Новые веяния не обошли коптский Каир, повлиял на положение дел и приток туристов из России. В Египте существует своя школа научно-художественной реставрации, хотя в арабском языке нет специального термина, и реставрацию называют «ремонтом», но для «ремонта» особо ценных предметов приглашают иностранцев. Одним из авторитетов в области реставрации коптских икон считается уроженка Чехословакии Сюзанна Скалова, в 1968 году эмигрировавшая в Голландию. Сейчас Сюзанна осела в Каире и переключилась на преподавание, открыв свою частную школу. Иконы, которые она приводила в порядок еще в середине 80-х годов, можно увидеть в соседней с Эль-Муаллякой церковью Святой Варвары и в Коптском музее.
К коптским иконам относят работы, и выполненные местными художниками, и написанные приезжими мастерами. В храме Богородицы есть и так называемые «подписные» иконы (имеющие подпись автора) — знаменитых мастеров XVIII века Йохана Армана (Иван Армянин), Ибрагима эль-Насеха (Ибрагим Писец), и мастера XIX века Анастасия эль Руми (Римлянина), и более ранние, анонимные. В стиле настенных росписей реставраторы также различают как минимум три разные «руки». Фреска «Рождество», датируемая XII—XIII веком, вероятно, создана местным мастером в манере, которую ныне определили бы как «примитивистскую»: румяная круглолицая Богородица с «восточными» черными глазами-солнцами напоминает о народном искусстве. А композиция «24 старца Апокалипсиса» выдает гораздо более изощренную школу: судя по серебристой палитре и вытянутым пропорциям фигур, ее автор был из Византии. Третьему мастеру принадлежала роспись одной из апсид, обнаруженной при реставрации, на которой сохранились лишь фрагменты ликов, поэтому сказать что-то определенное об иконографии трудно. «Неопознанной» осталась и святая, изображение которой было раскрыто на одной из колонн храма.
До начала реставрационных работ часто было невозможно понять, не только к какой школе, но и к какой эпохе принадлежит тот или иной фрагмент росписи. Виновата в этом разрушительная работа времени и предшествующая варварская реставрация. И речь идет не о поновлениях вековой давности: серьезный ущерб был нанесен росписям Эль-Муалляки уже в наше время. Реставрировать храм решили в 1999 году, к празднованию 2000-летия бегства Святого семейства в Египет. Здание укрепили, откачали грунтовые воды. На восстановление внутреннего убранства церкви был объявлен тендер. Свои проекты представили итальянские, польские, французские и русские реставраторы. Проект наших соотечественников был признан лучшим. Чтобы исправить последствия предыдущих неудачных реставраций, пришлось разрабатывать особую методику, требующую точности и быстроты реакции. Наши реставраторы, среди которых С. Иванов, А. Крол, Т. Митина, А. Мельниченко, М. Скутт, Е. Толмачева, возглавляемые кандидатом искусствознания, лауреатом премии митрополита Макария А. Горматюком, проявили виртуозность хирургов, одной рукой (тампон с разбавителем) снимая старый клей, а другой (тампон с нейтрализующим составом) — сохраняя живопись. Еще реставратор должен быть просто усидчив и аккуратен. Посмотрев, как работают русские специалисты и их египетские подручные, настоятель храма, абуна («отец» — так копты называют священнослужителей) Маркус, настоял на том, чтобы церковь была полностью отреставрирована русскими. В результате на сегодняшний день отреставрированы практически все шедевры храма — это и наиболее почитаемые иконы, и резная деревянная алтарная преграда-иконостас, и кафедра, и оклады, и мозаики, и даже менее ценные мраморные светильники, и потолок XIX века. Светильники, как и другие особо загрязненные каменные детали, чистили с помощью паровой пушки — агрегата, выбрасывающего мощную струю горячего пара. На электрической плитке подогревались до нужной температуры и консистенции различные химические составы — клей, разбавители и тому подобное. Вот и весь технический арсенал, использованный при реставрации, если не считать лесов. Остальные «инструменты» — глаза, голова и руки.