Развитию военного дела в России в XVI–XVII вв. посвящен ряд статей П. П. Епифанова, написанных для многотомного исследования «Очерки русской культуры». Автор полагал, что в XVI в. «сложилась военная организация Русского централизованного государства со столицей в Москве». Сосредоточение вооруженных сил в руках феодальной монархии стало велением времени, что повлекло усовершенствование вооружения русского войска, которое «не только не уступало, но во многих отношениях превосходило вооружение других современных армий».
Исследователь изучил состав московского войска, способы его комплектования, сложившийся к середине XVII порядок управления вооруженными силами, обеспечение службы ратных людей.
Некоторые из выводов Епифанова представляют значительный интерес. Так, он отмечал высокие боевые качества русской дворянской конницы, выносливость и привычку русских воинов «к суровой жизни в поле, особенно в сильные морозы и снегопады, строгость существующей в московской армии дисциплины». Разбирая социальный состав стрелецкого войска, историк подчеркивал его неоднородность. Если первоначально рядовых стрельцов набирали из нетяглых крестьян и горожан, поступавших в стрельцы добровольно, то с течением времени стрелецкая служба стала наследственной. Низший командный состав рекрутировался из старослужащих, стрелецкие головы и сотники назначались только из дворян. Автор первым в отечественной науке обратил внимание на потери, понесенные стрельцами в годы Смутного времени, отметив, что в 1616 г. стрелецкий гарнизон Москвы насчитывал всего 2000 человек, значительно сократилась их численность и в других городах. Чрезвычайно высоко Епифанов оценивал профессиональное мастерство русских пушкарей, полагая, что общая численность пушкарей и затинщиков в XVI в. составляла уже не менее двух тысяч человек, уровень подготовки которых проверялся на регулярно проводимых учебных стрельбах. В XVII в. в состав вооруженных сил Московского государства вошли полки солдатского, рейтарского и драгунского строя. Комплектование их во второй половине XVII в. осуществлялось фактически за счет набора рекрутов с определенного числа дворов. Пристальное внимание исследователь уделил общей боеготовности населения. По наблюдениям П. П. Епифанова, она была очень высокой: среди посадских людей ружье имел один из пяти человек, а среди крестьян и бобылей, привлеченных к осадной службе, пищали находились у каждого шестого человека.
Автор подробно описал вооружение русского войска, но допустил несколько ошибок. Так, он полагал, что «каменные ядра в XVI в. почти совсем вышли из употребления: все без исключения орудия, описанные писцами, имели запас свинцовых и железных ядер разного веса». Между тем, такие снаряды продолжали использоваться и в XVII в., о чем свидетельствует составитель «Устава ратных, пушечных и других дел» Онисим Михайлов, указавший каменные ядра в качестве основных боеприпасов для целого ряда орудий (верховые пушки «Обезьяна», «Можжира» и др.). Орудия, стрелявшие каменными 6 и 4-пудовыми ядрами находились в составе в русской осадной артиллерии даже в годы Смоленской войны 1632–1634 гг.
Нельзя согласиться с утверждением П. П. Епифанова об установлении «определенного законом окладе поместий». Документы XVI–XVII вв. свидетельствуют, что в каждом уезде поместные оклады служилых людей имели пределы, заметно отличаясь от окладов дворян и детей боярских соседних городов.
Подобно А. Г. Елчанинову, Епифанов основательно запутался в датировке Ливонской войны. В одной из своих статей «Войско и военная организация» он сначала пишет, что война вспыхнула в 1558 г. и «продолжалась четверть века», но ниже отмечает, что через три года после взятия Казани (т. е. в 1555 г.), «в самом начале Ливонской войны (!), из Москвы на «немецкий рубеж» посланы были с другими ратными людьми конные стрельцы и казаки». О том, что это утверждение не случайная описка свидетельствует запись автора о доставке в 1555 г. русских пушек к «Ливонскому рубежу». Налицо ошибочное соотнесение событий русско-шведской войны 1554–1557 гг. с событиями Ливонской войны 1558–1583 гг.
Самые значительные ошибки сделаны Епифановым в другой его статье «Крепости». Невозможно согласиться с утверждением, что строившиеся в русских городах и острогах «глухие» башни имели ворота. Из описаний крепостей того времени видно, что башни с воротами именовались «проезжими», а «глухими» — исключительно закрытые крепостные сооружения, имеющие лишь «окна» (амбразуры). Так, крепость в Шацке имела 4 «проезжих» и 10 «глухих» башен, в Ельце — 4 «проезжих» и 6 «глухих», в Кромах — 1 «проезжую» и 10 «глухих» башен. В. В. Косточкин при описании укреплений Тверского кремля конца XIV в. отдельно упоминал «проезжие» (воротные) и «глухие башни.