С приближением сумерек последние вылеты в тот день выполнили три «Харрикейна» и «Бофайтер» T3230, который пилотировал суб-лейтенант Фрейзер из FAA. Они заметили разведывательный Ju-88 (7A+HM) обер-лейтенанта Франца Шварц-Трампера из 4(F)/121. Его атаковали Фрейзер и пайлот-офицер Самнер («Харрикейн» Z7855), хотя, похоже, они не подозревали, что атакуют одну цель. Фрейзер заявил о вероятном сбитии, Самнер о достоверном. Как бы то ни было, «Юнкерс» был сбит и упал в море, весь его экипаж погиб. При возвращении на базу Фука в темноте Фрейзер не нашел аэродром и совершил вынужденную посадку в двух милях к югу от базы, он и его наблюдатель не пострадали.
Для помощи 274-й эскадрилье в долгих вылетах на патрулирование прибыли новые пилоты. Три южноафриканца из 1-й эскадрильи SAAF, в том числе опытные ветераны капитан К. Драйвер (11 побед) и лейтенант Р. Тэлбот (8 побед). Из 73-й эскадрильи также прибыли три пилота, все французы, в их числе суб-лейтенант Альбер Литтольф, ветеран боев за Францию в 1940 году. За время службы во французских ВВС он записал на свой счет две личных победы и одну в группе, потом он сбежал из вишистской Франции и поступил на службу в RAF, и позже был направлен в 73-ю эскадрилью в Египте. За последний месяц, когда 73-я эскадрилья участвовала в героической обороне Тобрука, Литтольф записал на свой счет еще пять побед.
Пока войска в Сфакии ожидали третьей ночи эвакуации, горы над гаванью, сама деревня и районы к западу и востоку от пляжей постоянно подвергались налетам Люфтваффе. Странно, что сам пляж, с которого проводилась эвакуация, немецкие самолеты не атаковали по ночам, когда большие колонны солдат двигались к шлюпкам для посадки на корабли – большое упущение со стороны Люфтваффе, сыгравшее немалую роль в успехе эвакуации. Кроме того, хотя «Веллингтоны» с баз в Египте почти каждую ночь бомбили Малеме, Скарпанто или Родос, Люфтваффе не перевели туда ни одного соединения ночных истребителей для противодействия этим налетам. «Мессершмитты» Bf-110 из ZG26 или ZG76, по данным Люфтваффе, также не выполняли ночных вылетов для перехвата британских бомбардировщиков.
Среди тех, кто укрывался в районе Сфакии, ожидая эвакуации, были генерал Фрейберг и капитан авиагруппы Бимиш, они оба получили приказ эвакуироваться со своими штабами. Их и их штабных офицеров должны были эвакуировать «Сандерленды», и около 18:00 прибыли две этих больших летающих лодки. На «Сандерленд» флайт-лейтенанта Брэнда из 230-й эскадрильи RAF погрузился штаб Фрейберга – всего 45 офицеров армии и RAF. А «Сандерленд» флайт-лейтенанта Фрейма из 228-й эскадрильи должен был подобрать своих пассажиров в бухте Сфакии. Возникли некоторые сложности с местонахождением эвакуируемых, два члена экипажа «Сандерленда» добрались до берега на надувной лодке, но не обнаружили никого. При возвращении на «Сандерленд» они заметили свет маяка на острове Гавдос и поняли, что оказались в шести милях к юго-востоку от места эвакуации. Фрейм подвел летающую лодку к правильному пункту, где и была обнаружена шлюпка с пассажирами.
Эвакуация из Ираклиона и Сфакии шла достаточно успешно, в Ретимо же дело обстояло хуже. Приказ об отступлении так и не дошел до подполковника Кэмпбелла, и его солдаты продолжали вести бой с немецкими десантниками группы «Центр» полковника Штурма. К немцам постоянно поступали подкрепления, и у австралийцев уже заканчивались боеприпасы. Кэмпбелл понял, что ему придется сдаться, чтобы спасти своих солдат от полного истребления. Некоторые все же смогли уйти на юг – около 140 человек, но 700 солдат были вынуждены сдаться, среди них флайт-лейтенант Ривз, командовавший аэродромным отрядом. За время упорной обороны Ретимо погибли 160 австралийских и британских солдат, но они смогли убить до 700 немецких парашютистов и еще 500 взять в плен, в том числе самого полковника Штурма, который после капитуляции гарнизона был освобожден со своими людьми.
31 мая в 02:30 в бухте Сфакии два эсминца («Нэпьер» и «Низам») приняли на борт еще 1510 солдат, и вышли в обратный путь. С наступлением рассвета, со своей новой базы в Ираклионе на охоту за британскими кораблями вылетели пикировщики Ju-87 из III/StG1 под командованием обер-лейтенанта Мальке. Сначала никаких целей замечено не было, потом на пределе дальности экипажи «Штук» заметили одиночное большое судно. Мальке повел их к цели, но заметив флаг с красным крестом, немецкие пилоты прервали атаку. Вероятно, это было госпитальное судно, эвакуировавшее раненых с Крита. Два эсминца на обратном пути были атакованы один раз – в 08:50 на них внезапно спикировали Ju-88 из II/LG1. Налет продолжался около 25 минут, «Нэпьер» был поврежден близкими разрывами. Хотя у него были повреждены и машинное и котельное отделения, и его скорость снизилась, эсминец продолжил путь. Один бомбардировщик был предположительно сбит орудиями эсминцев, и еще один поврежден.