Первой задачей экспедиции было проведение тщательного обследования участка дна с помощью гидроакустических станций. За это взялся капитан П.Вимс, всемирно известный навигатор. Устанавливая акустическую аппаратуру под соответствующими углами, он фиксировал любое резкое изменение глубины, и результаты промеров тотчас наносились на карту. Так удалось оконтурить ряд фундаментов сооружений. Из них — для начала — выбрали Королевские товарные склады. Они представляли собой комплекс ангаров, где, согласно описям, «под охраной короны» находились ценные товары. Размеры ангаров гарантировали удачу, даже если карта Вимса оказалась бы недостаточно точной. Мощный грунтосос начал медленно вгрызаться в морское дно... Водолазы работали у открытого конца трубы-насадки грунтососа, спасая все появлявшиеся из грунта предметы.
В течение нескольких дней на дне моря на небольшом расстоянии друг от друга были пробиты несколько отверстий. Ни в одном из них не оказалось ни одного предмета, относящего ко времени землетрясения. Не была найдена и стена здания. Подъемник доставлял только грязь, ил и гравий со случайными осколками фарфора и стекла. Что могло случиться с королевскими товарными складами? Ответ оказался прост — археологи начали поиски как раз в пространстве между домами.
После долгих обсуждений и тщательного изучения карты судно «Си Дайвер» было передвинуто на место вблизи восточной стены Форт-Джеймса. И находки посыпались как из рога изобилия. Первым был поднят медный черпак с длинной ручкой. За ним последовали несколько сломанных оловянных ложек, основательно изъеденное коррозией оловянное блюдо и множество зеленовато-черных бутылок XVII века из-под рома, известных благодаря своей форме как «луковичные». Показались и остатки стены. Не было сомнений, что исследователи наткнулись наконец на следы землетрясения. Работа закипела — несмотря на нулевую видимость и множество опасностей, подстерегавших водолазов в мутной воде. На грязном дне таились морские ежи, ядовитые скаты, мурены и скорпены. Часто у поверхности моря мелькали акулы и барракуды. Невидимые в поднятой грунтососом жиже, они были особенно опасны для ныряльщиков.
В конце лета, когда завершились работы, выяснилось, что, как ни удивительно, ни один водолаз не получил никаких серьезных повреждений, лишь порезы, да еще проблемы с ушными перепонками из-за слишком быстрого всплытия с глубины. Находки же исчислялись сотнями. Среди них: кухонное оборудование — котлы с остатками пищи, деревянные подносы для хлеба, оловянные тарелки и ложки, сковородки, медные подсвечники, курительные трубки и бутылки — сотни бутылок. Потрясенный их количеством, Бернард Льюис, директор Института Ямайки, заявил журналистам: «Я уверен, что здесь бутылок XVII века больше, чем в любом другом месте мира. Создается впечатление, что старый Порт-Ройал больше всего времени тратил на пьянство и курение». Дотошный капитан Вимс определил и владельца таверны. На древней карте в этом месте значилось хозяйство, принадлежавшее Джеймсу Литтлетону. Найденные кусочки штукатурки, черепицы и обломки стен позволили определить конструкцию и внешний облик здания.
Однако самой уникальной находкой оказались прекрасно сохранившиеся латунные часы со следами покрытия из кожи. Клеймо мастера-часовщика помогло установить дату их изготовления. Они были сработаны в 1686 году Полем Блонделем, гугенотом-эмигрантом из Чалонса. Время — 17 минут до полудня, установленное благодаря рентгеновским снимкам следов от стрелок, указывало точное время катастрофы.
Приближался сезон ураганов, и «Си Дайвер» должен был перемещаться на более безопасную стоянку у берегов Флориды. Участники экспедиции с сожалением прощались с тайнами пиратского Вавилона. За десять недель работы над затонувшим городом было сделано очень многое. Самое главное, была составлена наиболее точная из существующих карт Порт-Ройала — карта города до землетрясения. «Тем не менее, мы сознавали, — подвел итог Эдвин Линк, — что обследовали только то, что лежало неглубоко. Понадобится много лет напряженного труда, чтобы провести тщательное обследование. Нам посчастливилось найти и определить отдельные точки, в которых мы и сосредоточили поиски. Но это только начало. Когда-нибудь люди вернутся сюда и будут вознаграждены таким множеством находок, что наши успехи покажутся незначительными».
Линк не ошибся. Спустя шесть лет на «улицы» затонувшего города спустились подводные археологи экспедиции Роберта Маркса, организованной Институтом Ямайки и Комиссией национального фонда. Первым этапом работы экспедиции было уточнение карты Порт-Ройяла. Так же как и для Линка, это оказалось огромной проблемой. Темная вода над затонувшим городом не позволяла использовать аэрофотосъемку и другие средства визуальной разведки. Для поиска металла был применен специальный детектор, а для обнаружения стен зданий — старый, но верный металлический щуп длиной два с половиной метра. Другой проблемой были колоссальные масштабы работ. Так, чтобы составить карту всего лишь одного городского района площадью примерно семьдесят на сто метров, где находились тюрьмы, рыбный и мясной рынки, лавки ремесленников и частные дома, потребовалось несколько месяцев. Но никакие трудности не могли остановить ученых.