Покинув Гавайские острова, «Нева» направилась к о. Кадьяк, куда и прибыла 12 июля 1804 г. Там Лисянскому вручили письмо управляющего поселениями РАК Александра Андреевича Баранова. Из этого письма и рассказов жителей островных поселений Лисянский узнал, что русская укрепленная фактория на о. Ситка — крепость Архангельская — была в 1802 г. разорена местными индейцами племени тлинкитов (русские называли их колюжами или колошами).
Нападение на крепость Архангельскую было во многом организовано конкурентами РАК американскими купеческими компаниями, закупавшими у местных индейцев меховые изделия и пытавшимися вытеснить русских из поселений на Северо-Западном побережье Северной Америки. Для этого они буквально натравливали на русские фактории и поселки местные индейские племена, снабжая их оружием и боеприпасами. Безусловно, важной причиной недовольства местных индейцев было то, что под руководством русских промышленников туземцы — участники промышленных байдарочных партий, в основном южные эскимосы и алеуты, проживавшие на о. Кадьяк и других Алеутских островах, развернули в исконных индейских охотничьих угодьях интенсивный промысел калана, на шкурки которого сами тлинкиты получали необходимые им товары с английских и американских промысловых судов.
Крепость была захвачена, вероятнее всего, 16(28) июня 1802 г. Штурм крепости начался совершенно неожиданно для русских в середине дня. Вооруженная толпа тлинкитов, насчитывавшая около 600 человек под командованием вождя ситкинских индейцев Скаутлелта окружила казарму в крепости и открыла сильный ружейный огонь по окнам На призывный крик Скаутлелта из-за мыса бухты вышла огромная флотилия боевых каноэ, на которых находилось не менее 1000 индейских воинов, и немедленно присоединилась к ситкинцам Тлинкитам удалось проникнуть внутрь казармы, перебить всех защитников и разграбить хранившиеся в казарме меха В огне сражения сгорели казарма и другие строения крепости, а также почти готовое к спуску судно на берегу. Находившиеся в других местах крепости русские и кадьякцы (эскимосы — жители о. Кадьяк) были почти все перебиты, а женщины и дети захвачены в плен. Вероятнее всего, во время восстания тлинкитов в 1802 г. погибло около 25 русских и до 200 туземцев-кадьякцев.
Главный правитель Русской Америки А. А. Баранов не мог смириться с потерей опорного пункта РАК на о. Ситка. В 1802–1803 гг. он собирал силы для атаки захваченной крепости на о. Ситка. В начале апреля 1804 г. он начал свой поход на тлинкитов, отправив предварительно байдарочную флотилию в залив Якутат на побережье Южной Аляски, поближе к о. Ситка, а затем сам пошел туда с двумя четырехпушечными судами «Св. Екатерина» и «Св. Александр Невский». Там его верный помощник И А Кусков достроил небольшие парусно-гребные боты «Ермак» и «Ростислав». К этому времени антирусский союз тлинкитских общин и родов уже распался.
В начале июля из Якутата Баранов отправился на «Ермаке» на завоевание Ситки во главе 120 русских и партии из 900 кадьякцев, аляскинцев, чугачей и танаина на 400 байдарках. Перед отправлением было роздано туземцам-байдарочникам большое количество ружей. При партии байдарок находилось 19 русских промышленников под началом Ивана Кускова с 3 медными фальконетами, перевозившимися в среднем люке 3-лючной байдарки.
Во время похода байдарочную флотилию прикрывал Баранов на «Ермаке» и бот «Ростислав». «Св. Екатерина» и «Св. Александр Невский» были направлены им непосредственно к Ситке. Из-за болезней часть участников байдарочной флотилии не смогли участвовать в походе. К Ситке прибыло только 350 байдарок с 800 туземцами.
Маршрут флотилии пролегал не прямо к Ситке, а шел как бы по огромной дуге через множество проливов архипелага Александра, где этим как бы демонстрировалась мощь русского оружия.
Прибыв в начале октября 1804 г. в Ситкинский залив, Баранов застал там не только посланные туда заранее суда, но и шлюп «Нева», который, будучи военным кораблем, значительно усилил отряд главного правителя РАК. Местные тлинкиты-ситкинцы бросили свое селение на берегу, которое тут же было занято отрядом Баранова. На месте этого индейского селения сразу же начали строительство новой крепости — будущей столицы Русской Америки Ново-Архангельска.