Первой большой находкой экспедиции стала обвалившаяся стена, вокруг которой были разбросаны кухонная утварь и оловянная посуда, бутылки из-под рома и свыше пятисот курительных трубок. Это становилось традицией — в начале работ находить таверну. На этот раз она принадлежала некоему Ричарду Коллинзу. Догадку подтвердили инициалы «Р.К.», нанесенные на двух оловянных тарелках и ложках. Очень важным событием было открытие двух не обвалившихся домов. Потребовался целый день для того, чтобы откопать верхние полтора метра здания длиной 10 метров и шириной 5, при толщине стен 60 сантиметров. Эти раскопки чуть не обернулись трагедией. Когда Роберт Маркс зарисовывал сооружение, одна из стен рухнула, придавив его. К счастью, она прижала его лицо к клапану продувки легочного автомата, и водолаз продолжал получать воздух и тогда, когда был без сознания. Сбросить накрывшие его остатки стены Роберту не удалось. Выход был только один — прокопать руками путь вперед. Роберту показалось, что прошли годы, прежде чем кончики его пальцев нащупали край стены. Извиваясь, он продвигался по прорытому тоннелю, пока не освободил руки и голову. Неожиданно легочный автомат застрял между двумя кирпичами. Запас воздуха в акваланге иссякал. С каждой секундой дышать становилось все труднее. Оставался последний шанс — со всей силой Роберт рванулся вперед, легочный автомат оторвался, и обессиленный водолаз вырвался из объятий подводного города... Награда последовала спустя несколько дней. Это были прекрасно сохранившиеся серебряные карманные часы лондонской фирмы «Гиббс» и сундук со старинными испанскими серебряными монетами. Архивные документы рассказали, как сокровища, принадлежавшие испанской короне, оказались в Порт-Ройале. Они были подняты и доставлены в Порт-Ройал, рыбаками с трех испанских галеонов, потерпевших крушение недалеко от острова.
Известие о найденных ценностях, стоимость которых досужие языки преувеличили в несколько сот раз, облетело Ямайку. Потребовалось несколько недель, чтобы полиция успокоила взбудораженных обывателей и охотников за сокровищами. В последующие дни было обнаружено еще несколько тысяч испанских серебряных монет хорошей сохранности, золотые кольца и запонки, детали больших часов и прекрасная статуэтка из китайского фарфора, изображающая женщину с ребенком на коленях. На этот раз полиция понадобилась не только для того, чтобы удержать любопытных, мешающих работать, но и для защиты сотрудников экспедиции. Местная мафия угрожала им смертью, требуя поделиться находками. В дело включились и политики. Оппозиция обвинила партию, стоявшую у власти, в том, что она украла сокровища, а парламент вообще поставил вопрос о прекращении работ. К счастью для подводных археологов, все обошлось. Это и позволило Роберту Марксу сделать еще одно открытие. Он нашел останки корабля водоизмещением 250-300 тонн. Размеры орудия, найденного поблизости, свидетельствовали о том, что это был военный корабль. Части кирпичной стены, найденные под килем и на корабле, говорили о том, что он затонул во время землетрясения. Согласно сведениям, полученным из английского адмиралтейства, единственным военным кораблем, погибшим вместе с Порт-Ройалом, был фрегат «Сван». Он имел длину около 25 метров и водоизмещение 305 тонн. Эти данные полностью соответствовали параметрам обнаруженного экспедицией судна.
Раскопки под руководством Роберта Маркса продолжались до 1968 года, но и они приоткрыли лишь часть тайн затонувшего города. По мнению специалистов, сегодня Порт-Ройал является одним из самых значительных археологических объектов в мире и требует целенаправленных работ с использованием современных методов поиска и подводных раскопок. Это стало возможным с 1981 года благодаря совместной программе правительства Ямайки и Института подводной археологии при Техасском университете.