Но, несмотря на организационное оформление и ряд привилегий, казачество не стало послушной правительству Речи Послолитой силой, а продолжало вести «свою» политику. Так, непосредственно за утверждением королем в звании гетмана Богдан Ружинский предпринял ряд успешных набегов на Крым, освободил множество пленных невольников и сам погиб в бою во время последнего набега. В это время Речь Посполитая находилась в состоянии мира и с Турцией, и с Крымом, которые настойчиво требовали от Польши не только прекращения казацких набегов, но и наказания виновных. Баторий отдавал строгие приказы, но казаки не обращали на них никакого внимания и продолжали свою борьбу с татарами и турками. Баторий вынужден был сообщить Турции, что казаки находятся вне пределов его власти, поделать с ними он ничего не может и ответственность за действия казаков Речь Посполитая не несет. После гибели Ружинского казаки выбрали себе гетманом Шаха, которого Баторий и утвердил в должности.
Шах продолжал военные действия против татар и турок, имея своим помощником Ивана Подкову, брата молдавского Господаря. Подковой его прозвали казаки за необычайную силу: по преданию, он двумя пальцами ломал подкову.
Когда умер брат Подковы — молдавский Господарь, то казаки решили поддержать притязание Подковы на молдавский престол и с большими силами вторглись в Молдавию, которая находилась в вассальной зависимости от Турции.
Вторжение это вызвало совместное выступление Польши и Турции против войска Подковы. Видя превосходство неприятеля, Подкова решил отступить и вернуться с казаками на Украину. По дороге он был обманом задержан во Львове, брошен в тюрьму, и по приказу Батория ему была публично отрублена голова на рынке во Львове.
Гетману же Шаху король выразил свое неудовольствие, потребовал от казаков, угрожая репрессиями, его смещения и сам назначил казакам гетманом польского шляхтича Самуила Зборовского.
Гетман Шах, не желая навлекать на казачество репрессии, сам отрекся от гетманства и удалился в монастырь, где и закончил свои дни. Но не пришлось гетманствовать и Зборовскому: казаки отказались его принять, вернули его королю, а сами выбрали себе гетманом полковника Демьяна Скалозуба, который, не считаясь с королем, продолжал борьбу с татарами и турками, что вынудило Батория еще раз сообщить Турции, что казаки действуют не только без его согласия, но вопреки его запрещению.
Так, как только было сорганизовано, казачество начало сразу же проявлять свою собственную волю, и план Батория сделать его послушным орудием политики правительства Речи Посполитой не удался.
Поэтому при наследнике Батория (умершего в 1586 г.) — Сигизмунде III Ваза, курс польского правительства по отношению к казакам был резко изменен и начались всяческие притеснения казаков и ущемление их прав и привилегий, что только обостряло и усиливало вражду казаков к полякам.
Вражда эта особенно усилилась с начала 90-х годов, когда католики повели решительное наступление на православие и начали готовиться ко введению церковной унии православных с католиками, которая должна была подчинить первых последним и окончательно искоренить на Украине православие. Начался период казацких восстаний.
Казацкие восстания
Новоизбранный польский король Сигизмунд III Ваза (1586–1632) начал урезывать казачьи права и привилегии.
Он издал указ, по которому число реестровых казаков уменьшалось с 6000 да 4000 и они были лишены многих прав и привилегий, полученных при Стефане Батории. Кроме того был предпринят ряд мер к недопущению бегства казаков и крестьян в Запорожье. С правами казацкой старшины перестали считаться и начали их нарушать. Даже у казацкого гетмана Криштофа Косинского, заменившего погибшего в турецкой неволе Скалозуба, выходца из шляхты, магнат князь Острожский насильно отобрал жалованное ему королем имение, село Ракитное, и Косинский, несмотря на жалобу королю, не смог восстановить своих прав и получить обратно имение.
Это грубое нарушение прав, от которого не был застрахован даже гетман, было воспринято казачеством как вызов. Казаки захватили Белую Церковь (имение захватчика Ракитного — князя Острожского), разорили замок и уничтожили все документы.
Весть о казачьем восстании подняла широкие крестьянские массы на Киевщине и Волыни. Тысячи добровольцев потянулись к Косинскому. Начало расти и шириться крестьянско-казачье антифеодальное, антипольское и антикатолическое восстание. Вся Правобережная Украина была в огне восстания в течение всего 1592 года.