В декабре 2005 г. Сергей Бабурин и Шестаков провели заседание высшего совета блока «Родина», на котором было принято решение исключить из состава совета всех членов партии Дмитрия Рогозина и его самого и обратиться в Минюст с требованием аннулировать регистрацию других организаций с названием «Родина». Это название, по мнению Бабурина и Шестакова, должно было принадлежать их партиям.
В 2006 году Бабурин и Шестаков подписали документ о намерениях объединить партии НВ и СЕПР в единую партию «Народнопатриотический союз», но эта идея не была реализована.
В декабре 2006 г. Шестаков высказал свое несогласие с произошедшими кадровыми перестановками во фракции Народно-Патриотический союз «Родина», а именно с избранием ее руководителем Геннадия Семигина, лидера «Патриотов России». В письме в адрес Сергея Бабурина
Шестаков, отсутствовавший на заседании фракции, заявил, что возражает против избрания Семигина руководителем фракции, против увеличения числа сопредседателей фракции и против ее переименования.
В апреле 2007 г. лидер партии «Справедливая Россия» Сергей Миронов и Шестаков подписали соглашение о политическом союзе «Справедливой России» и СЕПР. В мае 2007 г. СЕПР приняла решение о самоликвидации и вхождении ее членов в состав партии «Справедливая Россия».
В 2007 г. был избран депутатом Государственной думы пятого созыва по федеральному списку кандидатов Политической партии «Справедливая Россия: Родина/Пенсионеры/Жизнь» (№ 2 в региональной группе по Санкт-Петербургу). Был заместителем руководителя фракции «Справедливая Россия». Был членом комитета по физической культуре и спорту.
В 2008 г. возглавил консультативный совет агрохолдинга «Агроинвест».
5 ноября 2009 г. избран президентом Международной Федерации самбо (FIAS).
В июле 2011 г. в Санкт-Петербурге участвовал в праймериз «Единой России» от Общероссийского народного фронта, занял 20-е место.
В августе 2011 г. Шестаков сообщил о своем вступлении в ОНФ. 10 августа 2011 г. партия «Справедливая Россия» исключила из своих рядов депутатов Государственной думы, вступивших в «ОНФ», в том числе и Шестакова.
В 2011 г. был избран депутатом Государственной думы шестого созыва по избирательному списку партии «Единая Россия» (№ 7 в региональной группе по Санкт-Петербургу). Член фракции «Единая Россия». Член комитета по физической культуре, спорту и делам молодежи.
В 2015 г. учредил Фонд содействия развитию науки и спорта «Ток-совская перспектива» (соучредители: Патрушев Алексей Викторович, племянник Николая Патрушева, и Шульга Сергей Николаевич).
Вице-президент спортивного клуба «Дзюдо-Явара-Нева» (Санкт-Петербурга; президент — Аркадий Ротенберг; почетный президент — Путин, соучредители — Геннадий Тимченко и Андрей Катков).
Мастер спорта (дзюдо, 1974; самбо, 1970); неоднократный чемпион и призер чемпионатов России по дзюдо и самбо;
Кандидат педагогических наук (1999). Тема диссертации — «Принцип индивидуализации в системе физической подготовки дзюдоистов высшей квалификации». Опубликовал 5 научных работ.
Соавтор книги «Учимся дзюдо с Владимиром Путиным» (другие авторы — Алексей Левицкий и Владимир Путин: Олма-Пресс. 2002 г. 160 с. ISBN: 5-224-03325-Х)
Заслуженный работник физической культуры РФ (2002). Заслуженный тренер РСФСР (1989). Подготовил ряд известных спортсменов, в том числе заслуженного мастера спорта Тагира Абдуллаева.
Награжден медалью ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени, якутским орденом «Полярная Звезда».
Женат; сын и дочь. Жена Татьяна участвовала вместе с бывшей женой Путина Людмилой в создании фонда «Центр развития русского языка» (учредители — Кирилл Ковальчук, племянник Юрия Ковальчука, Владимир Аникеев, Татьяна Шестакова и Любовь Яковлева). Сын Илья родился в 1978 г., заместитель министра сельского хозяйства РФ — руководитель Федерального агентства по рыболовству. Дочь — Юлия Горшенина, родилась в 1973 г.
Согласно декларациям доходов и имущества заработал:
— в 2006 году 1.520.742 руб. (около 127 тыс. руб. в месяц — НП «СКД Явара-Нева», депутатская зарплата, доходы от вкладов);
— в 2010 году 4.162.703 руб. 53 коп. (около 347 тыс. руб. в месяц — депутатская зарплата, продажа имущества, доходы от вкладов);
— в 2011 году 1.963.320 руб. 68 коп. (около 164 тыс. руб. в месяц);
— в 2012 году 2.000.877 руб. 89 коп. (около 167 тыс. руб. в месяц);
— в 2013 году 2.670.861,49 руб. (около 222.5 тыс. руб. в месяц);
— в 2014 году 7.118.497,78 руб. (около 593 тыс. руб. в месяц);