Сразу после войны на освобожденной территории специальные службы НКВД вели борьбу с антикоммунистическими партизанами, частично состоявшими из бывших членов «Вервольфа», под командованием бывших офицеров Ваффен-СС, которых сбрасывали с парашютом западные спецслужбы.
В 1946 году НКВД был переименован в МВД (Министерство внутренних дел), сохранившее в своем составе Дивизию имени Дзержинского (она теперь называлась 19-й дивизией особого назначения имени Дзержинского), тогда как НКГБ восстановил свой министерский статус и стал называться МГБ (Министерство государственной безопасности).
13 марта 1954 года МГБ было переименовано в КГБ (Комитет государственной безопасности). Лишенный министерского статуса, но подчиненный непосредственно Политбюро ЦК КПСС, КГБ развился в организацию, стоявшую выше министерств, и получил от партии право контролировать все действия, проводимые СССР.
Одной из самых известных специальных служб, без сомнения, был СМЕРШ, служба контрразведки, созданная в 1941 году вместо особых отделов ОГПУ. Он действовал в рамках вооруженных сил, как внутри, так и вне СССР. После создания КГБ задания СМЕРШ были переданы 13-му отделу — позже пятому отделу — управления «С» Первого главного управления, или специальным службам, известным под названием «боевые группы». После побега на Запад офицера КГБ Олега Лялина в 1971 году и его показаний, КГБ отозвал большинство своих агентов пятого отдела, размещенных на Западе, и реструктурировал свою сеть. Эта реформа привела к созданию восьмого отдела, ответственного за специальные задания.
Самой известной операцией специальных служб СССР была ликвидация агентом ОГПУ Льва Троцкого в Мексике в 1940 году.
В отличие от военных сил специального назначения специальные службы стран ОВД — и Кубы — работали в тесном сотрудничестве и часто проводили совместные операции, которые трудно было раскрыть секретным службам Запада.
Развитие войск спецназначения вооруженных сил
Происхождение войск спецназначения вооруженных сил тесно связано с развитием войск спецназначения служб безопасности, рассмотренных выше.
Борьба с белогвардейцами и интервентами в значительной мере велась в форме партизанской войны. Партизанское движение возглавлялось главным штабом партизанских формирований в структуре ЦК РКП(б), во главе которого находился Ленин. Этот инструмент вскоре был заменен отделом специальной разведки оперативной секции Оперативного штаба Революционного военного совета. Этот отдел координировал действия партизанских формирований и Красной Армии. На оккупированных территориях партизанским движением руководило центральное бюро коммунистических организаций на оккупированных территориях, подчиненное ЦК РКП(б). Роль Чека в этом контексте состояла в консолидации позиций партии на оккупированной территории и в проведении партизанских действий.
Эволюция проблем безопасности потребовала новых тактических и оперативных решений. Развитие военной техники не прошло мимо внимания высших советских военачальников. Благодаря инициативе Михаила Николаевича Тухачевского возможности воздушно-десантных войск быстро нашли признание, и были запущены программы технических исследований, особенно разработки парашютов для военного использования.
Первое боевое применение советских парашютистов состоялось весной 1929 года в ходе борьбы с басмачами в Таджикистане, что подчеркивало чередование противоповстанческих и чисто военных аспектов развития войск специального назначения.
2 августа 1930 года первая группа из 12 парашютистов со своим оружием под командованием майора Леонида Григорьевича Минова совершила экспериментальный прыжок на площадь 800 х 600 м. Эта дата считается официальным днем создания советских воздушно-десантных войск. На следующий месяц во время воздушных маневров Московского округа — недалеко от Воронежа — группа майора Минова получила тактическую боевую задачу — захватить штаб корпуса, и эта задача была выполнена ими безупречно. После успеха первых учений парашютное подразделение было создано в марте 1931 года в Красногвардейске. Оно стало основой 3-й авиационной десантной бригады особого назначения. В 1933 году насчитывалось уже 29 авиадесантных батальонов особого назначения общей численностью около 8000 человек.
В то время обозначение «особого назначения» отражало отсутствие доктрины скоординированного использования воздушно-десантных войск. Необходимость перенесения боевых действий вглубь территории противника была отмечена еще Михаилом Васильевичем Фрунзе в 1920-х годах. В последующее десятилетие ее подхватил М.Н. Тухачевский, который с 1931 года был заместителем председателя Революционного военного совета и начальником вооружений Красной армии. Воздушные десанты во время маневров Киевского военного округа в 1935 году, когда целая бригада была десантирована на парашютах перед восхищенными глазами иностранных наблюдателей, служили почти полностью лишь пропагандистским целям. В реальности же воздушные транспортные средства совершенно не удовлетворяли потребностям воздушно-десантных войск для таких больших операций, а сухопутные войска были не в состоянии осуществить маневр в глубину обороны противника, чтобы поддержать воздушный десант. Кроме того, транспортные самолеты того времени (преимущественно переоборудованные бомбардировщики ТБ-1 и ТБ-3) не могли сбрасывать оснащение, необходимое для проведения массированных десантных операций. Использование парашютистов не могло выйти за рамки ограниченных действий в духе «коммандос».
Это фактическое положение дел подтвердилось в ходе Второй мировой войны, когда советские воздушно-десантные войска — организационно подчиненные командованию сухопутных войск — использовались, главным образом, как пехота (возможности советской транспортной авиации также сильно пострадали от атак немецких Люфтваффе). Потребность в способах транспортировки потребовала подчинения Главного управления гражданского воздушного флота (ГУГВФ) Народному комиссариату обороны на следующий день после немецкого нападения. Так, на протяжении всей войны, «Аэрофлот» перевез приблизительно 67 000 человек и сбросил на парашютах еще 45 000 в тылу противника.
Во время войны успех применения советских воздушно-десантных войск был очень неравномерным. Плохо оснащенные и недостаточно вооруженные, они никогда не добивались решающих успехов в крупномасштабных операциях, противостоя немецким танковым частям. Большая часть этих операций окончилась рассеиванием оставшихся в живых солдат и их переходом к партизанской войне. Больше пользы принесли операции небольшого размаха, обычно с поддержкой действий партизан.
Воздушно-десантные войска впервые провели диверсионные операции во время советско-финской войны в ноябре-декабре 1939 года. Тогда речь шла о честолюбивом проекте создания в финском тылу повстанческих формирований с участием местного населения. Ввиду решимости финнов защищаться, эта операция обернулась провалом.
В СССР местные партизанские движения развивались стихийно с момента немецкого нападения 22 июня 1941 года, и уже 29 июня ЦК ВКП(б) СССР решил способствовать созданию партизанского движения. В своей речи, транслировавшейся 3 июля, Сталин призвал формировать партизанские отряды.