Крузенштерн рассказал о расколе в императорском флоте, который усугубил волнения в провинциях. Прежний адмирал Ванта-Джин, неустрашимый, ревностный и деятельный моряк, одержал несколько важных побед над мятежниками, но благодаря интригам находившихся при императоре придворных был лишен высшей власти во флоте, чем воспользовались враги императора и усилили раскол в стране.
9 февраля 1806 г. «Надежда» и «Нева» вышли из Вампу и направились через Южно-Китайское море и Индийский океан, а затем вокруг мыса Доброй Надежды в Европу. На случай потери друг друга в море Крузенштерн установил место встречи о. Св. Елены в Атлантике.
Пройдя сложный для плавания лабиринт Малайского архипелага, корабли вошли в Зондский пролив, связывавший Южно-Китайское море с Индийским океаном Здесь они попали в полосу жестоких штормов, но благодаря мастерству командиров и офицеров, мужеству и неутомимости матросов благополучно прошли пролив и вышли в океан. В апреле моряки увидели вдалеке очертания побережья Африки. В конце апреля у мыса Доброй Надежды корабли в тумане потеряли друг друга из виду.
Обогнув 19 апреля южную оконечность Африки, «Надежда» направилась к о. Св. Елены, где была намечена встреча кораблей. Здесь Крузенштерн узнал о начавшейся войне между Россией и Францией. А ведь часть пушек с «Надежды» была оставлена на Камчатке, ну а достать недостающие орудия на острове Св. Елены не удалось. Тогда Крузенштерн решил изменить маршрут возвращения корабля в Кронштадт. Для того чтобы уменьшить вероятность встречи с французскими кораблями, он решил возвращаться на Балтику не Английским каналом, около которого обычно крейсировали французские корабли, а обогнув Англию с севера. Этот путь был более продолжительным, но, двигаясь по нему, была меньше вероятность встречи с французскими кораблями.
Ну а Лисянский также решил изменить маршрут, не заходить на о. Св. Елены, а двигаться прямо в Англию. «Освидетельствовав количество съестных припасов, — вспоминал Лисянский, — увидел, что при хозяйственном употреблении было оных вполне достаточно на три месяца… я решил оставить прежнее свое намерение идти к острову св. Елены, а направил путь свой прямо в Англию, быв уверен, что столь отважное предприятие доставит нам большую честь; ибо еще ни один мореплаватель, подобный нам, не отважился на столь дальний путь, не заходя куда-либо для отдохновения» [4, с 160].
Экипаж «Невы» блестяще справился с задачей. 24 апреля 1806 г. корабль вышел в Атлантический океан, 10 мая «Нева» пересекла Гринвичский меридиан, а 28 июня вошла на Портсмутский рейд. Значит, впервые в истории мирового мореплавания был совершен за 142 дня безостановочный переход из Южного Китая в Англию. После двухнедельной стоянки «Нева» направилась на восток и 3 сентября 1806 г. она бросила якорь на Кронштадском рейде. Две недели спустя сюда пришла и «Надежда». Первое кругосветное путешествие русских моряков успешно закончилось.
Знаменательно и то, что за трехлетнее плавание на «Надежде» умерло только два моряка: повар посланника, болевший туберкулезом еще при поступлении на судно, и лейтенант Головачев, застрелившийся от помрачения разума при стоянке у о. Св. Елены. На «Неве» один матрос упал в бурное море и утонул, трое матросов погибли в боях на о. Ситхе, а двое скончались от случайных болезней.
Император Александр Павлович и российское правительство были довольны результатами кругосветной экспедиции. Всем офицерам этой экспедиции было присвоено очередное воинское звание, командиры «Надежды» и «Невы» награждены орденом Св. Владимира 3-й степени, получили значительную сумму — по 3000 рублей, лейтенанты и два главных доктора — по 1000 рублей, мичманы — по 800 рублей, а прочим чиновникам соразмерно их жалованью назначены пенсии по день кончины. Иностранные ученые были награждены пенсией по 300 червонных в год, нижние чины награждены отставкою и пенсией от 50 до 75 рублей в год.