Июль 2006 г. НАТО завершает 3-й этап развертывания, выдвигаясь в южный Афганистан.
Сентябрь 2006 г. В провинции Кандагар начинается операция «Медуза», направленная против закрепившихся там боевиков «Талибана». В ней участвуют войска Канады, США и Нидерландов. Американские и афганские войска начинают операцию «Маунтин Фьюри», которая проводится одновременно в провинциях Пактика, Хост, Газни, Пактия и Логар. Губернатор пакистанской Северо-Западной пограничной провинции во время большой джирги в Мирамшахе достигает соглашения с местными племенами, согласно которому «Талибан» не будет использовать ее территорию для проведения нападений на Афганистан. Однако по американским оценкам, частота пересечения границы боевиками в некоторых пунктах в течение нескольких месяцев возрастает примерно на 300–400 процентов.
Октябрь 2006 г. НАТО завершает 4-й этап развертывания на востоке Афганистана. Теперь территория страны разделена на пять командований по географическому принципу – региональное командование «Центр», региональное командование «Север», региональное командование «Запад», региональное командование «Юг» и региональное командование «Восток».
Ноябрь 2006 г. На саммите НАТО в Риге (Латвия) обнаружились разногласия относительно участия войск в боевых действиях в Афганистане. Франция, Германия, Испания и Италия упорно не желали отправлять своих солдат на юг Афганистана. Нидерланды, Румыния и мелкие государства типа Словении и Люксембурга согласились снять ограничения.
Январь 2007 г. Британская морская пехота начала операцию «Вулкан» с целью изгнания талибов из стратегически важной деревни Барикью на севере провинции Гильменд. Логическим продолжением ее стала более крупная по масштабу операция «Ахиллес», начавшаяся в марте и завершившаяся в конце мая.
Июль 2007 г. Совет Национальной Разведки США опубликовал свой прогноз «Террористическая угроза Соединенным Штатам». Документ содержит вывод, в соответствии с которым «Аль-Каида» остается «самой серьезной угрозой» Соединенным Штатам» и что «ее основные базы располагаются на пакистанских Федерально управляемых племенных территориях (Federally Administered Tribal Areas, FATA).
Декабрь 2007 г. 27 декабря, во время предвыборного митинга, в результате покушения погибает бывший премьер-министр Пакистана Беназир Бхутто. На слушаниях в комитете Палаты представителей по делам Вооруженных Сил министр обороны США Роберт Гейтс жестко критикует некоторые государства НАТО за отказ направлять свои войска в Афганистан и оказывать другую помощь, несмотря на растущую там напряженность.
Апрель 2008 г. 27 апреля президент Хамид Карзай уцелел при попытке покушения, когда во время военного парада в честь победы и освобождения от советской оккупации по нему открыли огонь.
Июнь 2008 г. 10 июня в районе афгано-пакистанской границы американские войска убили около 10 пакистанских пограничников, которые открыли по ним огонь.
Июль 2008 г. 7 июля взорвано посольство Индии в Кабуле. В результате погибло более 50 человек. В нескольких газетах появилась информация о том, что американские правительственные источники допускают, что пакистанская разведка замешана в теракте. 13 июля талибы атаковали американскую базу в Вахате, значительно уступавшие по численности талибам американские и афганские подразделения отбили атаку.
Август 2008 г. 22 августа в округе Шинданд провинции Герат в результате обстрела с самолета огневой поддержки АС-130 погибли мирные афганцы. Президент Афганистана Хамид Карзай прилетел в Герат, где встретился с местными жителями и жестко раскритиковал «одностороннюю операцию сил Коалиции». 18 августа подал в отставку президент Пакистана Первез Мушарраф.
Сентябрь 2008 г. Подразделения Сил специальных операций США на вертолетах атаковали цели в Южном Вазиристане. 20 сентября заложенная в грузовик бомба взорвалась рядом с отелем «Марриот» в Исламабаде. В результате погибли более 50 человек, в том числе двое американцев.
Ноябрь 2008 г. 26 ноября около десятка террористов из организации «Лашкар-э-Тайба» атаковали несколько объектов в Мумбаи (Индия). После телефонного разговора с премьер-министром Индии Манмоханом Сингхом президент Афганистана Хамид Карзай призвал к борьбе с терроризмом в регионе.
Февраль 2009 г. Президент Барак Обама объявил о почти пятидесятипроцентном увеличении американского контингента в Афганистане – в страну будут направлены еще 17 000 морских пехотинцев и военнослужащих сухопутных войск. Одетые в жилеты с взрывчаткой боевики подорвали себя в трех правительственных зданиях в Кабуле. В результате погибли около 20 человек.