В 1999 году в России совершено 539 взрывов с использованием взрывчатых веществ. 14 из них квалифицируются как террористические акты. За это время сотрудниками ФСБ изъято 129 самодельных взрывных устройств, возбуждено 24 уголовных дела. За 2000 год ликвидированы 50 ОПГ, в деятельности которых не исключались террористические методы. 248 участников группировок были арестованы.
По подозрению в совершении взрывов в Москве, Буйнакске и Волгодонске задержано восемь человек. Еще девять объявлены в международный розыск. Главные исполнители терактов — Гочияев, Сайгаков, Крымшамхалов, Салихов — члены исламских ваххабитских организаций. По информации ФСБ, они скрывались на территории Чечни.
28 декабря 1999 года в Урус-Мартане была обнаружена школа по подготовке диверсантов, которая, кроме учебных помещений, имела полигон, где курсанты испытывали самодельные взрывные устройства. Кроме того, там изъяты аммиачная селитра и алюминиевая пыль — те самые компоненты, которые входили в самодельные взрывные устройства, использовавшиеся в Москве и Буйнакске.
В этой школе были поставлены на производство самодельные взрывные устройства, закамуфлированные под стандартные бетонные блоки (типа фундаментных). Именно такие блоки активно используют федеральные силы при создании контрольно-пропускных пунктов и перекрытии дорог. Блоки в большом количестве валяются по территории всей Чечни. Блок состоит из бетонного кожуха, в который спрятано порядка 250–300 кг мощного взрывчатого вещества, из него выведены провода, к которым присоединяется инициатор взрыва. Установить такой блок и подключить к нему инициатор достаточно просто.
Бесконтрольная добыча и кустарная переработка нефти в Чечне, хищения из нефтепровода Баку — Новороссийск, проходящего по территории республики, привели к колоссальным загрязнениям окружающей среды.
Чечня стала центром экологического терроризма. Прямая перегонка нефти из «трубы», использовавшаяся здесь для получения бензина, не позволяла полностью переработать весь продукт. При этом около 60 % от общего объема украденной нефти сливалось местными дельцами непосредственно на грунт, в результате чего образовались реки и озера мазута. Так, вблизи населенного пункта Банки-Юрт было обнаружено 176 мини-заводов. Площадь загрязнения возле одного такого «предприятия» составляла 3–5 гектаров, глубина пропитки грунта — более одного метра. В ходе разборок между главарями бандформирований была повреждена одна из скважин. Высота факела горящей нефти достигала ста метров, а дымовой шлейф — полукилометра.
Начиная с середины 1998 года российские власти стали уделять большое внимание укреплению южных границ России. При этом особая роль отводилась Ставропольскому и Краснодарскому краям и Ростовской области. В мае 1998 года своим указом Президент Ельцин назначил бывшего командующего внутренними войсками МВД России генерал-полковника Л. Шевцова начальником нового оперативного штаба МВД на Северном Кавказе. Формально ему были подчинены подразделения Министерства обороны, Федеральной пограничной службы (ФПС) и Федеральной службы безопасности (ФСБ). Тем самым была сформирована так называемая «временная оперативная группировка на Северном Кавказе» с общей численностью личного состава около 15 тысяч человек Ее штаб первоначально находился в г. Моздок (Северная Осетия), вблизи границы с Чечней, а затем, в июне 1998 года, был переведен в Ставрополь. Кроме того, Л. Шевцов опирался на Северокавказский округ внутренних войск с численностью личного состава 50 тысяч человек (четыре дивизии, дислоцированные в Новочеркесске, Махачкале, Пятигорске и Владикавказе). Российская сторона усилила свои позиции и в воздухе: 4-я воздушная армия с ее штабом в Ростове-на-Дону в конце 1997 года имела на вооружении около 280 боевых самолетов (Су-24, Су-25, Су-27, МиГ-29) и около 40 вертолетов.
Москва пыталась разрешить северокавказские конфликты прежде всего мирным путем. Как правило, каждый новый российский премьер-министр начинал свою работу со знакомства с этим регионом. В августе 1998 года состоялась встреча С. Кириенко с А. Масхадовым, а Е. Примаков уже в первые недели после вступления на свой пост провел встречи с руководителями Дагестана, Ингушетии, Северной Осетии и Чечни. Эти консультации и переговоры, проведенные незадолго до заседания российского Совета министров по стабилизации социально-экономической ситуации во всей стране, сыграли важную роль.