Морское министерство, неправильно оценивавшее обстановку на Дальнем Востоке, не пожелало прислушаться к разумному совету С.О. Макарова. Положив на его письмо резолюцию: «Хранить весьма секретно, копий не снимать»3, руководители Морского министерства во главе с генерал-адмиралом великим князем Алексеем Александровичем оставили его без всякого внимания и положили под сукно.
Несмотря на опасность стоянки кораблей на внешнем рейде, адмиралы Алексеев и Старк, непосредственно отвечавшие за безопасность Тихоокеанской эскадры, не только не перевели ее на внутренний рейд Порт-Артура, но, оставив эскадру на внешнем рейде, установили для нее совершенно неудовлетворительную диспозицию, по которой наиболее ценные броненосцы были поставлены мористее всех кораблей. В случае внезапной атаки противника они подвергались наибольшей опасности.
Оставив эскадру на внешнем рейде, русское командование приняло некоторые меры предосторожности на случай нападения противника. На всех кораблях вводилось затемнение и ряд других мер. Однако все это не всегда выполнялось. Так, корабли, производившие погрузку угля в ночное время, ярко освещались, чем нарушалась светомаскировка, выставленный на подходах к Порт-Артуру корабельный дозор не обеспечивал обнаружения подхода противника с моря. Разведка на театре не велась. Использование береговых батарей для отражения внезапной атаки противника не предусматривалось. Между эскадрой и береговой артиллерией даже не было установлено связи, равно как и общего сигнала тревоги. Поэтому принятые меры по охране якорной стоянки больше создавали атмосферу самоуспокоенности и понижали бдительность личного состава эскадры, чем обеспечивали безопасность ее стоянки на внешнем рейде.
В военно-морской исторической литературе по Русско-японской войне, и в частности в труде военно-исторической комиссии при Морском генеральном штабе, пишется о том, что русское правительство запретило принимать какие-либо меры, которые могли быть расценены японцами как подготовка к войне и послужить поводом для ее начала. Однако указания правительства, носившие общий характер, не снимали ответственности с командования эскадрой за обеспечение надежной обороны кораблей на внешнем рейде Порт-Артура и состояние боевой готовности эскадры. Бытовала и другая версия: при нападении на порт-артурскую эскадру в ночь на 27 января японцы якобы застали ее врасплох, и весь офицерский состав эскадры в это время находился на берегу, на балу у жены начальника эскадры адмирала Старка. Это утверждение опровергается как общим ходом событий по отражению атаки японских миноносцев, так и заявлениями многих участников этих событий. М.И. Костенко в своих воспоминаниях, посвященных Русско-японской войне, пишет: «По примеру прежних лет, 26 января у начальника эскадры Старка был раут по случаю именин его жены. Одни говорят, что раут был днем, а вечером все были на своих местах; другие же утверждают, что ночью, в момент нападения, некоторые из офицеров задержались на рауте и не могли попасть на свои суда. Многие высказывали и такое мнение, что японцы, зная по примеру прежних лет, как весело праздновался моряками этот день у Старка, именно и выбрали его днем нападения. Тем не менее, мною положительно было установлено, что раут окончился около 4-х часов дня (16), а в 6 часов вечера (18) состоялся совет на „Петропавловске“ из старших морских начальников, для обсуждения мер к охране флота и его действия на случай войны»4.
Другой участник этих событий, начальник дипломатической канцелярии наместника на Дальнем Востоке Е.А. Плансон, в своем дневнике пишет: «У нас вся эскадра вышла на рейд — более двадцати вымпелов, не считая миноносцев. После спуска флага никого не отпускают на берег. Адмирал Старк встретился в сумерки. Идет домой обедать (жена именинница), говорит мне, что „контрабандой“, т. е. особо доверительно, спрашивает: „Ну, что, господа дипломаты, как дела?“ Я отвечаю: „Наше дело кончено, теперь начинается Ваша роль“»5. Заявление М.И. Костенко и Е.А. Плансона о том, что в ночь с 26 на 27 января офицеры эскадры были на своих кораблях, а не на балу у жены адмирала Старка, а последний вечером 26 января проводил совещание на броненосце «Петропавловск» с начальником штаба временного морского штаба наместника и командиром Порт-Артура, которое закончилось за полчаса до начала атаки японских миноносцев, подтверждается и официальными материалами по Русско-японской войне6.
Утром 25 января (7 февраля) Алексеев получил телеграмму о разрыве дипломатических отношений с Японией. Редактор газеты «Новый край» просил разрешения опубликовать эту телеграмму, но получил отказ, «чтобы не волновать общество».