На митинге начали отчетливо раздаваться радикально исламские лозунги. Вечером по телевидению выступил Ш. Юсуф с заявлением, в котором подчеркнул, что не исключает возможности обращения за помощью к Ирану и Афганистану, если войска СНГ будут вмешиваться в дела Таджикистана. Одновременно он предупредил, что русские в Душанбе с этого момента становятся заложниками. И хотя позднее лидеры оппозиции признали действия В. Заболотного правильными и принесли ему свои извинения, цель провокации (нейтрализовать 201-й мсд и посеять панику среди русскоязычного населения, чтобы не допустить его сплочения) оказалась достигнутой.
Уже 11 мая на переговорах правительства и оппозиции выдвигались требования отставки президента, упразднения Верховного Совета и создания на его базе Национального совета (меджлиса). Одновременно Ш. Юсуф и Д. Усмон заявили, что имущество военного гарнизона должно быть национализировано и дальнейшее пребывание войск СНГ в Таджикистане нецелесообразно. В течение этого дня было сформировано так называемое Правительство национального примирения, в котором оппозиция получила 8 (одну треть) постов, в том числе ряд ключевых.
16 мая последняя колонна автобусов увезла воодушевленных победой участников митинга с площади Шохидон в родные кишлаки. Закончился первый этап начавшейся в Таджикистане гражданской войны. Центр тяжести противостояния переместился в сельскую местность и приобрел чисто военный характер.
После провокационного заявления Ш. Юсуфа отъезд из Таджикистана русскоязычного населения принял небывалые размеры: лишь до конца мая 1992 года из Таджикистана, опасаясь за свою жизнь, бежали 20 тысяч русскоязычных жителей.
Уже в конце мая из Куляба и Курган-Тюбе начали поступать сообщения о дестабилизации обстановки и размещении вооруженных отрядов проправительственных сил, а также оппозиции в различных населенных пунктах.
В начале июня резко увеличился процент выезда за пределы Кулябской области сторонников Демократической партии и Исламской партии возрождения, а также «Растохеза», опасавшихся преследований со стороны муллы X. Шарифова и С. Сафарова, бывшего уголовника, проведшего в заключении 23 года за убийство и по другим статьям, а затем вставшего во главе кулябских формирований. В связи со сложившейся ситуацией сессия Ленинабадского облсовета приняла постановление о переходе всех предприятий области под его юрисдикцию. Это свидетельствовало о росте сепаратистских настроений на севере республики.
24 июня Президиум Верховного Совета Таджикистана принял заявление, в котором содержались требования к президенту Набиеву. В случае невыполнения этих требований Президиум намеревался созвать сессию парламента и заявить о своей отставке в полном составе, а также поставить вопрос о целесообразности сохранения президентской формы правления. Это заявление, как и предшествовавшие события, показало углубление противостояния между Ленинабадской областью и центром. Фактически Ленинабадское руководство не признало Центральное Правительство. Установилось новое соотношение власти — между Севером и Югом (региональное двоевластие).
С 28 июня начались вооруженные столкновения между отрядами исламистов и силами кулябцев, приобретавшие все более систематический, кровопролитный и криминализованный характер. 1 июля из-за обострения ситуации на юге правительство приняло постановление об охране особо важных объектов в республике. Это постановление было согласовано с Министерством обороны России. Частям 201-й мсд была поручена охрана Нурекской ГЭС, Яванского электромеханического комбината, Вахшского азотно-тукового завода, ряда объектов военного назначения, а также нескольких участков автодорог на горных перевалах вдоль границы Кулябской и Курган-Тюбинской областей.
В начале июля лидеры политических партий, народных движений и духовенства выступили с обращением в адрес участников Хельсинкского совещания в защиту находившегося в заключении мэра Душанбе М. Икромова, что явилось свидетельством дальнейшего роста противоречий между Центром и Ходжентом, так как М. Икромов содержался именно там.
На южной границе начались регулярные и все более масштабные попытки перехода таджико-афганской границы с целью приобретения оружия. Обратно с таджиками возвращались и афганские инструкторы.