В сумерках два «Сандерленда» снова вылетели в Сфакию, чтобы эвакуировать командный состав, в том числе генерал-майора Уэстона и его штаб. «Сандерленд» Т9046 флайт-лейтенанта Фрейма из 228-й эскадрильи медленно летел на малой высоте вдоль берега, подавая условленные световые сигналы над местами, где вероятно могли прятаться группы эвакуируемых. Ответных сигналов не было, и спустя 10 минут Фрейм улетел. Позже был замечен световой сигнал SOS, подаваемый с берега. Этот сигнал подавал флайт-лейтенант Дадли Онор из 274-й эскадрильи, сбитый шесть дней назад. Он и другой пилот сержант Керр смогли пробраться на юг с помощью греков, но у Керра были повреждены ноги, и он отстал, пока Онор выбирался по камням на берег.
С помощью фонаря Онор стал подавать сигнал SOS азбукой Морзе. Наконец к берегу пристала маленькая резиновая лодка, в которой был пайлот-офицер Пэйр, второй пилот «Сандерленда». Онор с трудом влез в лодку, и они на веслах поплыли к «Сандерленду», на борт которого были взяты еще шесть греков, но, к сожалению, возвращаться за Керром не было времени, и в результате он попал в плен. Фрейм повел «Сандерленд» вдоль берега к тому пункту, где генерал-майор Уэстон и его штаб грузились на другой «Сандерленд» - N9029 из 230-й эскадрильи. Но обнаружилось, что кроме них больше эвакуировать некого, и обе летающие лодки вернулись в Александрию. В 03:00 в гавань Александрии прибыли и корабли Соединения «D», доставившие 3710 солдат из Сфакии. Всех, кого не успели эвакуировать, пришлось оставить на произвол судьбы.
Бомбардировщики RAF продолжали ночные налеты на базы Люфтваффе, но по-прежнему без особых успехов. Ночью 30/31 мая комэск Уэллс повел семь «Веллингтонов» 148-й эскадрильи в налет на Ираклион. Их экипажи докладывали о больших пожарах и взрывах на аэродроме и заявили об уничтожении большого числа «Юнкерсов» Ju-52. В действительности был уничтожен как минимум один Ju-52 из I/KGrzbV1. Базу Малеме атаковали четыре «Веллингтона» из 38-й эскадрильи, их экипажи заявили о трех уничтоженных Ju-52. Действительно три транспортных «Юнкерса» из KGrzbV172 получили тяжелые повреждения, один из них не подлежал ремонту. Другие «Веллингтоны» бомбили цели в Греции, в частности, порт Пирей, где британским пилотам удалось до некоторой степени отомстить за опустошительный налет Люфтваффе в начале немецкого вторжения в Грецию, когда были потоплены 11 торговых судов союзников. Бомба с одного из «Веллингтонов» попала в болгарский пароход «Княгиня Мария Луиза» (3821 т), бочки с бензином на его палубе загорелись, и взорвался груз боеприпасов. Этим взрывом были потоплены еще два парохода: немецкий «Аликанте» (2140 т) и румынский «Джиул» (3127 т), погибло около 200 человек. На следующую ночь пять «Веллингтонов» из 37-й эскадрильи снова бомбили Малеме, а четыре «Веллингтона» из 70-й эскадрильи атаковали Ираклион. Снова было заявлено об уничтожении в Малеме как минимум десяти Ju-52. Очевидно, по большей части это были обломки уже уничтоженных ранее самолетов.
Когда рано утром 1 июня Соединение «D» возвращалось в Александрию, в 05:45 на его прикрытие вылетели три «Бофайтера», недавно прибывших в Египет. В 07:15 были замечены три «Юнкерса» Ju-88 из I/LG1, и «Бофайтеры» немедленно атаковали их. Пайлот-офицер Кларк видел, как атакованный им «Юнкерс» сбросил бомбы, но в этот момент Кларк был ранен ответным огнем стрелков бомбардировщика и прервал атаку. Командовавший звеном «Бофайтеров» пайлот-лейтенант Кэмпбелл и третий пилот сержант Дикин одновременно атаковали другой «Юнкерс». Дикин подавил огонь хвостового стрелка «Юнкерса», но его «Бофайтер» получил попадание в левый двигатель. Кэмпбелл продолжал атаку, сделав две или три точные очереди, от которых загорелся правый двигатель «Юнкерса», но в этот момент у него заклинило пулеметы. «Юнкерс», вероятно, действительно получил попадания и совершил аварийную посадку на Родосе, по немецким данным – из-за неисправности двигателя. Сержант Дикин смог привести обратно свой поврежденный «Бофайтер» на одном моторе и сесть на аэродром Маатан Багуш.
Для поддержки Соединения «D» из Александрии были направлены крейсеры ПВО «Ковентри» и «Калькутта», их огневая мощь должна была обеспечить дополнительную защиту от авианалетов. В 09:00 радары на обоих крейсерах обнаружили приближение вражеских самолетов. Спустя 20 минут со стороны солнца спикировали два «Юнкерса» Ju-88, близкие разрывы бомб одного из них повредили «Ковентри», бомбы другого попали в «Калькутту» и нанесли фатальные повреждения. Крейсер затонул через несколько минут, 117 человек из его экипажа погибли, 255 выживших были подобраны «Ковентри». Это была последняя потеря британского флота в битве за Крит.