Его антифашистский роман «Война с саламандрами» (1936) стал классическим не только благодаря высоким художественным достоинствам, но и потому, что в нем были обобщены особенности тоталитарной фашистской идеологии и проанализированы те социальные предпосылки, которые создали условия для возникновения формы общественного сознания подобного толка. Роман Чапека не только реалистичен, — он обогащал реализм новыми средствами художественной выразительности, а его притчеобразное построение принципиально отличалось от романов-притч и антиутопий, получивших распространение после второй мировой войны и опиравшихся на распространившуюся в эту пору метафизическую и пессимистическую философию различных оттенков. «Это не умозрительная картина некоего отдаленного будущего, но зеркальное отражение того, что есть в настоящий момент и в гуще чего мы живем», — писал он о «Войне с саламандрами».
При внешней легкости и ясности построения структура романа отличалась чрезвычайной сложностью и опиралась на громадную эрудицию и выношенное повествовательное искусство писателя. Начатый, как авантюрный роман, с описания экзотических приключений капитана ван Тоха, открывшего на забытых богом и людьми островах крупных саламандр, способных выполнять несложные работы, обучаться человеческой речи и пользоваться примитивными орудиями, он постепенно обретал философичность, наполняясь размышлениями над человеческой природой. Роман включал в свою художественную систему пародии на газетные репортажи, научные статьи, содержал сатирические картины нравов высокоразвитой буржуазной цивилизации, анализ политики мировых держав, их антагонистических противоречий, прикрываемых беззастенчивой демагогией и вкрадчивым лицемерием.
Роман язвительно высмеивал самодовольную позитивистскую науку, чехословацких националистов, «миротворческие» международные конференции, заполненные пустой болтовней профессиональных дипломатов. Он взывал к разуму человечества, предупреждая людей о грозящей им страшной катастрофе.
«Война с саламандрами» являла собой сгусток воззрений Чапека на общество, высказывавшихся им ранее, но обретших новое качество под воздействием антифашизма, становившегося ведущей чертой его взглядов. Рисуя апокалиптическую картину всемирной войны людей с расплодившимися и обученными людьми же военному искусству саламандрами, гибель под водами Мирового океана стран и континентов, разрушаемых саламандрами, Чапек ясно указывал, что первопричиной происшедшего стал финансовый воротила Г.-Х. Бонди, не оставляя таким образом сомнений в ответственности капитализма за бедствия, постигающие человечество, и критицизм его обретал высокий накал и историческую точность. Но что же представляли собой в его понимании саламандры, чьи неисчислимые орды овладевали сушей, отнимая у людей право на жизнь?
В образе саламандр Чапек сконцентрировал все свои прежние наблюдения над обесчеловечивающими и обезличивающими человека воздействиями на его сознание стандартизирующей, нивелирующей буржуазной культуры и способа жизни. Фанатизм и обездушенность, стадность и власть инстинктов, полное отсутствие моральных представлений, чувства личности, сострадания, агрессивность — черты, в той или иной мере присущие и роботам Домина, и «самозародившемуся» Зметеку, и тому «адскому», что таилось в натуре героя «Обыкновенной жизни» и что кроется в прочих духовно стерилизованных потребителях «массовой культуры», — все это спрессовал Чапек в образе саламандр. Одновременно они обладают высокими способностями к приобретению разных, весьма сложных трудовых навыков. Они соединяют в себе все недостатки дегуманизированной буржуазной культуры и лишенного человеческого содержания научно-технического прогресса.