Роль внутрифирменных научных подразделений сейчас крайне мала, их удельный вес в общем количестве научных организаций страны в 2002 году составил 6.5%, в общем объёме затрат на исследования доля внутрифирменной науки составляет 6%. Снизилось число высших учебных заведений, в которых ведутся научные исследования, сегодня она составляет 40% от общего количества. В странах с развитой рыночной экономикой внутрифирменной наукой выполняется основной объём научных исследований: 65% в странах ЕС, 71% в Японии, 75% в США.
В составе основных фондов научных организаций России основная часть оборудования сегодня старше 20 лет. Доля машин и оборудования старше 11 лет составляет более 42%, почти 20% вычислительной техники научных организаций имеет возраст от 6 лет и старше. Значительная часть научных организаций, которые в советское время имели развитую опытно-производственную базу, в настоящее время её потеряли из-за низкой заработной платы работников. Из-за нехватки средств на поддержание материально-технической базы всё чаще экспериментальные работы заменяются численным компьютерным моделированием физических процессов.
Известно, что показателем работоспособности учёного является количество статей в научных журналах. За последние десять лет доля статей авторов из России снизилась почти вдвое. «Мы видим, что около 80 наших институтов, скажем так, вяло относятся к подготовке и публикации своих результатов. Каждый научный сотрудник публикует статью в лучшем случае раз в два года. В 34 институтах научный сотрудник пишет статью раз в четыре года…» (из выступления вице-президента РАН В.Козлова на общем собрании РАН 18 мая 2005-го года). По показателю цитируемости работ в научной литературе российские учёные находятся на 120-м месте в списке 145 стран мира.
В советское время количество заявок на изобретения было в 10-15 раз больше, чем их подавалось в 1995 году. При этом изобретатель получал премию за каждое своё изобретение, не тратя ни копейки за подачу и рассмотрение заявок. По данным В.Маркусовой, научного руководителя гранта INTAS, вклад России в мировую науку за пятнадцать лет (начиная с 1991 года) сократился в 15 раз. На мировом рынке высоких технологий в настоящее время вклад России составляет 0,5%, США – 60%, Сингапура – 6%.
Бурное развитие науки в СССР способствовало прогрессу культурной, социальной жизни, в частности в наукоградах, где научно-исследовательские институты были градообразующими, определяя существование больших масс людей. В Современной России в наследство от Советского Союза досталось 65 научных городков, из них 45 – это города, остальные – посёлки. Примерно половина наукоградов имеет численность населения от 20 до 100 тысяч человек, более 100 тысяч жителей имеют 11 городов науки, большинство из которых расположено вблизи Москвы. О размере Новосибирского городка можно судить по данным 2000-го года – это примерно 130 тысяч человек.
Таким образом, проблема состояния наукоградов – это не частная проблема, она касается более миллиона жителей России. Следует принять во внимание, что они были ориентированы на крупные промышленные предприятия, целый ряд которых сегодня или прекратил своё существование, или занимается непрофильной деятельностью.
М.Кедров из Новосибирска в журнале «Эксперт Сибирь» (№ 41, 2005 г.) пишет о наукоградах: «Несмотря на нарастающий груз социальных проблем, академгородки в советское время выполнили свою миссию, находясь на переднем крае фундаментальных исследований… Но, возвращаясь к реалиям рыночной экономики, нельзя не признать, что в чистом виде академгородки сохраниться не могли… Пока не находят приемлемого решения основные проблемы российской действительности: как переломить инерцию “сырьевого-придаточного” сценария? Как перейти на орбиту постиндустриального развития? Как эффективно распорядиться всё ещё конкурентоспособными остатками российской фундаментальной науки и образования?»
Наукограды как форма организации науки в советское время решали множество проблем стратегического характера, в частности создание атомного оружия. Однако, академгородок, изолируя учёных, создавал и массу проблем, являясь, по сути, научным гетто. Власть над значительными материальными ресурсами делала их администрацию всесильной, обрекая учёных на полную, почти крепостную зависимость. Академгородок полностью отрывал учёных от потребителей их знаний, от широкого участия в образовании молодёжи, от реального производства. Научный городок создавал массу социальных проблем из-за убожества инфраструктуры, проблем с трудоустройством членов семьи (жён научных сотрудников), обучением детей и т.п. Изоляция, усиленная сегодня нищетой, привела к деградации людей высокой квалификации, свела научный потенциал академгородков практически к нулю.