22 июня 1941 года 1-й батальон «Бранденбурга» совместно с украинским диверсионным батальоном «Nachtigall» ударил на Перемышль, а также захватил плацдарм на восточном берегу реки Сан. 25 июня еще одна группа диверсантов попыталась захватить мост в районе Лиды и Молодечно, однако в ходе двухдневных боев была полностью уничтожена. Тремя днями позднее переодетые в советскую форму солдаты 8-й роты полка захватили мост через Двину под Динабургом (Двинском), удержав его до подхода танковых частей группы армий «Север» и предотвратив таким образом уничтожение моста отступающими частями РККА. Во время ожесточенного боя за мост погиб командир роты обер-лейтенант Клак (Knaack).,29 — 30 июня 1-й батальон «Бранденбурга» и батальон «Нахтигаль» захватили Львов. В тот же день приказом ОКВ 800-й учебный полк был усилен 13-й и 17-й ротами спецназначения.
Летом 1941 года во время операции «Xenophon» переодетые в советские мундиры диверсанты из 1-го батальона полка под командованием капитана Катвица обнаружили и уничтожили батарею зенитных прожекторов на мысе Пеклый, обеспечив таким образом возможность наступающим германо-румынским войскам переправы с Керченского на Таманский полуостров. В конце июля 1941 года бойцы 1-го батальона во взаимодействии с диверсионной абвергруппой под командованием капитана 3-го ранга Целлариуса (Cellarius) с помощью десантных планеров DFS 230 были переброшены на эстонский остров Эзель, где провели ряд операций по уничтожению советских заграждений и укреплений.
В августе 1941 года подразделения 1-го батальона осуществили семь диверсионных актов на стратегически важных железных дорогах СССР. В октябре 9-я рота 3-го батальона, вновь переодетая в советские мундиры, десантировалась в тыл РККА под Москвой. Целью операции был захват укреплений на одной из крупных дорог, ведущих в советскую столицу. Операция закончилась провалом, а участвовавшие в ней парашютисты «Бранденбурга» понесли тяжелейшие потери.
В конце 1941 года, когда стало ясно, что блицкриг против СССР провалился, абвер принял решение значительно расширить масштабы спецакций диверсионных и разведывательных групп в тылу Красной Армии, особенно в районах Кавказа, волжских степей и Средней Азии. В январе 1942 года укомплектованная прибалтийскими националистами рота 1-го батальона под командованием лейтенанта барона фон Фелькерзама (von Foelkersam), переодетая в форму РККА, провела несколько удачных диверсий в тылу советских войск. В числе прочих операций можно отметить ликвидацию штаба одной из дивизий Красной Армии и захват моста под Пятигорском, который удерживался диверсантами до подхода немецких танков. На территории Финляндии, под Рованиеми, в специально для этой цели построенном учебном лагере, солдаты вновь созданной 15-й отдельной роты «Бранденбурга» начали подготовку к диверсионным операциям на территории севера СССР. Их целью стала жизненно важная для русских железная дорога Мурманск — Ленинград, обеспечивавшая поставку в центральные районы страны ленд-лизовских грузов. Подготовкой операции «Eisenbahn Murmansk» непосредственно занимался зондерфюрер (военный чиновник) Шварце (Schwarze) из абвера. При ее осуществлении планировалось опереться на богатый опыт финнов в ведении «малой войны» в условиях севера.
Выделенные для операции группы должны были десантироваться на парашютах летом 1942 года в непосредственной близости от полотна дороги. После завершения операции планировался выход диверсантов в заранее обусловленные районы, пригодные для посадки самолетов, и возвращение на них на базу. Из намеченной серии диверсий только одна завершилась успешно: в ночь с 28 на 29 августа две группы в советской форме вышли к железной дороге и заложили в двух местах мины с вибрационными взрывателями, а также заряды замедленного действия. Действия других групп оказались неудачными — они были обнаружены и уничтожены. В апреле того же года отряд переодетых в форму Красной Армии бойцов 1-го батальона попытался атаковать и уничтожить базы и склады под Алакветти и Лизой в районе Мурманска, однако части охранения отбили нападение, нанеся диверсантам серьезные потери.
В конце 1941 года части «Бранденбурга» расквартировали в следующих гарнизонах: 1-й батальон — в Хавеле (Бранденбург), 2-й — в Баден-Унтервальерсдорфе под Веной и 3-й — в Дюрене. Весной следующего года подразделения полка стали задействоваться в борьбе с нарастающим движением Сопротивления на территории СССР и других европейских стран. Так, 9-я рота 3-го батальона была направлена против советских партизан в район Смоленска, Дорогобужа и Вязьмы.
В конце июня 1942 года рота охраны побережья из состава 3-го батальона провела удачный рейд, уничтожив скопление советских колонн снабжения в районе Керчи. Ночью с 24 на 25 июля, в ходе ожесточенных боев на Дону, группа 1-го батальона под командованием капитана Граберта (Grabert) неожиданно для русских захватила и уничтожила 6-километровую мостовую эстакаду в дельте реки, между Ростовом и Батайском. В том же месяце 30 диверсантов 2-го батальона в советских мундирах по воздуху перебросили на Северный Кавказ, где они взорвали важный мост в районе Минеральных Вод. Примерно в это же время группа из состава «кавказской» роты «Бранденбурга» была заброшена в тылы РККА с задачей поднять восстание среди северокавказских горцев. Операция провалилась, а сама группа в течение трех месяцев была полностью ликвидирована.
В августе 1942 года для проведения диверсии в районе грозненского нефтяного месторождения с парашютами сброшена группа в составе 25 человек под командованием лейтенанта Ланге (Lange), однако весь ее личный состав был расстрелян еще в воздухе. Примерно в это же время 8-я рота 2-го батальона под командованием лейтенанта Прохазки (Prohaska) захватила деревянный мост через реку Белая под Майкопом, посеяв панику в расположенных вокруг советских частях и не дав им возможности маневрировать. Во время этой операции Прохазка погиб. Еще одна группа 6-й роты 2-го батальона под командованием лейтенанта Лау (Lau), действуя в трофейной форме, попыталась захватить мосты на рокадной дороге Майкоп — Туапсе. Однако и в этот раз все члены группы погибли в бою с частями Красной Армии.
В декабре 1942 года 800-й строительный учебный полк особого назначения «Brandenburg» преобразовали в 800-ю дивизию особого назначения (официальный приказ главнокомандующего сухопутными войсками на этот счет подписан 21 сентября 1943 года). Новое соединение подчинили непосредственно управлению «Абвер-Заграница» ОКБ. В составе дивизии числилось пять егерских полков: 5-й полк особого назначения «Kurfuerst» был учебной войсковой частью абвера, готовившей личный состав для других подразделений и агентуру. Командование дивизией принял генерал-майор фон Пфульштейн (Pfuhlstein). Весной 1943 года дивизию на штатах моторизованной временно направили на Восточный фронт, а летом организационно подчинили ее оперативному штабу ОКБ.
15 февраля 1943 года 1-й батальон 1-го егерского полка приступил к антипартизанским операциям в Литве и Эстонии. В феврале — марте 3-й батальон 3-го полка принял участие в боях в районе Карчева во время начальной фазы Курской битвы.
Весной 1943 года 15-я отдельная рота дивизии под командованием обер-лейтенанта Хеттингера (Hettinger) и лейтенанта Тромсдорфа (Tromsdorf) сумела-таки осуществить ряд диверсионных актов на Мурманской «железке» между Кандалакшей и Полярным Кругом.