Касаясь вопроса организации русского войска, Баиов, несмотря на убедительные возражения А. З. Мышлаевского, вслед за Д. Ф. Масловским продолжал утверждать, что основным подразделением поместной армии являлась «десятня», состоявшая из служилых людей, «приписанных к какому-либо одному городу». Развивая идеи своего учителя, исследователь бездоказательно писал о том, что «десятни по несколько сводились в полки, которых в армии, изготовившейся к походу, было семь». В свою очередь каждая «десятня», по мнению Баиова, делилась на сотни, а последние — на десятки. Как отмечалось выше, предложенная Масловским и схема организации поместных войск XVI–XVII вв. является искусственной и искажает общую картину устройства московской армии.
Говоря о снабжении вооруженных сил в военное время, автор отмечал, что в «неприятельских землях войска свои запасы пополняли путем фуражировок в попутных селениях и городах. В этих случаях для сбора необходимых запасов высылались особые отряды, называвшиеся кормовщиками». Такой способ обеспечения армии, по мнению Баиова, способствовал «развитию мародерства, борьба с которым была очень затруднительна».
Требует уточнения высказывание исследователя о военной подготовке стрельцов, которые, «если и занимались обучением, то главным образом в несении караулов и конвойной службы, вряд ли это обучение давало им много в деле боевой подготовки». Между тем, дошедшие до нас документы неопровержимо свидетельствуют об умении стрельцов вести залповый огонь, действенность которого они демонстрировали на царских смотрах в середине XVI в., что вряд ли было возможно без предварительного обучения. Начиная со второй трети XVII в. часть стрелецких приказов, прежде всего из состава московского гарнизона, учились азам солдатского строя под наблюдением иностранных инструкторов.
Считая военную подготовку русской армии явно недостаточной, Баиов делал исключение для городовых войск, которые, по его мнению, были более боеспособными, так как несли «постоянную службу на границах», где они были обязаны «непрерывно охранять и разведывать» в условиях частых неприятельских нападений. Такие части «если и были лишены обучения, то во всяком случае, благодаря особенностям их службы» были более боеспособными.
Отдельный раздел работы Баиова посвящен изучению качественных изменений, произошедших в вооруженных силах Московского государства во второй трети XVII в. Отметив принципиальное решение правительства о восстановлении старой, поместной системы организации армии, сильно пострадавшей в годы Смутного времени, автор затронул вопрос формирования в начале 1630-х гг. первых солдатских и рейтарского полков. Большого значения этому опыту использования обученных и вооруженных по европейскому образцу воинских частей историк не придавал, подчеркнув, что «по окончании смоленских походов дальнейшие формирования полков [иноземного строя] были прекращены, наличные — распущены, а оставшиеся в России иноземцы поверстаны поместными окладами».
Восстановить упраздненные полки «нового строя» правительство решилось после захвата донскими казаками в 1637 г. турецкой крепости Азов. Обстановка на южных границах страны обострилась, и московские власти «воспользовались драгунами и солдатами, а также офицерами-иноземцами, которые остались в России после роспуска первых солдатских полков». Службу они несли на тех же основаниях, как и поместная конница, на границу солдат и офицеров новых полков собирали лишь в самое опасное летнее время. Лишь в 1642 г. характер их службы изменился — решая вопрос о войне с Турцией из-за Азова, правительство сформировало два солдатских полка постоянного состава.
Говоря об организации вооруженных сил и управления ими в XVII в., Баиов сделал странное замечание о Разрядном приказе, отметив, что в круг его обязанностей не входил учет поместных войск. Зная, что к поместным войскам историк относил почти всю московскую армию за исключением ополчений даточных людей, следует признать Разряд не ведущим военным ведомством Московского государства, а второстепенным учреждением. Сохранившиеся документы опровергают мнение Баиова. Разрядный приказ осуществлял общее руководство вооруженными силами, начальники его держали в руках все нити военного управления. Последнее подтверждается свидетельством Котошихина, писавшего: «А ведомы в том приказе всякие воинские дела и городы строение и крепостьми и ружьем и служивыми людьми; так же ведомы бояре, околничие и думные и ближние люди, и дьяки и жилцы, и дворяне городовые, и дети боярские (выделено нами — В. В.), и казаки, и солдаты всякою службою».