Встревоженная успехами Наливайки и пылающим по всему Правобережью восстанием, Речь Посполитая мобилизовала свои силы для борьбы с ним, назначивши главнокомандующим Станислава Жолкевского.
Наливайко вынужден был отступить из Белоруссии и с Волыни. Он направился к Белой Церкви для соединения с находившимися в ее районе реестровыми казаками Григория Лободы.
После нескольких кровопролитных столкновений с армией Жолкевского казаки перешли на Левобережье и сосредоточились в районе Переяслава. Перед ними стоял вопрос, что делать дальше. На многочисленных «радах» (совещаниях) мнения разделились: одни хотели остаться у Переяслава и биться «до последнего»; другие предлагали соединиться с татарами и напасть на Польшу; третьи же видели выход в отступлении на восток и переходе через русскую границу; незначительная часть реестровых казаков была склонна капитулировать перед Жолкевским, обещавшим амнистию.
Победили сторонники похода к русской границе, и все войско Наливайко-Лободы, с немалым числом гражданских беженцев, боявшихся поляков, двинулось на восток к русской границе.
Однако Жолкевскому удалось их опередить, отрезать отступление и окружить за рекою Сулою, вблизи г. Лубен, в урочище Соломина.
Около двух недель оборонялись казаки в созданном ими укрепленном лагере, испытывая голод и недостаток воды. Реестровые казаки были склонны заключить соглашение с Жолкевским. В рядах повстанцев начались несогласия, доходившие до вооруженных столкновений, во время которых был убит гетман реестровых казаков — Лобода.
Вскоре силы сопротивления повстанцев было сломлены; часть их, поверив обещаниям Жолкевского, решила положить оружие. Использовав эти настроения, поляки ворвались в лагерь и произвели здесь страшную резню, не щадя ни женщин, ни детей. Только незначительное число казаков успело прорваться и уйти на Запорожье. Наливайко, заместитель Лободы-Шаула и несколько командиров во время этого нападения были вероломно схвачены теми реестровцами, которые верили полякам, и выданы Жолкевскому. Началась страшная резня, о которой польский хроникер Бельский пишет: «…и так их рубили немилосердно, что на протяжении мили или больше трупы лежали на трупах. Было их всех в лагере вместе с чернью, женщинами и детьми около десяти тысяч, из которых спаслись не более полутора тысяч»…
В апреле 1597 года Наливайко был казнен публично в Варшаве. Ему сначала отрубили голову, а потом четвертовали. Части его тела были развешены в разных местах города. Казнены были также не только все сотрудники Наливайки, но и большинство казаков, поверившие честному слову Жолкевского.
Польский Сейм «наложил на казаков баницию», то есть объявил их вне закона, а все права реестровых казаков были упразднены.
Но никакое распоряжение правительства не смогло не только ликвидировать казачество, но даже приостановить его рост и развитие.
Тяжелый социальный гнет крепостничества и религиозно-национальная дискриминация толкали все больше и больше недовольных в ряды казачества, и Речь Посполитая вынуждена была смотреть на это сквозь пальцы, ибо под давлением феодалов и католической церкви не имела ни возможности, ни желания устранить те причины, которые порождали казачество. Не имела и силы сделать казаков покорными.
Хотя и потерпевшее неуспехи в своих восстаниях начала 90-х годов, население Украины в их результате осознало свою силу и поняло безнадежность всяких попыток честно договориться с поляками и католиками и наладить равноправное с ними сосуществование. Оставаться же на положении подчиненного народа в польской колонии, каковой стала Украина к концу XVI столетия, народ, почувствовавший свою силу, не хотел.
Это был уже не тот народ с примитивно-феодальной системой, натуральным хозяйством и со своей собственной культурой, на которую вначале никто не посягал, который в XIV веке волею исторических событий очутился в одном государстве с литовцами и поляками.
Братства и православная церковь были к концу XVI века достаточно организованы и закалены в борьбе с польско-католической агрессией, чтобы стать центрами морального отпора и защиты религии и неразрывно с ней связанной национальности. Казачество было силой военной, на которую возлагал надежды весь народ. Угнетаемые крестьянство и мещанство — неисчерпаемым источником сил для борьбы за освобождение.
И только самая незначительная часть социальной верхушки: магнаты, часть шляхты (но далеко не вся), высшее духовенство и незначительная часть старшины реестровых казаков относились лояльно к Речи Посполитой и надеялись на возможность сотрудничества с ее правительством.