Применение своих сил разросшееся Запорожское войско находило в постоянных войнах с татарами и турками. Иногда они предпринимали далекие походы, пересекая Черное море и нападая на турецкие города. Так, в 1614 году они напали на турецкую гавань Синоп, сожгли турецкий флот и разорили город. В 1615 году казаки разорили турецкие гавани Мозовни и Архиски, а погнавшийся за ними турецкий флот сожгли в открытом море. Совместно с донскими казаками, под общей командой запорожца Шафрана, казаки пересекли Черное море и разорили Трапезунд. Центр торговли невольниками в Крыму, город Кафу, казаки взяли штурмом, сожгли стоявший в гавани турецкий флот, перебили 14000 солдат гарнизона и освободили многочисленных невольников.
Сила казацкая росла и крепла и слава их побед над непобедимыми турками, угрожавшими тогда всей Европе, разнеслась далеко за пределы Украины.
И поляки, сами находившиеся под угрозой нападения татар и турок в первой четверти XVII века и занятые агрессивными войнами с Москвой и Швецией, волей-неволей должны были искать примирения с возродившимся явочным порядком казачеством, достигшим 30 000–40 000 отличного войска.
Запорожских казаков и все казачество тогда возглавлял гетман Конашевич-Сагайдачный, которого в 1606 году, не спрашивая поляков, казаки выбрали гетманом. Сагайдачный объявил себя «Гетманом обоих сторон Днепра и всего войска Запорожского». Поляки примирились со свершившимся фактом и никаких мер против Сагайдачного не предприняли. Они в это время готовились к агрессии на Москву и не хотели раздражать православное население Украины, казаков же в особенности. Вместо не так давно (после восстания Наливайко-Лободы) наложенной на казаков «баниции» (объявления их вне закона) Жолкевским по поручению правительства было объявлено «всеобщее прощение», и он приступил к набору войска для готовившегося похода на Москву.
Опять появился «реестр», в который было вписано 4000 казаков, наиболее состоятельных и лояльных к Польше. Им было дано много привилегий и еще больше обещано в будущем, а казацкой старшине была обещана даже так называемая «нобилитация» — возведение королем в шляхетское достоинство. Кроме того, Жолкевский привлек к походу на Москву ряд отдельных казацких «ватажков» с их отрядами, («ватагами») и сколотил таким образом так называемое «казацкое войско», которое и двинулось помогать ставленнику Польши — Лжедимитрию добывать московский престол.
К этому времени (первое десятилетие XVII века) несколько ослабела католическая агрессия и религиозная борьба, так как умерли ее возглавители как с католической стороны (епископ Поцей и епископ Терлецкий), так и с православной (князь Острожский и епископ Балабан).
Это в значительной мере способствовало попыткам польского правительства хоть несколько умиротворить разбушевавшиеся на рубеже столетия страсти.
К тому же и Сагайдачный избегал открытых конфликтов с поляками и все время шел путем компромиссов с ними, вызывавших нередко острое недовольство широких казацких масс. Но в то же время, учитывая невозможность для Польши прибегнуть к решительным мерам, Сагайдачный вел «свою» политику и выступал и действовал на свой страх и риск, не считаясь с желаниями, а иногда и с прямыми запрещениями короля.
Так, например, он записался «со всем войском» в Киевское братство, официально не признанное польским королем, и тем необычайно поднял авторитет этого идейного центра борьбы против католичества и ополячивания.
По его инициативе и просьбе находившийся в Киеве проездом в Москву иерусалимский патриарх Феофил возвел ректора школы Киевского братства Иова Борецкого в сан митрополита, а шесть кандидатов по его предложению возвел в сан епископов. По отношению к польскому правительству это был акт революционный, разбивавший его планы ликвидировать православие благодаря отсутствию канонически назначенных высших иерархов православной церкви. После Брестской унии, перехода в нее митрополита Киевского и большинства епископов и в смерти оставшихся верными православию епископов, православная церковь в течение ряда лет была без высших иерархов.
Сначала польское правительство этих назначений не признало, но вскоре должно было молчаливо примириться с совершившимся фактом.
Восстановление иерархии православной церкви и усиление братства в Киеве сыграли огромную роль в консолидации и укреплении религиозно-культурной жизни Украины.
Не менее независимо, чем в вопросах национально-религиозных, поступал Сагайдачный и в вопросах взаимоотношений с татарами и турками, на которых он нападал и с которыми воевал, не считаясь с мнениями и желаниями короля. Поляки это терпели, так как своими постоянными нападениями на татар и турок казаки в то же время косвенно охраняли и польские границы.