Уже в начале 1990-х годов Меджлисом и Духовным управлением мусульман Крыма (ДУМК) были установлены тесные связи с этническими сепаратистами Чечни и Дагестана. Эти контакты сохранились и после перехода чеченских боевиков на позиции ваххабизма, объявления «джихада» России и привлечения для борьбы с российскими войсками активистов международных исламских террористических организаций. Так, по поводу событий в Дагестане в январе 1996 года М. Джемилев заявил: «Мы не считаем действия чеченских братьев бандитизмом. Это адекватная реакция на терроризм России». Чеченский фактор активно использовался Меджлисом и ДУМК как средство радикализации протестных акций крымских татар. Элементы исламского экстремизма четко проявились во время массовых демонстраций крымских татар (при активном участии чеченцев) в марте 1998 года в Симферополе. Блокирование железнодорожных путей и автострад привело к столкновениям с силами правопорядка, в результате которых получили ранения разной степени тяжести 47 татар и 19 сотрудников милиции.
Особенно активной публичная поддержка Меджлисом и ДУМК этнических сепаратистов и исламских радикалов в Чечне стала с осени 1999 года, когда российские федеральные войска приступили к развертыванию решительных военных действий. Чеченская тема занимала видное место в крымско-татарских газетах «Голос Крыма», «Авдет», «Къырым» и других близких к Меджлису изданиях. Лидеры и активисты Меджлиса, Исламской партии Крыма, радикальной партии «Ада-лет», Крымско-татарского молодежного центра устраивали демонстрации протеста и пикеты у Генерального консульства Российской Федерации в Севастополе, открыто выражали исламскую солидарность с «народом Ичкерии, ведущим мужественную борьбу за свою независимость против российского империализма».
Эта позиция Меджлиса не изменилась и в последующем - «Группа, захватившая заложников в Москве, — говорилось в «Обращении» Президиума Меджлиса к главам государств, парламентам, международным организациям и мировой общественности в связи с захватом заложников 23 октября 2002 года, — не сделала ничего такого, что не было бы уже сотни раз бесконтрольно и безнаказанно сделано российскими войсками против гражданского населения Чечни». Существует установка Меджлиса о желательности браков крымских татар с чеченскими вдовами.
Известно, что самовольные захваты земельных участков со стороны татар стали повсеместным явлением. До захватов домов русских и украинцев (как в Чечне) еще пока дело не дошло, но отток славянского населения из Крыма в Россию и близлежащие области Украины идет полным ходом. В самом Крыму создаются целые районы компактного проживания татарского населения — Бахчисарайский и Белогорский.
Помимо окончательного переселения крымских татар из мест депортации, Меджлис предусматривает привлечение в Крым иных татар — от Казани и Астрахани до Байкала, переселение в Крым под видом крымских татар любых иных тюрок (азербайджанцев, узбеков и т. д.), возможную репатриацию турецких, румынских и болгарских татар, иммиграцию мусульман иных национальностей (в частности, чеченцев) и максимальное увеличение рождаемости в среде крымских татар.
Согласно многочисленным прогнозам уже к концу нынешнего десятилетия вооруженные выступления татар и насильственные акции по отношению к славянскому населению приобретут повсеместный характер, а в середине 2010-х годов в Крыму вполне может вспыхнуть восстание. Бывший депутат Верховного Совета Крыма Э. Меметов еще в 1993 году заявил: «Мы планируем наши действия в расчете на многие десятилетия, даже столетия. Первейшая задача — запугать оккупантов, создать такую обстановку в Крыму, чтобы они сами бежали отсюда, как из Таджикистана. Климат психологической нестабильности…»
Сегодня силы, которые при поддержке извне пришли к власти в Киеве, сделали ставку на крымско-татарский фактор. Официальный Киев сегодня мало заботит судьба этнических украинцев в Крыму: пусть лучше Крым станет этнически татарским, но сохранится в составе Украины. Возможно, именно крымско-татарские боевики станут той силой, которая будет усмирять федералистские выступления населения юга и востока Украины.