В первую очередь это было связано с расширением порта с учетом крупнотоннажных заморских кораблей с большой осадкой, тем более что «до войны единого портового хозяйства в нем не было, порт делился на отдельные участки, тянувшиеся на многие километры, каждый имел своего хозяина Основной район порта Бакарица был расположен на левом берегу реки… в 50 километрах от устья реки… Моста через Северную Двину тогда не было, поэтому летом с Бакарицей, Левым берегом и железнодорожной станцией Архангельск был связан пароходами и паромами. Город располагался на правом берегу реки. Близ ею центра находился еще один портовый участок — Красная пристань. Он обслуживал только пассажирские пароходы и катера пригородного сообщения. Второй основной район порта находился в устье Северной Двины и назывался Экономия. Это была перевалочная база для лесоматериалов… Железнодорожной связи с Экономией не было. И наконец, важный район порта находился уже на берегу Двинского залива, там где позднее вырос город Северодвинск» (Папанин, с 243).
Картина глазами нового хозяина выглядела удручающей, тем более накануне наступления зимы. Порт мог одновременно принимать не более пяти судов с осадкой не более шести метров. Причалы, средства механизации на них, железнодорожные пути находились в запущенном состоянии. Левый берег был приспособлен лишь для погрузки угля, а Экономия вообще не могла принимать суда с военными грузами. В Молотовске у судостроительного завода продолжал строиться причал. «Предстояло незамедлительно увеличить причальный фронт, перестроить причалы так, чтобы они могли принимать и быстро обрабатывать большие пароходы с грузами: произвести реконструкцию железнодорожных путей в порту; построить новые порты в устье Двины и на Экономии, оснастить все районы механизмами, резко увеличить число грузчиков, машинистов кранов, механиков» (там же, с 244).
Добившись постановления ГКО «Об Архангельском порте», Папанин много сделал, выражаясь его словами, «в превращении захолустного порта в механизированный международный», начав с причалов, складских помещений и железнодорожных путей в Бакарице, Экономии и будущем Северодвинске, мобилизовав всю наличную рабочую силу от студентов (точнее, студенток) до заключенных. Много сил потребовали дноуглубительные работы на фарватерах Северной Двины к новым причалам, с которыми надо было успеть до замерзания реки. С окончанием строительства железнодорожной ветки от Экономии до Жаровихи встал вопрос о переброске поступающих грузов (включая такие тяжеловесы, как танки) на левый берег к действующей железнодорожной магистрали. Одними зека и мобилизованными студентками здесь было не справиться, но полярный опыт Папанина здесь пригодился, когда он привлек к решению этой проблемы не только изыскателей-портовиков Г.Л. Наливайко и строителей-железнодорожников из системы НКВД но еще и ученых Н.Н. Зубова и M.M. Сомова Последние выполнили необходимые расчеты для определения прочности ледяной переправы, полученной методом наращивания льда на Двине, поливая его водой на морозе. Затем на намороженный лед укладывали рельсы дороги-времянки, по которым мотовозы один за другим переправляли тяжеловесы-танки к Исакогорке на левом берегу. На союзников сильное впечатление произвело размораживание доставленных морем танков, ставших похожими на айсберги, струей пара с паровозов. Несомненно, Папанин со своей народной сметкой и талантом организатора оказался на месте, заслужив среди подчиненных известность в качестве министра авралов.
Вскоре стало ясно, что Архангельск с Молотовском не в состоянии справиться с потоком грузов, поступающих морем, и, когда 5 ноября английская миссия поставила вопрос о возможности заходов конвоев с грузами в Мурманск, Головко согласился с этим предложением. Прошло два месяца, и 17 января 1942 года адмирал отметил в своем дневнике: «Конвои, как и следовало ожидать, пошли на Мурманск. Первый конвой из 9 транспортов пришел 12 января и до сих пор разгружается. Разгрузка организована плохо. Оборудование из Мурманска вывезли в первый месяц войны, подготовка же к приему конвоев здесь не велась» (Папанин, с. 93).