В феврале 1997 г. был одним из идеологов» жилищно-коммунальной реформы в Санкт-Петербурге.
В июле 1997 г. был назначен первым заместителем председателя КУГИ Санкт-Петербурга. 2 сентября 1997 г. был назначен вице-губернатором — председателем КУГИ Санкт-Петербурга вместо убитого Михаила Маневича.
С сентября 1997 г. по май 1999 г. — член совета директоров государственного ОАО «Ленэнерго».
В январе 1998 г. был введен в состав коллегии Министерства государственного имущества РФ.
С апреля 1998 года — член совета директоров (представитель государства) ОАО «Морской порт Санкт-Петербург», контролировавшегося авторитетным бизнесменом Ильей Трабером.
12 августа 1998 г. был назначен первым заместителем министра государственного имущества РФ.
21 января 1999 г. был введен в состав коллегии представителей РФ в ОАО «Связьинвест».
26 июня 1999 г. был избран в совет директоров ОАО «Аэрофлот — Российские международные авиалинии».
С 1999 г. — председатель совета директоров ОАО «Международный аэропорт «Шереметьево».
С сентября 1999 по февраль 2001 г. — член коллегии представителей государства в ОАО АК «Транснефть».
В ноябре 1999 г. основал фонд «Центр стратегических разработок» (ЦСР) и стал председателем его попечительского совета. ЦСР занимался разработкой программы реформ первого срока президентства Владимира Путина.
В январе-марте 2000 гг. входил в состав избирательного штаба Путина на выборах президента РФ, был одним из его уполномоченных представителей по финансовым вопросам.
18 мая 2000 г. был назначен министром экономического развития и торговли РФ.
13 июня 2000 г. был включен в состав комиссии правительства РФ по военно-промышленным вопросам.
3 июля 2000 г. был назначен управляющим от РФ в Европейском банке реконструкции и развития (ЕБРР).
С июня 2000 г. — член совета директоров РАО «ЕЭС России».
С июля 2000 г. — член совета директоров ОАО «Роснефть» и до 2003 г. — председатель совета директоров ОАО «Роснефть».
18 августа 2000 г. был введен в состав совета директоров ОАО «Совкомфлот».
С августа 2000 г. — член комиссии при президенте по вопросам военно-технического сотрудничества Российской Федерации с иностранными государствами.
В сентябре 2000 г. утвержден заместителем председателя постоянного комитета Консультативного совета по иностранным инвестициям в России.
В августе 2001 г. был включен в состав правительственной комиссии по структурной реформе железнодорожного транспорта.
С января 2002 г. — заместитель председателя комиссии правительства РФ по реформе электроэнергетики.
С июля 2003 г. — заместитель председателя комиссии правительства РФ по административной реформе.
С мая 2004 г. — заместитель председателя правительственной комиссии по повышению результативности бюджетных расходов.
С июня 2004 г. — член Морской коллегии при правительстве РФ.
Был в плохих отношениях с премьер-министром Касьяновым, их конфликты — например, из-за пенсионной реформы или из-за предложения Грефа увеличить налогообложение сырьевых компаний — часто выливались в публичное пространство.
С сентября 2004 г. — член комиссии по вопросам координации деятельности федеральных органов исполнительной власти в Южном федеральном округе, созданной после террористического акта в Беслане.
В 2004 г. Греф выступил против слияния корпорацией «Газпром» и «Роснефть». Эту идею поддерживали тогдашние руководитель администрации президента Дмитрий Медведев и помощник президента Игорь Шувалов. Против неё выступал заместитель руководителя администрации президента Игорь Сечин.
В июне 2005 г. Греф в ответ на критику со стороны председателя правительства Михаила Фрадкова публично заявил о невозможности решения поставленной Фрадковым — вслед за Путиным — задачи по удвоению внутреннего валового продукта (ВВП) за 10 лет. [215]
С октября 2005 г. — член Совета при президенте РФ по реализации приоритетных национальных проектов.
С ноября 2005 г. — председатель правительственной комиссии по инвестиционным проектам, имеющим общегосударственное значение.
В 2007 г. выступал противником создания некоторых государственных корпораций, в частности, корпорации «Ростехнологии»[216].
24 сентября 2007 г. министром экономического развития в новом правительстве Виктора Зубкова стала Эльвира Набиуллина.
28 ноября 2007 г. акционеры Сбербанка утвердили Грефа президентом и председателем правления банка.
В период экономического кризиса 2008–2009 годов Сбербанк получал серьезную финансовую поддержку от государства. Осенью 2008 г. банк получил субординированный кредит Центрального банка России на 500 млрд, рублей. Кроме того, Минфин России размещал на депозитах в Сбербанке свободные казначейские средства.