При возвращении Крузенштерна в Россию он собирался представить свой доклад лично президенту Коммерц-коллегии Соймонову, но позволение на приезд в столицу не последовало, а затем Соймонов получил отставку. Крузенштерн отправил свой доклад управляющему морским ведомством графу Кушелеву, но ответа не получил.
Вскоре после убийства императора Павла I на престол взошел его сын Александр Павлович. Министром морских сил России стал адмирал граф Николай Семенович Мордвинов. Крузенштерн свой доклад в начале 1802 г. отправил в столицу адмиралу Н. С. Мордвинову и сравнительно быстро получил ответ, что адмирал поддержит предложения Ивана Федоровича Мордвинов передал данные доклада государственному канцлеру графу Николаю Петровичу Румянцеву, который одобрил все предложения Крузенштерна, Они были доложены молодому императору Александру I и по его повелению Иван Федорович в июле 1802 г. был вызван в Петербург. Там адмирал Н. С. Мордвинов объявил ему, что император определил, чтобы кругосветную экспедицию возглавил сам Крузенштерн, чем вверг нашего героя в определенное смущение.
Дело в том, что Иван Федорович более полугода до этого женился на любимой женщине и ожидал скорого рождения первенца. Он собирался оставить военно-морскую службу, дабы в полной мере наслаждаться семейным счастьем в родовой усадьбе. Но адмирал Мордвинов объявил ему, что если он не согласится возглавить экспедицию в Тихий океан (что было связано с многолетней разлукой с молодой женой), то она вообще не состоится. Крузенштерн вспоминал по этому поводу: «Я чувствовал обязанность к Отечеству в полной мере и решил принести ему жертву. Мысль сделаться полезным, к чему стремилось всегда мое желание, меня подкрепляла; надежда совершить путешествие счастливо ободряла дух мой, и я начал всемерно заботиться о приготовлениях в путь, не испытанный до того россиянами» [3. с 40]. 7 августа 1802 г. И. Ф. Крузенштерн был назначен начальником экспедиции, которая должна была отплыть на двух кораблях в Камчатку и к Северо-Западным берегам Америки.
Командиром второго экспедиционного корабля Крузенштерн выбрал капитан-лейтенанта Юрия Федоровича Лисянского, которого знал по совместной службе в английском флоте и уже побывавшего в Америке и Индии. В сентябре 1802 г. Ю. Ф. Лисянский и молодой 24-летний корабельный мастер Илья Степанович Разумов убыли в Гамбург для закупки экспедиционных судов. Не найдя там подходящих, сразу же поспешили в Лондон, где и закупили два судна, за которые из средств РАК заплачено было 17 тыс фунтов стерлингов и за их необходимый ремонт 5 тыс фунтов стерлингов: одно трехмачтовое в 450 т, 16 орудий, постройки 1799 г., другое трехмачтовое в 370 т, 14 орудий, построенное в 1801 г. Большему судну дано было имя «Надежда», меньшему — «Нева». Хотя оба судна принадлежали торговой компании, но обоим судам разрешено было плавать под военно-морским флагом, и укомплектованы они были воехшыми экипажами. Так что фактически эти два судна называли шлюпами, как и было принято для судов такого водоизмещения и вооружения в военно-морском флоте.
Капитан-лейтенант Ю. Ф. Лисянский закупил в Лондоне многое необходимое для дальнего плавания. Так, по словам И. Ф. Крузенштерна, им приобретены были лучшие противоцинготные средства, приготовляемые там: «похлебочный, солодовый и еловый экстракты, сушеные дрожжи и горчица; сверх того, лучшие лекарства, купленные по доставленной ему в Англию росписи, сделанной корабля моего доктором Еспенбергом» [3, с 49].
В январе 1803 г. И. Ф. Крузенштерн из Ревеля прибыл в столицу Петербург, чтобы лично руководить приготовлением экспедиции к убытию в плавание. Стало известно, что с экспедицией отправится посольство в Японию, которое возглавил действительный статский советник Николай Петрович Резанов, для организации торговых сношений России с Японией (тот самый Н. П. Резанов, который стал широко известен в нашей стране в последние десятилетия XX в. как романтический герой мюзикла «Юнона» и «Авось»). Но посещение японского порта Нагасаки (единственного порта в то время, куда японские власти допускали заход иностранных судов) и пребывание в нем во время переговоров задержит возвращение судов на целый год, через что торговые выгоды РАК, которая обладала монопольным правом на торговлю в тихоокеанском регионе, несколько пострадают. Поэтому император Александр, чтобы возместить компании убытки, принял один корабль на свое полное содержание с предоставлением притом компании права нагрузить это судно своими товарами.