На земле, не считая относительно небольших потерь, понесенных в материковой части Греции, были потеряны 1751 чел. убитыми и 1737 ранеными, из них 71 убитый и 9 тяжело раненых офицеров и солдат RAF, сражавшихся вместе с армией. С Крита были эвакуированы 16 500 чел. и 12 500 пришлось оставить на острове. Кроме того, большие потери понесли греки, но по ним точных данных не сохранилось, немецкие документы сообщают только о 5255 греческих пленных, взятых на Крите.
В операции «Меркур» были задействованы 22 000 немецких солдат, из них 6543 потеряны убитыми, пропавшими без вести или тяжело ранеными. Из этих потерь 3764 относятся к воздушно-десантным войскам XI авиакорпуса Люфтваффе, потерявшего много опытных офицеров и унтер-офицеров. Кроме того, 311 чел. из экипажей самолетов Люфтваффе были убиты или пропали без вести.
По данным британской разведки в 12-дневном бою за Крит Люфтваффе потеряли 60 самолетов сбитыми в воздухе (и еще 14 вероятно сбитыми) и 34 уничтоженными на земле, из уничтоженных 61 самолет – транспортные «Юнкерсы» Ju-52/3m. Эти цифры оказались в значительной степени заниженными. За период 13 мая – 1 июня по данным Люфтваффе были потеряны 220 самолетов, хотя только 147 из них от действий противника – 80 «Юнкерсов» Ju-52/3m, 55 «Мессершмиттов» Bf-109 и Bf-110, 23 «Юнкерса» Ju-88, «Хейнкеля» Не-111 и «Дорнье» Do-17, 9 «Юнкерсов» Ju-87. Еще 64 самолета были списаны в результате серьезных повреждений. Между 20 мая и 1 июня транспортные группы Люфтваффе потеряли 117 «Юнкерсов» Ju-52 полностью уничтоженными, еще 125 поврежденными, но подлежащими ремонту. Действительное значение этих потерь в полной мере стало ощущаться лишь в конце 1942, когда возникла необходимость организовать снабжение по воздуху немецких войск, окруженных в Сталинграде. Даже к тому времени работавшая с большим напряжением авиационная промышленность Германии не смогла восполнить эти катастрофические потери.
Потери, понесенные 204-й авиагруппой RAF за тот же период, составили 7 «Веллингтонов», 16 средних бомбардировщиков и 23 истребителя. По сравнению с потерями Люфтваффе это весьма скромные цифры, но на той стадии войны на Ближнем Востоке это были чрезвычайно болезненные потери для RAF. Маршал авиации Артур Теддер, недавно принявший командование RAF на Ближнем Востоке, хорошо понимал, кого генералы и адмиралы назначат главным виновником поражения. 30 мая он направил начальнику штаба авиации в Лондоне длинную телеграмму, параграфы из которой, относящиеся к битве за Крит, приводятся здесь:
Параграф 1
«Проведен анализ действий RAF в битве за Крит. С сожалением вынужден признать, что, хотя усилия принесли хорошие результаты, цена оказалась высока. Особенно потери «Бленхеймов» - ночные и вечерние налеты «Бленхеймов» сопровождались большими потерями и на Крите и при возвращении на аэродромы в Африке. Несомненно, я виноват в том, что не придержал Коллишоу (речь идет об агрессивном использовании коммодором авиации Коллишоу ограниченных сил 204-й авиагруппы – прим. ред.). Всего в битве за Крит потеряно 47 самолетов, из них 30 между 20 и 27 мая. 28 мая прекращены все вылеты над Критом, кроме разведывательных. Также вчера была попытка доставить самолетом пакет с сообщением в Ретимо, которая оказалась неудачной».
Параграф 4
«Несомненно будет много разговоров, что авиация недостаточно поддерживала армию и флот в кампании в Греции и на Крите. Я придерживаюсь убеждения, что главная причина такой ситуации в нехватке оборудованных авиабаз. Мы не смогли занять Додеканезские острова и оборудовать авиабазы на равнине Лариссы. В результате авиация противника базировалась на все более широком фронте, наш же фронт постоянно сужался, пока наконец не осталось всего два плохо оборудованных аэродрома на Крите, которые невозможно было эффективно оборонять и поддерживать с баз в Африке. Эта кампания была прежде всего битвой за аэродромы».
И этим было сказано все.