейших способах наведения, а также сведения о внешней политике США. В результате расследования резидентуры Первого управления и ГРУ оказались в весьма непростом положении. Глава НКГБ В. Н. Меркулов отдал распоряжение прекратить все контакты, предупредить всех агентов и немедленно отозвать в СССР всех офицеров-оперативников. Советским резидентам в Нью-Йорке и Вашингтоне было предписано незамедлительно «прекратить на 3–4 месяца все контакты со значительной частью важнейших агентов. В сущности, разоблачения И. Гузенко и Элизабет Бентли смогли на небольшое время парализовать работу важнейших советских резидентур.
Ранее, в 1944 г., в поле зрения ФБР оказался нелегал ГРУ Артур А. Адамс, который активно занимался сбором информации по созданию атомного оружия. Ему пришлось прервать контакты со своими источниками и в 1946 г. срочно выехать из США. Один из ведущих специалистов США лингвист и криптограф Мередит Гарднер сумел прочесть ряд телеграмм резидентуры Первого управления, содержащих список ученых-атомщиков. Это позволило ФБР не только выявить имена агентов, но и начать их судебное преследование. Значительный ущерб деятельности советской разведки нанесли в 1946–1953 гг. сами главные потребители получаемой информации — И. В. Сталин и В. М. Молотов, которые инициировали в 1947 г. кардинальную перестройку ведомств, отвечающих за указанную сферу. Стремление сконцентрировать получение и обработку информации в рамках одного ведомства, повысить оперативность ее поступления и усилить личный контроль за деятельностью разведки привело практически к полной замене руководства ПГУ. 30 сентября 1947 г. был создан Комитет Информации при Совете Министров СССР, который объединил выведенные из состава МГБ и военного министерства ПГУ и ГРУ. Первым главой КИ был назначен Молотов (впоследствии — А. Я. Вышинский, В. А. Зорин, Я. А. Малик), всей же практической работой руководил генерал-лейтенант П. В. Федотов. Представителями Комитета Информации на местах (главными резидентами) были назначены послы СССР, а их эаместителями стали резиденты бывшего ПГУ и ГРУ. Одновременно было принято решение оставить в структуре МГБ и Военного министерства специальные службы разведки и диверсионной деятельности на случай локальных военных конфликтов или большой войны в Европе, на Балканах, Ближнем и Дальнем Востоке. Еще одним нововведением стало создание по инициативе министра МГБ В. С. Абакумова в рамках его ведомства специальных Бюро № 1 и 2. Задачами первого из них были подготовка и проведение диверсий на важных военно-стратегических объектах и коммуникациях на территории главных агрессивных государств — США и Англии, а также на территории других капиталистических стран, используемых главными агрессорами против СССР; проведение активных действий (актов террора) в отношении наиболее активных и злобных врагов Советского Союза из числа деятелей капиталистических стран, особо опасных иностранных разведчиков, главарей антисоветских эмигрантских организаций и изменников Родины Через три года Бюро № 1 было преобразовано в 12-й спецотдел при Втором Главном (разведывательном) управлении МВД СССР. Задачей Спецбюро № 2 было выполнение специальных заданий внутри Советского Союза, проводимых отдельными лицами, по пресечению вражеской деятельности особыми способами, а также подбор, воспитание, обучение и тренировка работников и агентуры бюро. Вне рамок Комитета Информации, помимо специальных разведывательных подразделений, оставшихся в структурах МГБ и военного министерства, Бюро № 1 и 2, продолжали заниматься в 1947–1953 гг. сбором различного рода информации Главное управление Пограничных войск, НИИ- 100 и Отдел международной информации ЦК КПСС.