В 1991 г. мэр Санкт-Петербурга Анатолий Собчак поручил Владимиру Путину «подготовить документы по созданию на базе коммерческого банка "Россия" фонда стабилизации экономики Ленинградского района с привлечением иностранных инвесторов»[4].
В начале 1990-х гг. Ковальчук познакомился с Геннадием Тимченко и его партнерами по фирме «Кинэкс». В 1997 г. структуры, подконтрольные Тимченко и его партнерам, купили 20,6 процентов акций банка «Россия».
В 1995 г. входил в состав Петербургской межведомственной комиссии по предприятиям с иностранными инвестициями, которой руководил Владимир Путин.
С 1996 г. — почетный консул Королевства Таиланд в Санкт-Петербурге.
В ноябре 1996 г. стал одним из восьми соучредителей дачного потребительского кооператива «Озеро» на берегу Комсомольского озера в Приозерском районе Ленинградской области (другие соучредители кооператива: Владимир Путин, Виктор Мячин, Владимир Смирнов, Владимир Якунин, Сергей Фурсенко, Андрей Фурсенко, Николай Шамалов).
С ноября 1997 г. — консультант кредитного отдела акционерного банка «Россия». В 2000 г. — зампред совета директоров АКБ «Россия» (председатель совета директоров — Андрей Катков).
С декабря 2000 г. — председатель учредительного совета Центра стратегических разработок «Северо-Запад», затем — председатель правления.
С ноября 2002 г. — председатель правления Некоммерческого партнерства «Российская лига почетных консульских должностных лиц».
В 2003 г. в списке акционеров ОАО «Акционерный Банк «Россия» изменились доли участия в капитале следующих акционеров: Ковальчук Юрий Валентинович — 41,199 %; Мячин Виктор Евгеньевич — 25,392 %. В декабре 2003 г. банк «Россия» сообщил, что разместит допэмиссию акций на 30 млн. рублей по номиналу в пользу «Северсталь-групп» Алексея Мордашова по цене в 20 раз выше номинала. Таким образом, холдинг должен был заплатить 600 млн. рублей за 9 % акций банка с собственным капиталом 616 млн. рублей. Газета «Ведомости» расценила сумму, заплаченную Северсталью за долю менее 10 % в некрупном и малоизвестном банке, как необычно большую[5].
5 февраля 2004 г. во время избирательной кампании по выборам президента РФ кандидат в президенты бывший председатель Государственной думы, бывший секретарь Совета безопасности РФ Иван Рыбкин. 10 февраля 2004 г. Рыбкин опубликовал на правах рекламы в «Независимой газете» статью «Путин не имеет права на власть в России». В статье Рыбкин утверждал: «Я — да и не только я — обладаю множеством конкретных свидетельств участия Путина в бизнесе. Известный Абрамович, стоящие в тени Тимченко, братья Ковальчуки и другие отвечают за бизнес Путина. Акции НТВ, Первого канала, "Сургутнефтегаза" и многих других акционерных обществ принадлежат компаниям и лицам, над которыми может осуществлять контроль лично Путин. Я утверждаю: сейчас именно В.В.Путин — самый крупный олигарх в России»[6].
В январе 2005 г. стало известно, что банк «Россия» получил контроль над страховой компанией «СОГАЗ». В мае 2005 г. банк «Россия» объявил, что увеличил объем принадлежащего ему пакета акций ОАО «Санкт-Петербургские ведомости» с 20 % до 35 %. В итоге контрольный пакет акций газеты теперь принадлежит структурам, близким председателю совета директоров и главному владельцу банка «Россия» Ю. Ковальчуку.
В 2006 г. компания «Согаз» купила у ОАО «Газпром» 75 процентов плюс 1 акцию управляющей компании «Лидер», которая управляла крупнейшим негосударственным пенсионным фондом «Газфонд».
В декабре 2006 г. владельцем контрольного пакета телекомпании «Рен ТВ» стало ООО «ПК Аброс» — «дочка» банка «Россия». До этой сделки по 35 % акций «Рен ТВ» владели компании «Северсталь» и «Сургутнефтегаз», а 30 % акций находились у немецкой медиакомпании RTL Group. Примерно тогда же ООО «ПК Аброс» вошло в состав акционеров ТРК «Петербург» и стало владеть ее самым крупным пакетом — более 38 % акций. 18 декабря 2006 г. акционерами ООО «Медиа-Холдинг Рен ТВ» (в эту структуру входят одноименные телеканал и телекомпания) был утвержден новый состав совета директоров, председателем которого в тот же день была избрана Любовь Совершаева, которая представляет интересы нового акционера этой компании — ООО «ПК Аброс».
Акционеры банка «Россия» в 2007 г,
Структуры «Межрегионгаза»: 11,529 % в уставном капитале банка принадлежит ОАО «Газпромрегионгаз», 2,129 % — ООО «Петербургре-гионгаз», еще 0,014 % — у самого «Межрегионгаза»;