В ходе этих действий абверовцы потеряли почти половину своего личного состава. 15 октября 1939 года уцелевшие боевики, сведенные в одну роту, были переброшены в город Бранденбург, где из них сформировали секретный отряд под названием 800-го строительного полка особого назначения. В январе следующего года роту развернули в батальон, а из его личного состава выделили еще один батальон (так называемый «батальон Баулера»), который активно задействовался в агрессии против Голландии и Бельгии. В октябре 1940-го все имевшиеся части свели в отдельный полк «Brandenburg». Штаб Учебного полка особого назначения «Brandenburg 800» разместился в Берлине, а его батальоны квартировали в разных городах Германии, готовясь к действиям в сопредельных странах. Первый батальон, в составе которого числилась и парашютная рота, дислоцировался в Бранденбурге и комплектовался прибалтийскими немцами, а также «фольксдойче» из стран Восточной Европы: ясно, что он предназначался для действий против Советского Союза. Второй батальон, размещенный в Ба-дене (под Веной), состоял из венгерских, румынских и балканских немцев; в его задачу входили операции в Юго-Восточной Европе. В состав третьего батальона, казармы которого находились в Дюрене (Верхний Рейн), входили немцы из западноевропейских, южноафриканских и южноамериканских стран. Полем деятельности этого подразделения была Западная Европа. Численность каждого батальона достигала 1000 человек.
Все эти батальоны предназначались для ведения диверсионной войны в тылу противника перед вторжением на его территорию регулярных войск вермахта. К таким действиям относились преимущественно рейды, направленные на захват важных в военном отношении объектов: мостов, туннелей, узлов коммуникаций и т.д. В ходе обучения диверсанты учились разряжать заложенные противником взрывные заряды и удерживать захваченные объекты до подхода авангардов своих войск; «бранденбуржцы» выполняли и разведывательные задачи. От личного состава полка требовались высокие физические и психологические кондиции в экстремальных условиях. Кандидаты на службу в эту часть отбирались из числа солдат и офицеров, проявлявших склонность к риску и авантюрам при условии знания иностранных языков. Поисковая работа проводилась также среди специалистов в различных областях: снайперов, водолазов, саперов, парашютистов, связистов и прочих. Многие уже успели принять участие в боевых действиях. В процессе тренировок особое внимание уделялось скрытному передвижению, навыкам «бесшумного умерщвления», стрельбе из различных типов оружия, марш-броскам, ориентации на местности, выживанию и маскировке. Отношения, складывавшиеся в батальонах между командирами и подчиненными, были весьма далеки от привычной воинской дисциплины: солдаты и офицеры «Брандебурга» напоминали скорее коллег по работе. При выполнении боевых заданий диверсанты пускались на все возможные ухищрения — наиболее часто они действовали в гражданской одежде или в обмундировании вражеской армии, что формально противоречило нормам международного права. Разрешалось использование всех возможных средств обмана противника: так, бойцы «Бранденбурга», переодетые в чужие мундиры, часто маскировались под санитарный обоз с ранеными либо транспортную колонну. Диверсанты переодевались в одежду железнодорожников, шахтеров, притворялись почтальонами, сторожами и даже беженцами. Во время рейдов немцы полностью пренебрегали правилами и обычаями ведения войны, не останавливаясь перед явными военными преступлениями.
Подразделения «Бранденбурга» сыграли заметную роль уже в ходе кампании 1940 года — против Дании, Норвегии, Нидерландов и Бельгии. Диверсанты провели ряд диверсий, серьезно облегчивших молниеносное продвижение сухопутным войскам. Во время операции против Дании 9 апреля 1940 года, переодетые в штатское «бранденбуржцы» захватили порт, железнодорожный мост и городок Миддльфарт — ключевой пункт на главной магистрали, связующей Ютландский полуостров с островами Фюнен и Зееланд. В мае 1940 года разведчики из 100-го батальона специального назначения «Бранденбург» в гражданской одежде подробно исследовали структуру бельгийской обороны в Арденнах и на люксембургской границе непосредственно перед началом вторжения в эту страну. Боевым действиям против Голландии также предшествовали акции по захвату всех мостов между Маастрихтом и Арнемом, осуществленные диверсантами 100-го батальона, переодетыми в штатское либо форму голландских солдат и полицеских.
