Из-за разногласий с послом по поводу руководства экспедицией пребывание корабля в Петропавловске-Камчатском задержалось на полтора месяца. Дело было в следующем. В общей инструкции Н. П. Резанову, утвержденной императором Александром Павловичем 10 июля 1803 г, специально выделялись слова: «Сии оба судна [т. е. «Надежда» и «Нева». — Авт.] с офицерами и служителями, в службе компании находящимися, поручаются начальству вашему». Правда, эти инструкции были даны перед самым выходом кораблей из Кронштадта, и Крузенштерн оправдывался позднее тем, что до плавания он, хотя и получил соответствующие документы, «продержал их, но не читал», хотя это довольно странно звучит по отношению к документу, утвержденному самим императором.
К тому же в инструкции Главного правления РАК, даже с учетом специально выделенных слов, о которых сказано ранее, сохранилась некоторая неясность, так как общие полномочия посла сопровождались оговоркой о предоставлении «полному распоряжению» И. Ф. Крузенштерна «управление во время вояжа судами и экипажем, и збережением онаго, как частию единственному искуству, знанию и опытности вашей принадлежащей» [5, с 90].
Факт, что с самого начала плавания между Крузенштерном и Резановым установились неприязненные отношения. А весной 1804 г. во время пребывания «Надежды» у о. Нуку-Хива все это вылилось в открытый конфликт. Резанов приказал приказчику РАК Ф. И. Шемелину «выменивать для Императорской Кунсткамеры» у островитян «разные вещи относительно их одежды и обычаев». А ведь Крузенштерн регулировал торговлю с островитянами единовластно и считал это правом старшего командира корабля экспедиции. Он потребовал объяснений, собрал офицеров «Надежды» и пригласил с «Невы» Ю. Ф. Лисянского и В. Н. Верха Резанов представил свои документы, о которых упомянуто ранее, и даже зачитал «Высочайшее…поручение начальства». В ответ все офицеры (кроме лейтенанта П. Т. Головачева) закончили собрание высказыванием: «Ступайте, ступайте с вашими указами, нет у нас начальника, кроме Крузенштерна». При этом старший офицер «Надежды» лейтенант М. И. Ратманов, «ругая по-матерну, кричал: «Его, скота, заколотить в каюту»». «Я едва имел силу уйти в каюту, — сообщил Резанов после прибытия в Петропавловск-Камчатский 15 июля 1804 г., — и заплатил жестокой болезнью, во время которой доктор ни разу не посетил меня, хотя все известны были, что я едва при конце жизни находился. Ругательства продолжались, и я принужден был, избегая дальнейших дерзостей, сколь ни жестоко мне было проходить экватор, не пользуясь воздухом, высидеть, никуда не выходя, до самого окончания путешествия и прибытия в Камчатку вышел первый раз из каюты своей» [5, с. 95, 96].
По прибытии в порт Резанов вызвал туда для производства судебного расследования губернатора, находившегося постоянно в Нижнекамчатске, отстоящем от Петропавловского порта на 700 верст. Губернатор генерал-майор Кошелев прибыл в порт только 12 августа Его сопровождали адъютант, младший его брат поручик Кошелев, капитан камчатского гарнизонного батальона Федоров и 60 солдат, которых губернатор взял по требованию посла
По словам историка флота капитана 1-го ранга Александра Степановича Сгибнева, приведенных в статье «Резанов и Крузенштерн (Эпизод из первого кругосветного плавания русских)» // Древняя и новая Россия.1877. № 4, с 387–389, «как ни старался Крузенштерн оправдать свои поступки, но когда дело дошло до очных ставок и намерения Кошелева отрешить его от командования судном, он сознался в своей виновности и просил Кошелева принять на себя посредничество в примирении с Резановым». Пользу отечества Н. П. Резанов поставил «выше всех личных… оскорблений» и согласился оставить свои бумаги без действия, но с «непременным условием, чтобы Крузенштерн и все остальные офицеры… извинились перед ним в присутствии Кошелева». Это предложение было принято.