Дж. Фуллер в своем труде «Вторая мировая война 1939 — 1945 годов» приводит сообщение очевидца захвата моста в Маастрихте: «Овладение Маастрихтским мостом выглядело как сказка, поражающая смелостью акции. К часовому, несущему службу на восточном конце моста, подошел мужчина в штатском и по-дружески попросил его разрешить перейти па другой конец, чтобы переброситься парой слов с приятелем на западном берегу. Получив разрешение, этот человек перешел через мост и, побеседовав несколько минут, вернулся к охраннику в компании своего приятеля. Последний застрелил часового и бросился к другому берегу реки, где перерезал провода зарядов, приготовленных для подрыва моста. В это момент первый мужчина завладел винтовкой убитого часового, не допустив чьего-либо вмешательства. Согласованность в сроках проведения операции была просто гениальной: в течение нескольких минут туча парашютистов опустилась на крыши голландских и бельгийских укреплений, которые находились к востоку от моста, расположенного на территории Нидерландов».
Подобным же образом оказались захвачены и три других моста. Мостом в городке Геннеп овладели солдаты взвода обер-лейтенанта Вальтера (Walter) из 3-й роты 100-го батальона особого назначения, переодетые в мундиры голландских пограничников и якобы конвоировавшие колонну пленных немцев. Подойдя к восточному концу моста, диверсанты бесшумно сняли голландскую охрану. Один из «бранденбуржцев», бегло говоривший по-фламандски, позвонил на пост на восточном конце и передал, что через минуту мост перейдет группа немецких военнопленных под конвоем. После этого охрана на западном конце была так же быстро ликвидирована и мост оказался в руках немцев. Минутой позже на него ворвались танки 9-й танковой дивизии, спешашие на помощь парашютистам 7-й авиадивизии, захватившим еще несколько переправ на Маасе и Нижнем Рейне. Остальная часть рот «Бранденбурга», взаимодействуя с силами местной «пятой колонны» (голландские этнические немцы), захватила мост через Маас в городе Рурмонд, а затем и сам город — важный транспортный узел на бельгийско-нидерландской границе. В ходе боев в Бельгии 10 мая 1940 года диверсанты поддержали действия парашютистов при захвате форта Эбен-Эмаэль и мостов через Шельду. Прочие группы, переодетые в бельгийские и французские мундиры, провели несколько актов саботажа во Фландрии и в районе Абвиль — Реймс — Париж — Дувр. Солдаты 4-й роты 2-го батальона «Бранденбург» уничтожили телефонную станцию и захватили мосты через канал Юлианы в Берге, Ормонде, Обихте и Штайне, а также в районе города Ситтар (Бельгия).
2 февраля 1941 года 1-я рота 1-го батальона «Бранденбурга» была размещена в Ольштыне, накапливая запасы советского оружия и обмундирования. Вскоре немцы развернули интенсивное спецобучение своих людей проведению разведывательных и диверсионных акций на территории СССР, которое завершили к 15 июня. В марте 1941-го 2-й батальон передислоцировали из-под Вены в Плоешти (Румыния). В ночь с 5 на 6 апреля, предшествовавшей началу германской агрессии против Югославии и Греции, солдаты этого батальона захватили стратегически важный югославский перевал Железные Ворота на Дунае. На следующий день рота диверсантов 2-го батальона захватила мост через Вардар на территории Греции, что обеспечило быстрый захват Салоник немецкими танкистами. 21-27 апреля подразделения 2-го батальона в ходе неожиданного рейда в тылу Британского экспедиционного корпуса захватили остров Эвия в заливе Волос, вынудив таким образом англичан к отступлению через Фермопильский перевал. 26 апреля немецкие парашютисты захватили Коринфский перешеек, а также город Коринф с находящимся в нем аэродромом. 2-й батальон «Бранденбурга», поддержав десантников, захватил несколько окрестных селений и стал первой немецкой частью, вошедшей в Афины. В ночь с 21 на 22 июня 1941 года на советскую территорию проникла диверсионная группа «бранденбуржцев» под командованием лейтенанта Катт-вица (Kattwitz). Переодетые в форму Красной Армии диверсанты углубились на 20 километров вглубь от границы с целью захвата стратегически важного моста через реку Бобр и его удержания до подхода авангардов вермахта. В полосе действий 123-й пехотной дивизии еще одна диверсионная группа ли-кивидировала несколько не ожидавших нападения пограничных постов. С полуночи до рассвета на советскую сторону пробралось еще несколько переодетых в форму РККА групп, которые провели несколько нападений на командиров и политработников Красной Армии в районе Августова, Сувалок, Гродно, Голынки и Рудавки. Главной целью этих действий был захват десяти крупных мостов в полосе действий группы армий «Центр» и их последующее удержание. В тех пунктах, где русские не дали застать себя врасплох, «бранденбуржцы» не сумели избежать крупных потерь, хотя в целом их операции закончились успешно — это существенно помогло вермахту набрать высокий темп продвижения с первых же дней войны.